Ο Lynch πέρασε δεκαπέντε χρόνια στο
Σικάγο, παίζοντας στο Steppenwolf Theatre Company και περιοδεύοντας με την κωμική ομάδα Second City. Υποδύθηκε την Κάρολ Μπρέιντι στο
The Real Live Brady Bunch. Έγραψε επίσης και πρωταγωνίστησε στο βραβευμένο έργο
Oh Sister, My Sister.
Ο ρόλος της στον κινηματογράφο ήταν ο ρόλος της Christy Cummings, της λεσβίας, προσωπικής χειρίστριας σκύλων της τροφαντής συζύγου Sheri Ann Cabot (Jennifer Coolidge) στην ταινία του σκηνοθέτη Christopher Guest Best in Show (2000). Εμφανίστηκε επίσης στο A Mighty Wind (2003) του Guest ως πορνοστάρ που έγινε λαϊκή τραγουδίστρια Laurie Bohner και στο For Your Consideration (2006) ως δημοσιογράφος ψυχαγωγίας.
Η Lynch είναι επίσης τηλεοπτική ηθοποιός. Πρωταγωνίστησε μαζί με τον John Hannah και τον William Fichtner στην ταινία MDs του 2002, ενώ έχει κάνει guest εμφανίσεις σε πολλές τηλεοπτικές σειρές, μεταξύ άλλων στις σειρές L.A. Law, Judging Amy, The West Wing, 7th Heaven, Friends, Dawson's Creek, Felicity, Arrested Development, Lovespring International, Two and a Half Men, Weeds, Boston Legal, The L Word, Criminal Minds, Help Me Help You, Gilmore Girls, The New Adventures of Old Christine, Psych, Monk και Party Down.
Το 2005, η Lynch ανακηρύχθηκε μία από τις "10 καταπληκτικές γκέι γυναίκες της σόουμπιζ" του POWER UP.
Το κοινό και οι κριτικοί πρόσεξαν τη Lynch για τον παράξενο ρόλο της στην ταινία του Judd Apatow The 40-Year-Old Virgin. Η ίδια δήλωσε στον Terry Gross του Fresh Airs' ότι ο ρόλος προοριζόταν αρχικά για άνδρα, αλλά, μετά από παρότρυνση της συζύγου του Steve Carell, Nancy Walls, προσφέρθηκε στη Lynch. Έκτοτε, έχει πρωταγωνιστήσει σε μια σειρά ταινιών, όπως Role Models, Talladega Nights: The Ballad of Ricky Bobby, Alvin & the Chipmunks, Walk Hard: The Dewey Cox Story, Space Chimps, The Rocker, The Hammer, Another Cinderella Story, Ice Age: Dawn of the Dinosaurs, και Spring Breakdown.
Στο Julie and Julia, έπαιξε το ρόλο της Dorothy McWilliams, της αδελφής της Julia Child. Το Entertainment Weekly αφιέρωσε ένα άρθρο στην ιστοσελίδα του στην πιθανότητα η ερμηνεία της να λάβει υποψηφιότητα για Όσκαρ.
Από το 2009, η Lynch εμφανίστηκε στη σειρά Glee του Fox. Κέρδισε διθυραμβικές κριτικές για το ρόλο της ως επιθετική προπονήτρια μαζορετών Sue Sylvester. Η Mary McNamara των LA Times έγραψε: "Η Lynch από μόνη της κάνει το Glee να αξίζει να το παρακολουθήσετε". Πριν από τη συνεργασία της με το Glee, ήταν τακτική παίκτρια στην κωμωδία Party Down του Starz. Αν και η σειρά ανανεώθηκε για δεύτερη σεζόν, η Lynch δεν θα επέστρεφε λόγω της δουλειάς της στο Glee. Στις 15 Δεκεμβρίου 2009, η Lynch έλαβε υποψηφιότητα για Χρυσή Σφαίρα Καλύτερης Γυναικείας Ερμηνείας σε Σειρά, Μίνι Σειρά ή Τηλεοπτική Ταινία για το ρόλο της στο Glee. Έχασε από την Chloë Sevigny. Η ίδια η σειρά έλαβε επίσης υποψηφιότητες σε τρεις άλλες κατηγορίες. Στις 29 Αυγούστου 2010, η Lynch κέρδισε το βραβείο Primetime Emmy για την κατηγορία Εξαιρετική Γυναικεία Ερμηνεία - Κωμική Σειρά.
Η Lynch ήταν οικοδέσποινα του Saturday Night Live στις 9 Οκτωβρίου 2010- η είδηση της φιλοξενίας της αποκαλύφθηκε τυχαία από το αφεντικό της στο Glee, τον Ryan Murphy, μέσω γραπτού μηνύματος. Η Λιντς έπαιξε επίσης ως guest star στη σειρά iCarly του Nickelodeon ως Pam Puckett, η μητέρα του Sam Puckett, στο επεισόδιο iSam's Mom.
Η Lynch εμφανίστηκε στα MTV Video Music Awards 2010 στις 12 Σεπτεμβρίου 2010.
Τον Ιανουάριο του 2011, η Lynch τιμήθηκε με τη Χρυσή Σφαίρα στην κατηγορία Καλύτερης γυναικείας ερμηνείας σε σειρά, μίνι σειρά ή τηλεοπτική ταινία. Επίσης, άρχισε να εμφανίζεται στις διαφημίσεις XFinity της Comcast που προβάλλονται τόσο στο διαδίκτυο όσο και στην τηλεόραση στις Ηνωμένες Πολιτείες, κυρίως με δύο διαφορετικούς φορητούς υπολογιστές και δύο διαφορετικού χρώματος περσικές γάτες.
