Η περιφέρεια Bourgogne-Franche-Comté είναι η έκτη μεγαλύτερη περιφέρεια της Γαλλίας με έκταση 47.783,3 km22. Βρίσκεται στη βορειοανατολική Γαλλία και συνορεύει στα βόρεια με την περιφέρεια Grand Est, στα δυτικά με τις περιφέρειες Île-de-France και Centre-Val de Loire, στα νότια με την περιφέρεια Auvergne-Rhône-Alpes και στα ανατολικά με την Ελβετία (τα καντόνια Vaud, Neuchâtel και Jura).
Οι αποστάσεις από την Μπεζανσόν, την πρωτεύουσα της περιοχής, προς άλλες πόλεις είναι:
- Παρίσι, η εθνική πρωτεύουσα, 410 χιλιόμετρα (255 μίλια),
- Μπορντό, 729 χιλιόμετρα (453 μίλια),
- Τουλούζη, 762 χιλιόμετρα (473 μίλια),
- Μασσαλία, 538 χιλιόμετρα (334 μίλια),
- Λυών, 227 χιλιόμετρα (141 μίλια),
- Μονπελιέ, 523 χιλιόμετρα (325 μίλια),
- Νίκαια, 694 χιλιόμετρα (431 μίλια).
Ποτάμια
Οι κυριότεροι ποταμοί της περιοχής είναι ο Saône και ο παραπόταμός του, ο Doubs. Ο ποταμός Λίγηρας ρέει στα νοτιοδυτικά της περιοχής, στο Nevers. Ο ποταμός Σηκουάνας ξεκινά από το διαμέρισμα Côte-d'Or.
Βουνά
Υπάρχουν τρεις κύριες οροσειρές στην περιοχή:
- Η οροσειρά των Βοσγίων βρίσκεται στα βορειοανατολικά της περιοχής και το υψηλότερο σημείο της Bourgogne-Franche-Comté είναι το Ballon de Servance, ύψους 1.216 μέτρων.
- Τα βουνά Jura βρίσκονται κατά μήκος των ανατολικών ορίων- εδώ βρίσκεται το Crêt Pela, το υψηλότερο σημείο της Bourgogne-Franche-Comté με 1.495 μέτρα.
- Τα βουνά Morvan βρίσκονται στο κέντρο του δυτικού τμήματος- το υψηλότερο σημείο είναι το Haut-Folin, ύψους 901 μέτρων.
Το Crêt Pela (46°24′50″N 6°1′19″E / 46.41389°N 6.02194°E / 46.41389; 6.02194 (Crêt Pela)), στα 1.495 μέτρα, είναι το υψηλότερο βουνό της περιοχής Bourgogne-Franche-Comté. Βρίσκεται στην οροσειρά Jura.
Το υψηλότερο σημείο των διαφόρων διαμερισμάτων της περιοχής Bourgogne-Franche-Comté είναι:
| Τμήμα | Βουνό | Ανύψωση |
| Côte-d'Or | Mont de Gien | 721 m (2.365 ft) |
| Doubs | Mont d'Or | 1.461 m (4.793 ft) |
| Jura | Crêt Pela | 1.495 m (4.905 ft) |
| Nièvre | Mont Préneley | 855 m (2.805 ft) |
| Haute-Saône | Ballon de Servance | 1.216 m (3.990 ft) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 m (2.956 ft) |
| Yonne | Bois de la Pérouse | 607 μέτρα (1.991 πόδια) |
| Territoire de Belfort | Ballon d'Alsace | 1.247 m (4.091 ft) |