Οι ιπτάμενες αλεπούδες στην Αυστραλία είναι γνωστό ότι μεταφέρουν δύο λοιμώξεις που μπορούν να αποτελέσουν σοβαρό κίνδυνο για την ανθρώπινη υγεία - τον ιό της νυχτερίδας της Αυστραλίας και τον ιό του Hendra (Henipavirus). Αυτές οι ασθένειες που μεταδίδονται από νυχτερίδες, μοναδικές στο Κουίνσλαντ, είναι από τους πιο θανατηφόρους ιούς στον δυτικό κόσμο. Αν και σπάνιες, οι ασθένειες αυτές συνεχίζουν να προκαλούν μυστήριο στους επαγγελματίες της ιατρικής. Αυτές οι ασθένειες που μεταδίδονται από νυχτερίδες είναι σχεδόν πάντα θανατηφόρες. Οι ανθρώπινες μολύνσεις από αυτούς τους ιούς είναι ευτυχώς πολύ σπάνιες.
Ο ιός Hendra είναι ένας ιός που μολύνει κυρίως τις μεγαλόσωμες νυχτερίδες (μεγάλες νυχτερίδες φρούτων ή "ιπτάμενες αλεπούδες") και μπορεί να μεταδοθεί στα άλογα. Όπως ο Έμπολα και ο Μάρμπουργκ, ο Hendra είναι αιμορραγικός πυρετός με υψηλή έως πολύ υψηλή θνησιμότητα (50-90%). Τόσο ο ιός Έμπολα όσο και ο ιός Μάρμπουργκ έχουν συσχετιστεί με τις μεγαλόγατες ως μολυσματικούς φορείς. Πιστεύεται ότι τα άλογα προσβάλλονται από τον ιό Hendra με την κατάποση τροφής ή νερού μολυσμένου με μολυσμένα σωματικά υγρά και εκκρίσεις μεγαβάτ. Ο ιός μπορεί να είναι θανατηφόρος τόσο για τους ανθρώπους όσο και για τα άλογα. Όταν δεν υπάρχει χειρισμός ή άμεση φυσική επαφή με ιπτάμενες αλεπούδες, ο κίνδυνος για τη δημόσια υγεία είναι αμελητέος.
Μόνο τρεις άνθρωποι είναι γνωστό ότι έχουν επιβιώσει από τον ιό Hendra που μεταδίδεται από νυχτερίδες. Μέχρι στιγμής περισσότεροι από τους μισούς ανθρώπους που έχουν προσβληθεί από τον ιό Hendra πέθαναν μέσα σε έξι εβδομάδες, ωστόσο δεν έχει επιζήσει κανείς από μια δεύτερη ασθένεια που μεταδίδεται από νυχτερίδες στο Queensland. Το 1994 ανακαλύφθηκε για πρώτη φορά ο ιός της λύσσας - ένας στενός συγγενής του ιού της λύσσας - σε μια ιπτάμενη αλεπού που παρουσίαζε συμπτώματα κοντά στην Ballina, NSW (που βρίσκεται στα σύνορα με το Queensland). Ο λυσοϊός σκότωσε τους τρεις μοναδικούς ανθρώπους που έχουν ποτέ προσβληθεί από αυτόν.
