Στα τέλη του 1999, ο Jimmy Wales άρχισε να σκέφτεται τη δημιουργία μιας διαδικτυακής εγκυκλοπαίδειας από εθελοντές. Τον Ιανουάριο του 2000, προσέλαβε τον Larry Sanger για να τη διαχειριστεί. Το έργο τέθηκε σε λειτουργία στις 9 Μαρτίου 2000. Μέχρι το Νοέμβριο του 2000, είχαν δημοσιευτεί μόνο δύο πλήρη άρθρα.
Από τότε που ξεκίνησε, η Nupedia ήταν μια εγκυκλοπαίδεια ελεύθερου περιεχομένου. Η Bomis, η εταιρεία του Jimmy Wales, θα έπαιρνε χρήματα από τις διαφημίσεις στον ιστότοπο της Nupedia. Στην αρχή, το έργο χρησιμοποιούσε μια άδεια χρήσης που είχε επινοηθεί από τον Wales και τον Sanger. Αργότερα, άρχισε να χρησιμοποιεί την Άδεια Ανοικτού Περιεχομένου της Nupedia. Τον Ιανουάριο του 2001, μεταπήδησε στην Άδεια Ελεύθερης Τεκμηρίωσης GNU. Αυτό έγινε επειδή ο Richard Stallman και το Ίδρυμα Ελεύθερου Λογισμικού είπαν ότι έπρεπε να το κάνουν.
Επίσης, τον Ιανουάριο του 2001, η Nupedia ξεκίνησε τη Wikipedia. Αρχικά, δεν είχε σκοπό να είναι εγκυκλοπαίδεια. Αντίθετα, προοριζόταν ως ένα παράπλευρο έργο που θα επέτρεπε στους ανθρώπους να εργάζονται σε άρθρα για τη Nupedia πριν αυτά ελεγχθούν από ομότιμους. Καθώς η Βικιπαίδεια μεγάλωνε και προσέλκυε νέους χρήστες, άρχισε να λειτουργεί χωρίς τη Nupedia. Ωστόσο, ο Λάρι Σάνγκερ ήταν ο πρώτος που ηγήθηκε της δραστηριότητας στη Βικιπαίδεια. Αυτό συνέβη επειδή ήταν ο αρχισυντάκτης της Nupedia.
Η Wikipedia οδήγησε στο σταδιακό κλείσιμο της Nupedia. Ο Jimmy Wales αποφάσισε να σταματήσει να πληρώνει τον Sanger τον Δεκέμβριο του 2001. Στη συνέχεια ο Sanger εγκατέλειψε τόσο τη Nupedia όσο και τη Wikipedia. Μετά την αποχώρηση του Sanger, η Nupedia έγινε ακόμη λιγότερο γνωστή από τη Wikipedia. Καθώς η Nupedia χρησιμοποιούνταν όλο και λιγότερο, μερικές φορές προτάθηκε η ιδέα της αλλαγής των άρθρων της σε άρθρα της Wikipedia. Ωστόσο, αυτό δεν έγινε ποτέ. Αφού έκλεισε, τα άρθρα της Nupedia μεταφέρθηκαν στη Wikipedia.
