Ο Sanger αποσύρθηκε το 1983 στο σπίτι του, το "Far Leys", στο Swaffham Bulbeck έξω από το Cambridge.
Το 1992, το Wellcome Trust και το Συμβούλιο Ιατρικών Ερευνών ίδρυσαν το Κέντρο Sanger (σήμερα Ινστιτούτο Sanger), που πήρε το όνομά του. Το Ινστιτούτο βρίσκεται στο Wellcome Trust Genome Campus κοντά στο Hinxton, λίγα μόνο χιλιόμετρα από το σπίτι του Sanger. Ο John Sulston, ο ιδρυτικός διευθυντής, ρώτησε τον Sanger αν το κέντρο θα μπορούσε να πάρει το όνομά του προς τιμήν του. Ο Σάνγκερ συμφώνησε, αλλά προειδοποίησε: "Καλύτερα να είναι καλό". Τα εγκαίνια έγιναν από τον ίδιο τον Σάνγκερ στις 4 Οκτωβρίου 1993, με προσωπικό λιγότερο από 50 άτομα. Το Ινστιτούτο έχει σήμερα ηγετικό ρόλο στην αλληλούχιση του ανθρώπινου γονιδιώματος. Το Ινστιτούτο απασχολεί σήμερα πάνω από 900 άτομα και είναι ένα από τα μεγαλύτερα κέντρα γονιδιωματικής έρευνας στον κόσμο.
Αν και διατηρεί την απέχθειά του για τη βία, έχει χάσει τη θρησκευτική του πίστη ως Κουάκερος και αποκαλεί τον εαυτό του αγνωστικιστή. Σε μια συνέντευξη που δημοσιεύτηκε στην εφημερίδα Times το 2000, ο Sanger αναφέρει τα εξής: "Ο πατέρας μου ήταν αφοσιωμένος Κουάκερος και μεγάλωσα ως Κουάκερος, και γι' αυτούς η αλήθεια είναι πολύ σημαντική. Απομακρύνθηκα από αυτές τις πεποιθήσεις - προφανώς αναζητά κανείς την αλήθεια, αλλά χρειάζεται κάποιες αποδείξεις γι' αυτήν. Ακόμη και αν ήθελα να πιστέψω στον Θεό, θα το έβρισκα πολύ δύσκολο. Θα χρειαζόμουν να δω αποδείξεις".
Απέρριψε την προσφορά ιπποσύνης, καθώς δεν επιθυμούσε να τον αποκαλούν "Sir", αλλά αργότερα δέχτηκε την απονομή του ΤάγματοςΑξίας.
Το 2007 η Βρετανική Βιοχημική Εταιρεία έλαβε επιχορήγηση από το Wellcome Trust για την καταγραφή και διατήρηση των 35 εργαστηριακών σημειωματάριων στα οποία ο Sanger κατέγραψε την αξιοσημείωτη έρευνά του από το 1944 έως το 1983. Αναφέροντας το θέμα αυτό, το περιοδικό Science σημείωσε ότι ο Sanger, "το πιο αυτοπεριοριζόμενο άτομο που θα μπορούσατε να ελπίζετε ότι θα συναντήσετε", περνούσε τώρα τον χρόνο του στην κηπουρική στο σπίτι του στο Cambridgeshire.
Θάνατος
Ο Σάνγκερ πέθανε στις 19 Νοεμβρίου 2013 στο σπίτι του στο Κέιμπριτζ της Αγγλίας, σε ηλικία 95 ετών. Η επιστημονική βιογραφία του γράφεται επί του παρόντος για να εκδοθεί το 2014.
