Κατά τη διάρκεια της ζωής της Ζαν, η θρησκεία στη Γαλλία ήταν πεδίο μάχης μεταξύ της Καθολικής Εκκλησίας και του προτεσταντικού καλβινισμού των Ουγενότων.
Στη θρησκεία η Ιωάννα επηρεάστηκε από τη μητέρα της προς τη θρησκευτική μεταρρύθμιση, την ανθρωπιστική σκέψη και την ατομική ελευθερία. Η Ιωάννα ασπάστηκε τον καλβινισμό την ημέρα των Χριστουγέννων του 1560. Η μεταστροφή της αυτή την έκανε την πιο υψηλόβαθμη προτεστάντισσα στη Γαλλία.
Μετά την επιβολή του καλβινισμού στο βασίλειό της, οι ιερείς και οι μοναχές εξορίστηκαν, οι καθολικές εκκλησίες καταστράφηκαν και οι καθολικές τελετές απαγορεύτηκαν. Ανέθεσε τη μετάφραση της Καινής Διαθήκης στα βασκικά και τα μπεαρνέζικα προς όφελος των υπηκόων της.
Περιγράφηκε ως "μικρόσωμη, εύθραυστη αλλά όρθια". Ήταν εξαιρετικά ευφυής, αλλά αυστηρή και αυτοδικαιωμένη. Ο Agrippa d' Aubigné, ο Χρονικογράφος των Ουγενότων, περιέγραψε τη Ζαν ως έχουσα "ένα μυαλό αρκετά ισχυρό για να καθοδηγεί τις υψηλότερες υποθέσεις".
Εκτός από τις θρησκευτικές μεταρρυθμίσεις, η Ιωάννα εργάστηκε για την αναδιοργάνωση του βασιλείου της, κάνοντας μακροχρόνιες μεταρρυθμίσεις στα οικονομικά και δικαστικά συστήματα των περιοχών της.
Η Ιωάννα πέθανε στο Παρίσι από πυρετό (πιθανότατα από μολυσματική ασθένεια) σε ηλικία 44 ετών.
