Πρώτη θητεία
Μια από τις πρώτες πρωτοβουλίες του Χάουαρντ ήταν να ενώσει τις κυβερνήσεις των πολιτειών της Αυστραλίας για να απαγορεύσει την οπλοκατοχή στην Αυστραλία. Η κίνηση αυτή έγινε μετά τη σφαγή του Πορτ Άρθουρ στην Τασμανία το 1996, όπου 35 άνθρωποι σκοτώθηκαν και άλλοι 37 τραυματίστηκαν από έναν ένοπλο. Το 1998, ο Χάουαρντ και ο υπουργός Οικονομικών του, Πίτερ Κοστέλο, προχώρησαν στις εκλογές με μια μεγάλη φορολογική μεταρρύθμιση (το GST) και κέρδισαν.
Δεύτερη θητεία
Το 1999 η κυβέρνηση του Τζον Χάουαρντ διεξήγαγε δημοψήφισμα για το αν η Αυστραλία θα έπρεπε να γίνει δημοκρατία και να έχει Πρόεδρο αντί για Βασίλισσα. Ωστόσο, ο Τζον Χάουαρντ δεν υποστήριξε το δημοψήφισμα και προέτρεψε τους πολίτες να ψηφίσουν όχι. Η αντιπολίτευση του Εργατικού Κόμματος της Αυστραλίας με επικεφαλής τον Kim Beazley επέκρινε τους χειρισμούς του John Howard στη διαμάχη της αυστραλιανής προκυμαίας το 1998.
Το 1999, ο Χάουαρντ ηγήθηκε μιας δύναμης των Ηνωμένων Εθνών στο Ανατολικό Τιμόρ (INTERFET), για να το βοηθήσει να εγκαθιδρύσει μια ανεξάρτητη δημοκρατία.
Τρίτη θητεία
Μετά τις επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου, ο Τζον Χάουαρντ ασχολήθηκε με παγκόσμια ζητήματα. Είχε στενές σχέσεις με τον Τζορτζ Μπους, ο οποίος ήταν ο ηγέτης των Ηνωμένων Πολιτειών. Ο Τζορτζ Μπους αποκάλεσε τον Τζον Χάουαρντ "βασικό σύμμαχο". Ο Τζον Χάουαρντ έστειλε στρατεύματα της SAS στο Αφγανιστάν και το Ιράκ για να υποστηρίξει τις Ηνωμένες Πολιτείες και υπέγραψε συμφωνία ελεύθερου εμπορίου με τις Ηνωμένες Πολιτείες. Παρά τη συμμαχία αυτή, η Αυστραλία παρέμεινε αρκετά ουδέτερη όσον αφορά το Ισραήλ και την Παλαιστίνη.
Όπως και πριν από τον Χάουαρντ, το εμπόριο της Αυστραλίας με την Ασία αυξήθηκε όσο ήταν ηγέτης ο Τζον Χάουαρντ. Προσκάλεσε τον Κινέζο ηγέτη Χου Τζιντάο να μιλήσει για πρώτη φορά στο αυστραλιανό κοινοβούλιο. Μετά το τσουνάμι του 2004, ο Τζον Χάουαρντ τηλεφώνησε στον πρόεδρο της Ινδονησίας και προσέφερε ένα δισεκατομμύριο δολάρια για να βοηθήσει. Ο Τζον Χάουαρντ αύξησε πολύ τη μετανάστευση και άνθρωποι ήρθαν στην Αυστραλία από όλο τον κόσμο, αλλά προσπάθησε να σταματήσει τις βάρκες με ανθρώπους που έρχονταν χωρίς να ζητήσουν πρώτα βίζα.
Τέταρτη θητεία
Το 2005, διευκόλυνε τα αφεντικά να απαλλαγούν από τους εργαζόμενους, εισάγοντας την αμφιλεγόμενη βιομηχανική νομοθεσία WorkChoices, την οποία εισήγαγε ο υπουργός του για τις εργασιακές σχέσεις Κέβιν Άντριους. Αυτό αναστάτωσε τον κόσμο και το Εργατικό Κόμμα έγινε πιο δημοφιλές. Στις 24 Νοεμβρίου 2007, ο Κέβιν Ραντ κέρδισε τις εκλογές και ο Τζον Χάουαρντ έπαψε να είναι πρωθυπουργός. Ο Τζον Χάουαρντ έχασε επίσης την έδρα του στο Κοινοβούλιο από την υποψήφια του Εργατικού Κόμματος Μαξίν ΜακΚιού, πρώην δημοσιογράφο του τηλεοπτικού δικτύου ABC.