Για μεγάλο χρονικό διάστημα, η Πορτογαλία ήλεγχε το Ανατολικό Τιμόρ και το αποκαλούσε Αποικία του Πορτογαλικού Τιμόρ. Το 1975, ο πορτογαλικός στρατός έφυγε και το Ανατολικό Τιμόρ εισέβαλε (κατέλαβε) ο ινδονησιακός στρατός το 1975. Η εισβολή ήταν πολύ βίαιη. Ο στρατός παρέμεινε εκεί μέχρι το 1999, όταν εγκατέλειψε τον έλεγχο του εδάφους με τη βοήθεια των Ηνωμένων Εθνών.
Εκείνη την εποχή, η κυβέρνηση των Ηνωμένων Πολιτειών δήλωσε ότι δεν γνώριζε ότι η Ινδονησία επρόκειτο να εισβάλει στο Ανατολικό Τιμόρ. Όμως, απόρρητα έγγραφα, που δημοσιεύθηκαν από το 2002 έως το 2005, δείχνουν ότι ο Χένρι Κίσινγκερ, ο υπουργός Εξωτερικών των Ηνωμένων Πολιτειών, γνώριζε και υποστήριξε την εισβολή.
Όταν απέκτησε την ανεξαρτησία της στις 20 Μαΐου 2002, έγινε η πρώτη χώρα που ανεξαρτητοποιήθηκε στον εικοστό πρώτο αιώνα (από το έτος 2001). Το 2006, όταν το Μαυροβούνιο ανεξαρτητοποιήθηκε, το Ανατολικό Τιμόρ δεν ήταν πλέον το νεότερο.
Έκτοτε, το Ανατολικό Τιμόρ δεν απασχόλησε ιδιαίτερα τις ειδήσεις. Πρόσφατα, η Κολομβιανή καλλιτέχνης Shakira έκανε ένα τραγούδι με τίτλο "Timor", το οποίο μιλάει για τη χώρα. Η προσοχή οφείλεται στο γεγονός ότι στο Ανατολικό Τιμόρ υπήρξαν μάχες μεταξύ συμμοριών (ομάδες εγκληματιών με όπλα), των δυνάμεων ασφαλείας (του στρατού της χώρας). Η Αυστραλία, μια μεγάλη γειτονική χώρα, έστειλε στρατεύματα για να κάνει ειρήνη.
Το Ανατολικό Τιμόρ είναι μια μικρή χώρα που βρίσκεται μεταξύ της Αυστραλίας και της Ινδονησίας, 3.000 χρόνια πριν, το Ανατολικό Τιμόρ ήταν ένα ορεινό νησί που αποτελούνταν από μετανάστες ιθαγενείς από τη Νέα Γουινέα, την Αυστραλία και τη Μελανησία.
Υπήρχαν κάποιοι μετανάστες από την Αυστραλονησία που αναζητούσαν μια νέα ζωή σε αυτό το νησί. Κάποιοι από τους ανθρώπους έφτασαν από τη Νότια Κίνα και τη Βόρεια Ινδοκίνα αναζητώντας εμπόριο επειδή το Ανατολικό Τιμόρ διέθετε πόρους που μπορούσαν να εξαχθούν, όπως σανδαλόξυλο, μέλι, σκλάβους και κερί.
Κατά τη διάρκεια του Δεύτερου Παγκοσμίου Πολέμου, οι Ιάπωνες κατέλαβαν την περιοχή και συνάντησαν σθεναρή αντίσταση στις προσπάθειές τους να αναγκάσουν τον πληθυσμό να καλλιεργεί τρόφιμα για τα στρατεύματά τους και να τα εξάγουν. Εκείνη την εποχή το 30% του πληθυσμού πέθανε.
Στις 25 Απριλίου 1974, οι πορτογαλικές ένοπλες δυνάμεις με επικεφαλής τον στρατηγό António de Spínola οργάνωσαν στρατιωτικό πραξικόπημα κατά του καθεστώτος του Σαλαζάρ, το οποίο ονομάστηκε Επανάσταση των Γαρυφάλλων. Μετά την επανάσταση αυτή, η Πορτογαλία αποφάσισε να δώσει την ελευθερία στις αποικιοκρατούμενες χώρες.