Μετά την επίθεση, οι Ηνωμένες Πολιτείες κατηγόρησαν την Αλ Κάιντα, την οποία οι ΗΠΑ θεωρούσαν τρομοκρατική ομάδα. Ο πρόεδρος Τζορτζ Μπους δήλωσε ότι θα ξεκινήσει έναν "πόλεμο κατά της τρομοκρατίας". Εννοούσε ότι οι Ηνωμένες Πολιτείες θα έκαναν περισσότερα πράγματα για να προσπαθήσουν να σταματήσουν την τρομοκρατία στο μέλλον. Ο Μπους είπε ότι αυτό είχε σκοπό να προστατεύσει τους Αμερικανούς και την περιουσία τους από τους τρομοκράτες. Για παράδειγμα, η αμερικανική κυβέρνηση θα αναδιοργανωνόταν. Η ασφάλεια και ο έλεγχος στους δημόσιους χώρους γινόταν ισχυρότερος, ιδίως στα αεροδρόμια. Οι Αμερικανοί ενημερώνονταν καθημερινά για το αν υπήρχε σοβαρή απειλή τρομοκρατίας. (Αυτό γινόταν δίνοντας ένα χρώμα για την ημέρα. Το κόκκινο σήμαινε ότι υπήρχε υψηλός κίνδυνος, το πράσινο σήμαινε χαμηλός κίνδυνος και υπήρχαν πολλά επίπεδα στο ενδιάμεσο).
Ο πόλεμος κατά της τρομοκρατίας οδήγησε επίσης σε πραγματικούς πολέμους. Ο ηγέτης της Αλ Κάιντα, Οσάμα Μπιν Λάντεν, ζούσε στο Ισλαμικό Κράτος του Αφγανιστάν. Οι Ηνωμένες Πολιτείες είπαν στην κυβέρνηση του Αφγανιστάν, που ονομαζόταν Ταλιμπάν, να τους παραδώσει τον Μπιν Λάντεν. Οι Ταλιμπάν δεν το έκαναν αυτό. Ο ηγέτης των Ταλιμπάν, ο Μουλάς Μοχάμεντ Ομάρ, απαίτησε να δει αποδείξεις από την κυβέρνηση των Ηνωμένων Πολιτειών. Εάν δεν του δίνονταν αποδείξεις, ο Μουλάς Ομάρ είπε ότι δεν θα παρέδιδε τον Μπιν Λάντεν. Ο πρόεδρος Τζορτζ Μπους είπε ότι δεν χρειαζόταν να προσκομίσει αποδείξεις. Στη συνέχεια, οι Ηνωμένες Πολιτείες ξεκίνησαν πόλεμο κατά του Αφγανιστάν. Οι Ταλιμπάν απομακρύνθηκαν από την εξουσία, μια νέα κυβέρνηση ανέλαβε την εξουσία και ο λαός του Αφγανιστάν επέλεξε νέο πρόεδρο.
Ενώ αυτό συνέβαινε, η κυβέρνηση των Ηνωμένων Πολιτειών άλλαξε με μερικούς τρόπους. Το Υπουργείο Μεταφορών των Ηνωμένων Πολιτειών (DOT) δημιούργησε τη Διοίκηση Ασφάλειας Μεταφορών (TSA). Πριν από την 11η Σεπτεμβρίου, η ασφάλεια στα αμερικανικά αεροδρόμια παρέχονταν από τις αεροπορικές εταιρείες. Η TSA έκανε δουλειά της κυβέρνησης να παρέχει ασφάλεια στα αεροδρόμια. Νέοι αξιωματικοί προσλήφθηκαν από την TSA για να εργάζονται στα αεροδρόμια και να πετούν στα αεροπλάνα ως αεροσυνοδοί. Η TSA παρέχει επίσης ασφάλεια στα αμερικανικά τρένα και μετρό. Δημιουργήθηκε επίσης ένα νέο Υπουργείο Εσωτερικής Ασφάλειας. Έγινε δουλειά τους να προστατεύουν τους Αμερικανούς και την περιουσία τους μέσα στις Ηνωμένες Πολιτείες. Όταν δημιουργήθηκε αυτό το υπουργείο, η TSA μεταφέρθηκε από το υπουργείο Εσωτερικής Ασφάλειας στο υπουργείο Εσωτερικής Ασφάλειας.
Αφού νίκησε τους Ταλιμπάν, ο πρόεδρος Τζορτζ Μπους έκρινε ότι οι ΗΠΑ έπρεπε να εισβάλουν στο Ιράκ. Πίστευε ότι το Ιράκ βοηθούσε τις τρομοκρατικές ομάδες, συμπεριλαμβανομένης της Αλ Κάιντα. Είπε ότι είχε αποδείξεις ότι το Ιράκ κατασκεύαζε επίσης όπλα μαζικής καταστροφής. Έστειλε τον υπουργό Εξωτερικών Κόλιν Πάουελ στα Ηνωμένα Έθνη για να τους δείξει ορισμένα από τα στοιχεία. Τον Μάρτιο του 2003, οι Ηνωμένες Πολιτείες άρχισαν την εισβολή τους στο Ιράκ. (Συμμετείχαν επίσης άλλες τέσσερις χώρες, μεταξύ των οποίων το Ηνωμένο Βασίλειο, η Αυστραλία, η Πολωνία και η Δανία). Η κυβέρνηση του Ιράκ ανατράπηκε και ο λαός του Ιράκ εξέλεξε νέα κυβέρνηση. Δεν βρέθηκαν όπλα μαζικής καταστροφής στο Ιράκ.
Στις 2 Μαΐου 2011, οι SEALs του Πολεμικού Ναυτικού των Ηνωμένων Πολιτειών σκότωσαν τον ηγέτη της Αλ Κάιντα Οσάμα Μπιν Λάντεν, ο οποίος ήταν επικεφαλής των επιθέσεων της 11ης Σεπτεμβρίου 2001, μεταξύ άλλων τρομοκρατικών προσπαθειών.