Πρόεδρος της Νότιας Κορέας
Στο τέλος του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, ο Rhee επέστρεψε στη Σεούλ. Αυτό έγινε πριν από τους άλλους ηγέτες της ανεξαρτησίας, καθώς ήταν ο μόνος γνωστός στους Συμμάχους. Το 1945, επιλέχθηκε ως επικεφαλής μιας προσωρινής (βραχυπρόθεσμης) κυβέρνησης. Με την ανομολόγητη συμφωνία των αρχών κατοχής, ο Rhee πραγματοποίησε μια σειρά από ενέργειες για την "απομάκρυνση του κομμουνισμού". Αυτό ήταν στην πραγματικότητα ένα κρυφό σχέδιο για την εξάλειψη κάθε πιθανής αντιπολίτευσης εναντίον του.
Ο Rhee εξελέγη ο πρώτος πρόεδρος της Νότιας Κορέας στις 10 Μαΐου 1948 με κοινοβουλευτική ψηφοφορία. Νίκησε τον Κιμ Κου, τον τελευταίο πρόεδρο της Προσωρινής Κυβέρνησης, με 180 ψήφους έναντι 16. Όλα τα αριστερά κόμματα αρνήθηκαν να λάβουν μέρος στις εκλογές. Στις 15 Αυγούστου 1948, ανέλαβε επίσημα την εξουσία από τον αμερικανικό στρατό και έγινε η νόμιμη εξουσία επί του κορεατικού λαού.
Ως πρόεδρος, ο Rhee ανέλαβε δικτατορικές εξουσίες ακόμη και πριν από την έναρξη του πολέμου της Κορέας το 1950. Επέτρεψε στη δύναμη εσωτερικής ασφάλειας (με επικεφαλής το δεξί του χέρι, τον Kim Chang-ryong) να φυλακίζει και να βασανίζει ανθρώπους που θεωρούνταν κομμουνιστές ή πράκτορες της Βόρειας Κορέας. Η κυβέρνησή του διηύθυνε επίσης αρκετές σφαγές, με πιο γνωστή αυτή στο νησί Τζέτζου. Αυτό έγινε μετά από εξέγερση αριστερών ομάδων. Ενώ σφαγές συνέβησαν και υπό τις κυβερνήσεις που ακολούθησαν τον Rhee, δεν ήταν τόσες πολλές και λιγότερο εκτεταμένες. []
Πόλεμος της Κορέας
Ο Rhee έκανε τον εαυτό του αντιδημοφιλή λέγοντας στους κατοίκους της Σεούλ να παραμείνουν στην πόλη όταν ξεκίνησε ο πόλεμος της Κορέας. Εκείνος είχε ήδη φύγει. Η απόφασή του να κόψει τις γέφυρες στον ποταμό Χαν εμπόδισε χιλιάδες ανθρώπους να διαφύγουν από τους κομμουνιστές. Τα Ηνωμένα Έθνη και οι δυνάμεις της Νότιας Κορέας αντεπιτέθηκαν και απώθησαν τους Βορειοκορεάτες βόρεια προς τον ποταμό Γιαλού. Μετά από μια κινεζική αντεπίθεση, τα Ηνωμένα Έθνη και η Νότια Κορέα απωθήθηκαν στη σημερινή DMZ. Ο Rhee έγινε αντιπαθής με τις ΗΠΑ και τον ΟΗΕ επειδή αρνήθηκε να συμφωνήσει σε μια σειρά ειρηνευτικών σχεδίων που θα άφηναν την Κορέα διαιρεμένη. Ήθελε να γίνει ηγέτης μιας ενωμένης Κορέας με τη βοήθεια του ΟΗΕ. Προσπάθησε να σταματήσει κάθε ειρηνευτικό σχέδιο που δεν θα απομάκρυνε εντελώς τη βόρεια κυβέρνηση. Υποστήριξε επίσης την ενίσχυση της στρατιωτικής δράσης κατά της Κίνας. Ήταν ενοχλημένος επειδή οι ΗΠΑ δεν βομβάρδιζαν την Κίνα.
Στις 18 Ιανουαρίου 1952, ο Rhee κήρυξε την κυριαρχία της Νότιας Κορέας στα ύδατα γύρω από την κορεατική χερσόνησο. Αυτή ήταν μια ιδέα ίδια με τις σημερινές αποκλειστικές οικονομικές ζώνες. Τα νέα σύνορα, τα οποία ο Rhee ονόμασε "Γραμμή Ειρήνης", περιλάμβαναν το νησί Tsushima και τα ακατοίκητα νησιά με το όνομα Dokdo. Αυτό οδήγησε σε διαμαρτυρίες από την ιαπωνική κυβέρνηση. Υποστήριξαν ότι τα νησιά αποτελούσαν ιαπωνικό έδαφος. Ακολούθησαν μικρές συγκρούσεις, αλλά τα νησιά βρίσκονται έκτοτε υπό νοτιοκορεατική διοίκηση.
Καθ' όλη τη διάρκεια της διακυβέρνησής του, ο Rhee έλαβε επιπλέον μέτρα για να διατηρήσει τον έλεγχό του επί της κυβέρνησης. Τον Μάιο του 1952 ο Rhee προώθησε συνταγματικές αλλαγές που έκαναν την προεδρία άμεσα εκλεγμένη θέση. Για να περάσει αυτό από το κοινοβούλιο κήρυξε στρατιωτικό νόμο. Φυλάκισε τα μέλη του κοινοβουλίου που πίστευε ότι θα ψήφιζαν κατά. Σύντομα ο Rhee εξελέγη με μεγάλη πλειοψηφία. Στις εκλογές του 1954 ανέκτησε τον έλεγχο του κοινοβουλίου. Πίεσε μια τροπολογία για να εξαιρεθεί από το όριο των οκτώ ετών για τους προέδρους.
Οι πιθανότητες επανεκλογής του Rhee κατά τη διάρκεια της προεδρικής εκστρατείας του 1956 φαίνονταν μικρές. Ο κόσμος δεν πίστευε ότι θα έπρεπε να του επιτραπεί να γίνει πρόεδρος τρεις φορές. Ο κύριος υποψήφιος της αντιπολίτευσης Shin Ik-hee συγκέντρωσε μεγάλα πλήθη κατά τη διάρκεια της εκστρατείας του. Ο αιφνίδιος θάνατος του Shin κατά τη διάρκεια της εκστρατείας, ωστόσο, επέτρεψε στον Rhee να κερδίσει την προεδρία με ευκολία. Ο επιλαχών των εκλογών αυτών, ο Cho Bong-am του Προοδευτικού Κόμματος, κατηγορήθηκε αργότερα για κατασκοπεία και εκτελέστηκε το 1959.
Παραίτηση
Μέχρι το 1960, ο Rhee είχε ήδη υπηρετήσει τρεις θητείες στο αξίωμα. Η επόμενη νίκη του ήταν βέβαιη, αφού ο κύριος υποψήφιος της αντιπολίτευσης, ο Cho Byeong-ok, πέθανε λίγο πριν από τις εκλογές της 15ης Μαρτίου. Ο Rhee κέρδισε με το 90% των ψήφων. Η πραγματική αναμέτρηση ήταν στην κούρσα για τον αντιπρόεδρο. Αυτή διεξήχθη ξεχωριστά σύμφωνα με τον νόμο της εποχής. Ο Yi Gi-bung, ο οποίος ο Rhee πίστευε ότι έπρεπε να αναλάβει μετά από αυτόν, ανακηρύχθηκε νικητής των εκλογών που η αντιπολίτευση ισχυρίστηκε ότι ήταν στημένες. Αυτό δημιούργησε οργή μεταξύ ομάδων του κορεατικού λαού. Το φοιτητικό κίνημα της 19ης Απριλίου ανάγκασε τον Rhee να παραιτηθεί στις 26 Απριλίου.
Στις 28 Απριλίου, ένα DC-4 που ανήκε στη CIA και λειτουργούσε ως Civil Air Transport μετέφερε τον Rhee από τη Νότια Κορέα. Αυτό έγινε για να τον σώσει από τα εξαγριωμένα πλήθη. Ο Kim Yong Kap, αναπληρωτής υπουργός Οικονομικών του Rhee, αποκάλυψε ότι ο πρόεδρος Rhee είχε πάρει 20 εκατομμύρια δολάρια από κρατικά χρήματα για τον εαυτό του. Ο Rhee, η αυστριακής καταγωγής σύζυγός του, Francisca Donner, και ο υιοθετημένος γιος του έζησαν εξόριστοι στη Χονολουλού της Χαβάης. Στις 19 Ιουλίου 1965, ο Rhee πέθανε από εγκεφαλικό επεισόδιο. Η σορός του επέστρεψε στη Σεούλ και θάφτηκε στο Εθνικό Κοιμητήριο στις 27 Ιουλίου 1965.
