Οι αρχαιολόγοι πιστεύουν ότι το είδος επιβίωνε στις Φλόρες τουλάχιστον μέχρι πριν από 12.000 χρόνια. Αυτό το καθιστά το μακροβιότερο μη σύγχρονο ανθρώπινο είδος. Έζησε επίσης περισσότερο από τους Νεάντερταλ (H. neanderthalensis), οι οποίοι εξαφανίστηκαν πριν από περίπου 24.000 χρόνια.
Λόγω ενός βαθύ γειτονικού στενού, η Φλόρες παρέμεινε απομονωμένη κατά την τελευταία εποχή των παγετώνων. Εξαιτίας αυτού, οι ανακαλύπτες του H. floresiensis πιστεύουν ότι το είδος, ή οι πρόγονοί του, πρέπει να έφτασαν στο απομονωμένο νησί με θαλάσσια μεταφορά πριν από περίπου 100.000 χρόνια (ή, αν πρόκειται για τον H. erectus, τότε πριν από περίπου 1 εκατομμύριο χρόνια).
Η τοπική γεωλογία υποδηλώνει ότι μια ηφαιστειακή έκρηξη στη Φλόρες πριν από περίπου 12.000 χρόνια ήταν υπεύθυνη για το τέλος του H. floresiensis και των ζώων που ζούσαν στο νησί. Ο ελέφαντας Stegodon εξαφανίστηκε επίσης εκείνη την εποχή.
Ιστορίες μετέπειτα επιβίωσης
Υπάρχουν τοπικές ιστορίες ότι μια μικρή φυλή ανθρώπων ζούσε στο νησί. Οι Ebu Gogo ήταν μικροί, τριχωτοί, φτωχοί σε γλώσσα κάτοικοι σπηλαίων. Λέγεται ότι βρίσκονταν εκεί την εποχή της άφιξης των πρώτων πορτογαλικών πλοίων κατά τον 16ο αιώνα. Υποστηρίζεται ότι τα πλάσματα αυτά υπήρχαν μέχρι και τα τέλη του 19ου αιώνα. Ο Gerd van den Bergh, παλαιοντολόγος που εργάζεται με τα απολιθώματα, ανέφερε ότι άκουσε για το Ebu Gogo δέκα χρόνια πριν από την ανακάλυψη των απολιθωμάτων. Στο κοντινό νησί της Σουμάτρας, υπάρχουν αναφορές για ένα ανθρωποειδές ύψους 1-1,5 μ., το Orang Pendek, το οποίο μπορεί να σχετίζεται με το H. floresiensis.