Το απόγευμα της ημέρας του ατυχήματος, το JA8119 είχε ήδη ολοκληρώσει δύο πτήσεις μετ' επιστροφής, JL503/504 από και προς Σαπόρο και JL363/366 από και προς Φουκουόκα. Στις 5.17μμ, το αεροπλάνο είχε μόλις ολοκληρώσει την πτήση JL366 και ήταν σταθμευμένο στο σημείο 18 του Διεθνούς Αεροδρομίου του Τόκιο, ετοιμαζόμενο για την πτήση JL123 προς την Οσάκα.
Στις 6.04 μ.μ., το αεροπλάνο άρχισε να τροχοδρομεί προς τον διάδρομο προσγείωσης. Η απογείωση έγινε στις 6.12μμ και το αεροπλάνο ανέβηκε στο ύψος πτήσης των 24000ft (περίπου 7300 μέτρα). Μέχρι τότε, όλα ήταν εντάξει.
Στις 6.24 μ.μ. ακούστηκε ξαφνικά ένας δυνατός θόρυβος, ο οποίος προκλήθηκε από την αστοχία του διαφράγματος πίεσης. Αυτό προκάλεσε εκρηκτική αποσυμπίεση. Ο αέρας βγήκε από το αεροπλάνο και ανατίναξε την ουρά του αεροπλάνου. Καθώς και οι τέσσερις υδραυλικές γραμμές, οι οποίες ελέγχουν το αεροπλάνο, βρίσκονται στην ουρά, το αεροπλάνο έγινε ανεξέλεγκτο. 46 δευτερόλεπτα αργότερα οι πιλότοι έδωσαν σήμα 7700 (που σημαίνει ότι βρίσκονται σε κατάσταση έκτακτης ανάγκης) και ζήτησαν να επιστρέψουν στο Διεθνές Αεροδρόμιο του Τόκιο. Ωστόσο, παρόλο που ο ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας ενέκρινε το αεροπλάνο να στρίψει προς το Τόκιο, το αεροπλάνο άρχισε περιέργως να κατευθύνεται προς τη βορειοδυτική κατεύθυνση. Στις 18.28, ο ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας του Τόκιο ζήτησε από τους πιλότους να στρίψουν αριστερά, αλλά έλαβε το μήνυμα από τους πιλότους: "τώρα ανεξέλεγκτο". Μέχρι τότε, το αεροπλάνο κινούνταν με έναν τρόπο που ονομάζεται φουγκοειδής κίνηση, ανεβαίνοντας μέχρι να χάσει ταχύτητα και να σταματήσει, στη συνέχεια η μύτη κατεβαίνει και κερδίζει ταχύτητα μέχρι το αεροπλάνο να είναι σε θέση να ανέβει ξανά. Η φουγκοειδής κίνηση επαναλαμβανόταν μέχρι το τέλος της πτήσης.
Στις 6.31 μ.μ., ο ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας ρώτησε το αεροπλάνο αν μπορεί να προσγειωθεί στο αεροδρόμιο της Ναγκόγια, το οποίο απείχε 72 μίλια (περίπου 133 χλμ.) από το αεροπλάνο. Ωστόσο, οι πιλότοι ήθελαν να επιστρέψουν στο Τόκιο. Μεταξύ 6.35μ.μ. και 6.56μ.μ., οι πιλότοι αγωνίστηκαν να ελέγξουν το αεροπλάνο χωρίς την ουρά. Αυτό απέτυχε, καθώς το αεροπλάνο πέταξε ανεξέλεγκτα προς τα βουνά.
Στις 6.56 μ.μ., η δεξιά πτέρυγα του αεροπλάνου προσέκρουσε σε μια κορυφογραμμή. Στη συνέχεια το αεροπλάνο συνέχισε την πτήση του, προσέκρουσε σε μια δεύτερη κορυφογραμμή και εξερράγη. 520 άτομα έχασαν τη ζωή τους, ενώ 4 επέζησαν.
Ο χρόνος που απαιτείται για τη συντριβή του αεροπλάνου μετά την αστοχία του διαφράγματος είναι 32 λεπτά. Το ατύχημα ήταν το χειρότερο στην ιστορία της αεροπλοΐας με εκρηκτική αποσυμπίεση.