Η περμινερλοποίηση είναι μια διαδικασία απολίθωσης κατά την οποία οι ορυκτές αποθέσεις σχηματίζουν εσωτερικά εκμαγεία οργανισμών.
Τα ανόργανα συστατικά του νερού γεμίζουν τους χώρους στο εσωτερικό των οργανικών ιστών. Η διαδικασία αυτή δίνει μια καταγραφή των μαλακών ιστών καθώς και των σκληρών ιστών. Τα απολιθώματα με μόνιμη ανόργανωση είναι χρήσιμα για τη μελέτη των εσωτερικών δομών, ιδίως των φυτών.
Το νερό από το έδαφος, τις λίμνες ή τους ωκεανούς εισχωρεί στους πόρους του οργανικού ιστού και σχηματίζει ένα κρυσταλλικό εκμαγείο με τα εναποτιθέμενα ορυκτά. Οι κρύσταλλοι αρχίζουν να σχηματίζονται στα πορώδη κυτταρικά τοιχώματα. Η διαδικασία αυτή συνεχίζεται στην εσωτερική επιφάνεια των τοιχωμάτων έως ότου γεμίσει πλήρως η κεντρική κοιλότητα του κυττάρου, ο αυλός. Τα ίδια τα κυτταρικά τοιχώματα παραμένουν άθικτα γύρω από τους κρυστάλλους. Η περμεταλλοποίηση διαφέρει από την απολίθωση στο ότι το οργανικό υλικό γεμίζει μόνο με ανόργανα άλατα και δεν αντικαθίσταται πλήρως. Η περμεταλλοποίηση μπορεί να συμβεί με διάφορους τρόπους:
