Το γονιδίωμα του Pithovirus έχει 467 διαφορετικά γονίδια, περισσότερα από έναν τυπικό ιό αλλά πολύ λιγότερα από τον Pandoravirus. Το γονιδίωμά του είναι πολύ λιγότερο πυκνά συσκευασμένο από οποιονδήποτε άλλο γνωστό ιό. Τα δύο τρίτα των πρωτεϊνών του δεν μοιάζουν με εκείνες άλλων ιών. Παρά τη φυσική ομοιότητα με τον Pandoravirus, η αλληλουχία του γονιδιώματος του Pithovirus δείχνει ότι μόλις και μετά βίας σχετίζεται με αυτόν τον ιό. Μοιάζει περισσότερο με μέλη ορισμένων άλλων οικογενειών ιών. Όλες αυτές οι οικογένειες περιέχουν μεγάλους εικοσαεδρικούς ιούς με γονιδίωμα DNA. Το γονιδίωμα του Pithovirus έχει 36% περιεκτικότητα σε GC, παρόμοια με αυτή των Megaviridae, σε αντίθεση με ποσοστό μεγαλύτερο από 61% για τους pandoraviruses.
Αντιγραφή
Το γονιδίωμα του Pithovirus είναι ένα κυκλικό, δίκλωνο DNA (dsDNA) χρωμόσωμα περίπου 610.000 ζευγών βάσεων (bp). Το DNA του μεταφράζεται σε 467 διαφορετικές πρωτεΐνες. Το γονιδίωμα κωδικοποιεί όλες τις πρωτεΐνες που απαιτούνται για την παραγωγή mRNA- οι πρωτεΐνες αυτές είναι παρούσες στα καθαρισμένα ιώματα.
Ο ιός Pithovirus κάνει ολόκληρο τον κύκλο αντιγραφής του στο κυτταρόπλασμα του ξενιστή του και όχι με την πιο τυπική μέθοδο κατάληψης του πυρήνα του ξενιστή.