18ος αιώνας
Το έτος 1795 σηματοδότησε την έναρξη της Δημοκρατίας της Βαταβίας. Ένα από τα μέλη της νέας κυβέρνησης ήταν ο Ισαάκ Γκόγκελ. Πρότεινε ένα νέο εθνικό μουσείο, όπως το γαλλικό Λούβρο. Στις 19 Νοεμβρίου 1798, η κυβέρνηση συμφώνησε για το μουσείο.
Στις 31 Μαΐου 1800, το νέο μουσείο άνοιξε τις πύλες του. Αρχικά ήταν γνωστό ως Εθνική Πινακοθήκη (ολλανδικά: Nationale Kunst-Galerij). Διέθετε περίπου 200 πίνακες και άλλα αντικείμενα. Αυτοί προέρχονταν από τις συλλογές των ολλανδών stadtholders.
19ος αιώνας
Το 1806, το Βασίλειο της Ολλανδίας ιδρύθηκε από τον Ναπολέοντα Βοναπάρτη. Αντικατέστησε τη Δημοκρατία της Μπαταβίας. Το 1808, το μουσείο μεταφέρθηκε στο Άμστερνταμ, όπως διέταξε ο Λουδοβίκος Βοναπάρτης. Μετά τη μετακόμιση, προστέθηκαν περισσότεροι πίνακες. Μεταξύ αυτών ήταν και η Νυχτερινή Φρουρά του Ρέμπραντ.
Το 1863, διεξήχθη διαγωνισμός για ένα νέο κτίριο για το μουσείο. Καμία από τις προτάσεις δεν επιλέχθηκε.
Το 1876, διεξήχθη νέος διαγωνισμός και αυτή τη φορά κέρδισε ο Pierre Cuypers. Το σχέδιό του ήταν ένα μείγμα γοτθικού και αναγεννησιακού ρυθμού. Οι εργασίες για το νέο κτίριο ξεκίνησαν την 1η Οκτωβρίου 1876. Εγκαινιάστηκε στις 13 Ιουλίου 1885.[ dead lin k]
Το 1890 προστέθηκε ένα άλλο κτίριο σε μικρή απόσταση νοτιοδυτικά του Rijksmuseum. Αυτό κατασκευάστηκε από κομμάτια κατεδαφισμένων κτιρίων. Έκτοτε έγινε γνωστό ως "κτίριο θραυσμάτων". Είναι επίσης γνωστό ως η "νότια πτέρυγα" και σήμερα (το 2013) φέρει την ονομασία "πτέρυγα Philips".
20ος αιώνας
Το 1906, η αίθουσα της Νυχτερινής Φρουράς ξαναχτίστηκε. Περισσότερες αλλαγές έγιναν μεταξύ της δεκαετίας του 1920 και της δεκαετίας του 1950. Τη δεκαετία του 1960 χτίστηκαν επιπλέον δωμάτια και όροφοι. Άλλες αλλαγές και διορθώσεις έγιναν το 1984, το 1995-1996 και το 2000.
Η νότια πτέρυγα του μουσείου επισκευάστηκε το 1996.
21ος αιώνας
Τον Δεκέμβριο του 2003, το κεντρικό κτίριο έκλεισε για επισκευή. Κατά τη διάρκεια αυτών των επισκευών, περίπου 400 αντικείμενα μπορούσαν να προβληθούν στη νότια πτέρυγα. Μεταξύ αυτών περιλαμβάνονταν η Νυχτερινή Φρουρά του Ρέμπραντ και άλλοι πίνακες του 17ου αιώνα.
Οι επισκευές ολοκληρώθηκαν στις 16 Ιουλίου 2012. Στις 13 Απριλίου 2013, το κεντρικό κτίριο άνοιξε και πάλι.