Ο Κόλπος του Σαν Φρανσίσκο είναι μια ρηχή, παραγωγική εκβολή μέσω της οποίας το νερό που αποστραγγίζει περίπου το σαράντα τοις εκατό της Καλιφόρνιας, το οποίο ρέει στους ποταμούς Σακραμέντο και Σαν Χοακίν από τα βουνά Σιέρα Νεβάδα και την Κεντρική Κοιλάδα, εισέρχεται στον Ειρηνικό Ωκεανό. Τυπικά, και οι δύο ποταμοί εκβάλλουν στον κόλπο Suisun, ο οποίος βοηθά τη ροή του μέσω του στενού Carquinez για να συναντηθεί με τον ποταμό Napa στην είσοδο του κόλπου San Pablo, ο οποίος συνδέεται στο νότιο άκρο του με τον κόλπο του Σαν Φρανσίσκο, αν και ολόκληρη η ομάδα των διασυνδεδεμένων κόλπων αναφέρεται συχνά ως "ο κόλπος του Σαν Φρανσίσκο".
Ο κόλπος του Σαν Φρανσίσκο βρίσκεται στην πολιτεία Καλιφόρνια των ΗΠΑ και περιβάλλεται από μια περιοχή γνωστή ως San Francisco Bay Area, που βρίσκεται κοντά στις μεγάλες πόλεις Σαν Φρανσίσκο, Όκλαντ και Σαν Χοσέ.
Ο Κόλπος καλύπτει κάπου μεταξύ 400 [1] και 1.600 [2] τετραγωνικών μιλίων (1.040 έως 4.160 τετραγωνικά χιλιόμετρα), ανάλογα με το ποιοι υπο-κόλποι (όπως ο Κόλπος San Pablo), εκβολές ποταμών, υγρότοποι κ.λπ. περιλαμβάνονται στη μέτρηση.



