Η φυλακή χτίστηκε το 1876. Στην αρχή χρησιμοποιήθηκε μόνο για στρατιώτες, αλλά μετά το 1919 χρησιμοποιήθηκε και για πολίτες κρατούμενους. Εκείνη την εποχή φιλοξενούσε έως και 600 κρατούμενους.
Μετά την πυρκαγιά του Ράιχσταγκ το 1933, αντίπαλοι του Χίτλερ και δημοσιογράφοι όπως ο Egon Kisch και ο Carl von Ossietzky κρατήθηκαν εκεί σε λεγόμενη προστατευτική κράτηση. Η φυλακή Σπαντάου έγινε ένα είδος προκατόχου των ναζιστικών στρατοπέδων συγκέντρωσης. Υποτίθεται ότι ελεγχόταν από το πρωσικό Υπουργείο Δικαιοσύνης, αλλά η Γκεστάπο βασάνιζε και κακοποιούσε τους κρατούμενους, όπως θυμάται ο Egon Erwin Kisch στις αναμνήσεις του από τη φυλακή Σπαντάου. Μέχρι το τέλος του 1933 είχαν κατασκευαστεί τα πρώτα ναζιστικά στρατόπεδα συγκέντρωσης (στο Νταχάου, στο Osthofen, στο Oranienburg, στο Sonnenburg, στο Lichtenburg και στα βαλτώδη στρατόπεδα γύρω από το Esterwegen). Όλοι οι εναπομείναντες κρατούμενοι σε "προστατευτική φύλαξη" στις κρατικές φυλακές μεταφέρθηκαν σε αυτά τα στρατόπεδα συγκέντρωσης.
Μετά τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο λειτούργησε από τις Αρχές των τεσσάρων δυνάμεων για να στεγάσει τους ναζιστές εγκληματίες πολέμου που καταδικάστηκαν σε φυλάκιση στις δίκες της Νυρεμβέργης.
Μόνο επτά κρατούμενοι φυλακίστηκαν τελικά εκεί. Έφτασαν από τη Νυρεμβέργη στις 18 Ιουλίου 1947 και ήταν οι εξής:
- Rudolf Hess - εκτίει ποινή ισόβιας κάθειρξης (πέθανε το 1987)
- Walther Funk - εκτίει ποινή ισόβιας κάθειρξης (απελευθερώθηκε στις 16 Μαΐου 1957)
- Erich Raeder - εκτίει ποινή ισόβιας κάθειρξης (αποφυλακίστηκε το 1955)
- Άλμπερτ Σπέερ - εξέτισε ποινή 20 ετών (απελευθερώθηκε το 1966)
- Baldur von Schirach - εκτίει ποινή 20 ετών (απελευθερώθηκε το 1966)
- Konstantin von Neurath - εκτίει ποινή 15 ετών (απελευθερώθηκε το 1954)
- Karl Dönitz - με 10ετή θητεία (απελευθερώθηκε το 1956)
Από τους επτά, μόνο οι τέσσερις εξέτισαν ολόκληρη την ποινή τους- οι υπόλοιποι τρεις, Neurath, Raeder και Funk, αποφυλακίστηκαν πρόωρα λόγω κακής υγείας. Μεταξύ 1966 και 1987, ο Ρούντολφ Ες ήταν ο μοναδικός κρατούμενος στις φυλακές Σπαντάου. Ο μόνος σύντροφός του ήταν ο διευθυντής, Eugene K. Bird, ο οποίος έγινε στενός του φίλος. Ο Bird έγραψε ένα βιβλίο για τη φυλάκιση του Hess με τίτλο The Loneliest Man in the World (Ο πιο μοναχικός άνθρωπος στον κόσμο).
Το Spandau ήταν ένας από τους δύο μόνο οργανισμούς των τεσσάρων δυνάμεων που συνέχισαν να λειτουργούν μετά τη διάλυση του Συμμαχικού Συμβουλίου Ελέγχου- ο άλλος ήταν το Κέντρο Αεροπορικής Ασφάλειας του Βερολίνου. Οι τέσσερις δυνάμεις κατοχής του Βερολίνου εναλλάσσουν τον έλεγχο της φυλακής σε μηνιαία βάση, έχοντας η καθεμία την ευθύνη για συνολικά τρεις μήνες το χρόνο.
Η φυλακή κατεδαφίστηκε το 1987, κυρίως για να αποτραπεί η μετατροπή της σε νεοναζιστικό ιερό, μετά το θάνατο του τελευταίου εναπομείναντος κρατούμενου, του Ρούντολφ Χες, ο οποίος ήταν ο μοναδικός ένοικος της φυλακής μετά την απελευθέρωση των Σπέερ και φον Σίραχ το 1966. Ο χώρος μετατράπηκε σε χώρο στάθμευσης αυτοκινήτων και σε εμπορικό κέντρο της NAAFI, το οποίο ονομάστηκε The Britannia Centre Spandau και πήρε το παρατσούκλι Hessco's από μια βρετανική αλυσίδα σούπερ μάρκετ με την ονομασία "TESCO". Όλα τα υλικά από την κατεδαφισμένη φυλακή αλέστηκαν σε σκόνη και απορρίφθηκαν στη Βόρεια Θάλασσα ή θάφτηκαν στην πρώην RAF Gatow.
Το 2006 ένα σούπερ μάρκετ Kaiser's, ένα ALDI και ένα κατάστημα ηλεκτρονικών ειδών Media Markt κατέλαβαν τους χώρους της πρώην φυλακής. Στα τέλη του 2008, η Media Markt εγκατέλειψε το κεντρικό εμπορικό συγκρότημα.