Η κοιλάδα του ποταμού και η γύρω περιοχή ήταν αρχικά κατεχόμενη από τους Οτζίμπουε, τους Ντακότα και εννέα άλλες φυλές Ινδιάνων της Αμερικής. Οι Ινδιάνοι ζούσαν κυρίως με άγριο ρύζι, ψάρια και θηράματα. Μέχρι τον δέκατο όγδοο αιώνα, οι Οτζίμπουε και οι Ντακότα ήταν οι δύο κύριες φυλές που κατοικούσαν στην περιοχή. Αυτό διήρκεσε μέχρι περίπου το 1745, όταν οι Ντακότα εκδιώχθηκαν από την κοιλάδα του Σεντ Κρουά ως αποτέλεσμα της μάχης του Κάθιο. Αξίζει να σημειωθεί ότι πολλοί Ντακότα και Οτζίμπουε κατοικούν ακόμη και σήμερα στην περιοχή αυτή, καθώς θεωρείται ιδιαίτερα μέρος της πατρίδας των Ντακότα.
Εμπόριο γούνας
Οι πρώτοι Ευρωπαίοι που έφτασαν στην περιοχή ήταν ο Sieur du Lhut και οι άνδρες του το φθινόπωρο και το χειμώνα του 1679-1680. Για τα επόμενα ογδόντα χρόνια η περιοχή βρισκόταν κυρίως υπό γαλλική επιρροή. Το εμπόριο γούνας αναπτύχθηκε καθ' όλο το πρώτο μισό του δέκατου όγδοου αιώνα. Τα δέρματα κάστορα ήταν ένα από τα κύρια προϊόντα. Στο γαλλικό εμπόριο στην άνω κοιλάδα κυριαρχούσαν οι Οτζίμπουε. Ήταν συνδεδεμένοι με τους εμπόρους της λίμνης Superior. Στην κάτω κοιλάδα οι Ντακότα βοηθούσαν στο εμπόριο με τους εμπόρους που είχαν την έδρα τους στο Σεντ Λούις. Μετά το τέλος του Γαλλοϊνδιάνικου Πολέμου το 1763, εισήλθαν στην περιοχή Βρετανοί έμποροι. Αυξήθηκαν σε αριθμό και επιρροή με τη βοήθεια της ισχυρής North West Company.
Καταγραφή
Η Συνθήκη του Σεντ Πίτερς του 1837 με τους Οτζίμπουε έδωσε στην κυβέρνηση των Ηνωμένων Πολιτειών μια μεγάλη έκταση γης στο σημερινό βόρειο κεντρικό Ουισκόνσιν και την ανατολική κεντρική Μινεσότα. Αυτό άνοιξε την περιοχή στην υλοτομία. Ο ποταμός ήταν σημαντικός για να επιπλέουν οι κορμοί στα κατάντη προς τα πριονιστήρια που τους επεξεργάζονταν. Κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 1840, σημαντικά πριονιστήρια βρίσκονταν στο St. Croix Falls και στο Marine on St. Croix. Στη δεκαετία του 1850 το Stillwater έγινε ο κύριος προορισμός ξυλείας. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου ο πληθυσμός του Stillwater αυξήθηκε ραγδαία. Άνοιξαν νέα πριονιστήρια και η πόλη γνώρισε εισροή κεφαλαίων, κυρίως από εταιρείες ξυλείας με έδρα το Σεντ Λούις. Το 1856 άρχισε η κατασκευή ενός εργοταξίου δύο μίλια βόρεια του Στιλγουότερ. Χρησιμοποιήθηκε για τη συγκράτηση και τη διαλογή των κορμών που επέπλεαν στο ρεύμα. Το boom λειτούργησε για πάνω από πενήντα χρόνια. Η τοποθεσία St. Croix Boom Site είναι σήμερα ένα σημείο ανάπαυσης και ένα εθνικό ιστορικό ορόσημο κατά μήκος της Πολιτειακής Οδού 95 της Μινεσότα.
Στην άνω κοιλάδα του ποταμού St. Croix υπήρχαν τεράστια δάση λευκής πεύκης. Αυτά παρείχαν τα δασικά προϊόντα με τα οποία χτίστηκαν οι πόλεις κατά μήκος της λίμνης St. Croix, η Μινεάπολη και ο St. Ο St. Croix μαζί με τα δάση στις κοιλάδες Red Cedar, Chippewa και Rum παρείχαν προμήθειες για την οικοδόμηση της Winona, στη Μινεσότα, του Davenport, στην Αϊόβα, του Rock Island, στο Ιλινόις, και του St. Louis.
Η βιομηχανία ξυλείας συνέχισε να αναπτύσσεται καθ' όλο το δεύτερο μισό του δέκατου ένατου αιώνα, ενώ οι μεγαλύτερες μεταφορές κορμών την άνοιξη προκάλεσαν κινδύνους για τη ναυσιπλοΐα στον ποταμό πάνω από το Stillwater. Οι κορμοί συχνά εγκλωβίζονταν σε φραγμούς κορμών στα στενά σημεία του ποταμού Σεντ Κρουά κοντά στους καταρράκτες του Σεντ Κρουά. Το 1883 ο αποκλεισμός ήταν τόσο σοβαρός που χρειάστηκαν σχεδόν δύο μήνες για να αποκατασταθεί η ροή των κορμών. Στην κορύφωσή της το 1890, η υλοτομία στην κοιλάδα του ποταμού St. Croix παρήγαγε 450.000.000 πόδια (1.100.000 m ) 3ξυλείας και κορμών. Η βιομηχανία ξυλείας συνεχίστηκε έως ότου η τελευταία μεγάλη κίνηση κορμοτεμαχίων το 1912 σηματοδότησε το τέλος των πλούσιων δασών λευκής πεύκης της περιοχής.
Στις όχθες του St. Croix, στην πόλη Stillwater, προτάθηκε για πρώτη φορά η ίδρυση της πολιτείας της Μινεσότα το 1848.