Κάποια στιγμή στις αρχές Μαΐου του 1779, ο Άρνολντ συναντήθηκε με τον Στάνσμπερι. Ο Stansbury, του οποίου η κατάθεση ενώπιον βρετανικής επιτροπής τοποθέτησε προφανώς λανθασμένα την ημερομηνία τον Ιούνιο, δήλωσε ότι, μετά τη συνάντηση με τον Arnold, "πήγα κρυφά στη Νέα Υόρκη με μια προσφορά των υπηρεσιών [του Arnold] στον Sir Henry Clinton". Αγνοώντας τις οδηγίες του Άρνολντ να μην εμπλέξει κανέναν άλλον στη συνωμοσία, ο Στάνσμπερι διέσχισε τις βρετανικές γραμμές και πήγε να δει τον Τζόναθαν Οντέλ στη Νέα Υόρκη. Ο Οντέλ ήταν ένας πιστός που συνεργαζόταν με τον Γουίλιαμ Φράνκλιν, τον τελευταίο αποικιακό κυβερνήτη της Νέας Ιερσέης και γιο του Βενιαμίν Φράνκλιν. Στις 9 Μαΐου ο Φράνκλιν σύστησε τον Στάνσμπερι στον ταγματάρχη Αντρέ, ο οποίος μόλις είχε διοριστεί επικεφαλής των Βρετανών κατασκόπων. Αυτή ήταν η αρχή μιας μυστικής αλληλογραφίας μεταξύ του Άρνολντ και του Αντρέ, χρησιμοποιώντας μερικές φορές τη σύζυγό του Πέγκι ως πρόθυμη μεσάζουσα, η οποία κορυφώθηκε πάνω από ένα χρόνο αργότερα με την αλλαγή πλευράς του Άρνολντ.
Μυστικές επικοινωνίες
Ο Αντρέ μίλησε με τον στρατηγό Κλίντον, ο οποίος του έδωσε ευρεία εξουσιοδότηση να ακολουθήσει την προσφορά του Άρνολντ. Στη συνέχεια, ο André συνέταξε οδηγίες προς τον Stansbury και τον Arnold. Αυτή η πρώτη επιστολή άνοιξε μια συζήτηση σχετικά με τα είδη της βοήθειας και των πληροφοριών που θα μπορούσε να παράσχει ο Arnold και περιλάμβανε οδηγίες για τον τρόπο επικοινωνίας στο μέλλον. Οι επιστολές θα περνούσαν μέσα από τον κύκλο των γυναικών στον οποίο ανήκε η Peggy Arnold, αλλά μόνο η Peggy θα γνώριζε ότι ορισμένες επιστολές περιείχαν οδηγίες γραμμένες τόσο με κώδικα όσο και με αόρατο μελάνι, οι οποίες θα έπρεπε να διαβιβαστούν στον André, χρησιμοποιώντας τον Stansbury ως ταχυδρόμο.
Μέχρι τον Ιούλιο του 1779, ο Άρνολντ παρείχε στους Βρετανούς τις θέσεις και τις δυνάμεις των στρατευμάτων, καθώς και τις θέσεις των αποθηκών ανεφοδιασμού, ενώ παράλληλα διαπραγματευόταν την αποζημίωση. Αρχικά, ζήτησε αποζημίωση για τις απώλειές του και 10.000 λίρες Αγγλίας, ποσό που το Ηπειρωτικό Κογκρέσο είχε δώσει στον Τσαρλς Λι για τις υπηρεσίες του στον Ηπειρωτικό Στρατό. Ο στρατηγός Κλίντον, ο οποίος πραγματοποιούσε εκστρατεία για να αποκτήσει τον έλεγχο της κοιλάδας του ποταμού Χάντσον, ενδιαφερόταν για σχέδια και πληροφορίες σχετικά με την άμυνα του Γουέστ Πόιντ και άλλες άμυνες στον ποταμό Χάντσον. Άρχισε επίσης να επιμένει σε μια προσωπική συνάντηση και πρότεινε στον Άρνολντ να επιδιώξει μια άλλη διοίκηση υψηλού επιπέδου. Μέχρι τον Οκτώβριο του 1779, οι διαπραγματεύσεις είχαν σταματήσει. Επιπλέον, πατριωτικοί όχλοι έψαχναν στη Φιλαδέλφεια για πιστούς και ο Άρνολντ και η οικογένεια Σίπεν απειλούνταν. Το Κογκρέσο και οι τοπικές αρχές απέρριπταν τα αιτήματα του Άρνολντ για την παροχή λεπτομερειών ασφαλείας για τον ίδιο και τα πεθερικά του.
Στρατοδικείο
Το στρατοδικείο που θα εξέταζε τις κατηγορίες κατά του Άρνολντ άρχισε να συνεδριάζει την 1η Ιουνίου 1779, αλλά καθυστέρησε μέχρι τον Δεκέμβριο του 1779 λόγω της κατάληψης του Στόνυ Πόιντ της Νέας Υόρκης από τον στρατηγό Κλίντον, γεγονός που έριξε τον στρατό σε έντονη δραστηριότητα για να αντιδράσει. Παρά το γεγονός ότι ορισμένα μέλη της επιτροπής των δικαστών ήταν άνδρες που δεν ήταν φιλικά διακείμενοι προς τον Άρνολντ λόγω ενεργειών και διαφορών νωρίτερα στον πόλεμο, ο Άρνολντ απαλλάχθηκε από όλες τις κατηγορίες εκτός από δύο δευτερεύουσες στις 26 Ιανουαρίου 1780. Ο Άρνολντ εργάστηκε τους επόμενους μήνες για να δημοσιοποιήσει το γεγονός αυτό- ωστόσο, στις αρχές Απριλίου, μόλις μια εβδομάδα αφότου ο Ουάσινγκτον συνεχάρη τον Άρνολντ για τη γέννηση του γιου του, Έντουαρντ Σίπεν Άρνολντ, στις 19 Μαΐου, ο Ουάσινγκτον δημοσίευσε μια επίσημη επίπληξη για τη συμπεριφορά του Άρνολντ.
Ο Αρχιστράτηγος θα ήταν πολύ πιο ευτυχής σε μια ευκαιρία να απονείμει επαίνους σε έναν αξιωματικό που είχε προσφέρει τόσο διακεκριμένες υπηρεσίες στην πατρίδα του, όπως ο υποστράτηγος Arnold, αλλά στην παρούσα περίπτωση, η αίσθηση του καθήκοντος και η ειλικρίνεια τον υποχρεώνουν να δηλώσει ότι θεωρεί τη συμπεριφορά του [στις καταδικασθείσες ενέργειες] απερίσκεπτη και ανάρμοστη.
- Ανακοίνωση που δημοσιεύθηκε από τον George Washington, 6 Απριλίου 1780
Λίγο μετά την επίπληξη της Ουάσινγκτον, μια έρευνα του Κογκρέσου σχετικά με τις δαπάνες του κατέληξε στο συμπέρασμα ότι ο Άρνολντ δεν είχε καταγράψει πλήρως τις δαπάνες του κατά την εισβολή στο Κεμπέκ και ότι χρωστούσε στο Κογκρέσο περίπου 1.000 λίρες, κυρίως επειδή δεν ήταν σε θέση να τις τεκμηριώσει. Ένας σημαντικός αριθμός αυτών των εγγράφων χάθηκε κατά την υποχώρηση από το Κεμπέκ- θυμωμένος και απογοητευμένος, ο Άρνολντ παραιτήθηκε από τη στρατιωτική διοίκηση της Φιλαδέλφειας στα τέλη Απριλίου.
Προσφορά παράδοσης του West Point
Στις αρχές Απριλίου, ο Φίλιπ Σκάιλερ είχε προσεγγίσει τον Άρνολντ με το ενδεχόμενο να του αναθέσει τη διοίκηση στο Γουέστ Πόιντ. Οι συζητήσεις μεταξύ του Σκάιλερ και της Ουάσινγκτον για το θέμα αυτό δεν είχαν αποδώσει καρπούς μέχρι τις αρχές Ιουνίου. Ο Άρνολντ άνοιξε εκ νέου τα μυστικά κανάλια με τους Βρετανούς, ενημερώνοντάς τους για τις προτάσεις του Σκάιλερ και συμπεριλαμβάνοντας την εκτίμηση του Σκάιλερ για τις συνθήκες και το Γουέστ Πόιντ. Παρέσχε επίσης πληροφορίες σχετικά με μια προτεινόμενη γαλλοαμερικανική εισβολή στο Κεμπέκ που επρόκειτο να ανέβει τον ποταμό Κονέκτικατ. (Ο Άρνολντ δεν γνώριζε ότι η προτεινόμενη αυτή εισβολή ήταν ένα τέχνασμα που αποσκοπούσε στην εκτροπή των βρετανικών πόρων). Στις 16 Ιουνίου ο Άρνολντ επιθεώρησε το Γουέστ Πόιντ ενώ επέστρεφε στο Κονέκτικατ για να τακτοποιήσει προσωπικές του υποθέσεις και έστειλε μια εξαιρετικά λεπτομερή έκθεση μέσω της μυστικής οδού. Όταν έφτασε στο Κονέκτικατ, ο Άρνολντ κανόνισε να πουλήσει το σπίτι του εκεί και άρχισε να μεταφέρει περιουσιακά στοιχεία στο Λονδίνο μέσω μεσαζόντων στη Νέα Υόρκη. Στις αρχές Ιουλίου είχε επιστρέψει στη Φιλαδέλφεια, όπου έγραψε ένα άλλο μυστικό μήνυμα προς τον Κλίντον στις 7 Ιουλίου, το οποίο υπονοούσε ότι ο διορισμός του στο West Point ήταν εξασφαλισμένος και ότι θα μπορούσε ακόμη και να παράσχει ένα "σχέδιο των έργων ... με το οποίο θα μπορούσατε να καταλάβετε [το West Point] χωρίς απώλειες".
Ο στρατηγός Κλίντον και ο ταγματάρχης Αντρέ, οι οποίοι επέστρεψαν νικητές από την πολιορκία του Τσάρλεστον στις 18 Ιουνίου, ενημερώθηκαν αμέσως για την είδηση αυτή. Ο Κλίντον, ανησυχώντας ότι ο στρατός του Ουάσινγκτον και ο γαλλικός στόλος θα ενώνονταν στο Ρόουντ Άιλαντ, προσδιόρισε και πάλι το West Point ως στρατηγικό σημείο προς κατάληψη. Ο Αντρέ, ο οποίος είχε κατασκόπους και πληροφοριοδότες που παρακολουθούσαν τον Άρνολντ, επαλήθευσε τις κινήσεις του. Ενθουσιασμένος από τις προοπτικές, ο Κλίντον ενημέρωσε τους ανωτέρους του για τα πραξικοπήματα των πληροφοριών του, αλλά δεν απάντησε στην επιστολή του Άρνολντ της 7ης Ιουλίου.
Στη συνέχεια, ο Arnold έγραψε μια σειρά επιστολών προς τον Clinton, ακόμη και πριν να περιμένει απάντηση στην επιστολή της 7ης Ιουλίου. Σε επιστολή της 11ης Ιουλίου, παραπονέθηκε ότι οι Βρετανοί δεν έδειχναν να τον εμπιστεύονται και απείλησε να διακόψει τις διαπραγματεύσεις αν δεν σημειωνόταν πρόοδος. Στις 12 Ιουλίου έγραψε ξανά, κάνοντας ρητή την προσφορά του να παραδώσει το West Point, αν και η τιμή του (εκτός από την αποζημίωση για τις απώλειές του) αυξήθηκε σε 20.000 λίρες, με προκαταβολή 1.000 λιρών που θα παραδιδόταν με την απάντηση. Οι επιστολές αυτές δεν παραδόθηκαν από τον Stansbury αλλά από τον Samuel Wallis, έναν άλλο επιχειρηματία από τη Φιλαδέλφεια που κατασκόπευε για λογαριασμό των Βρετανών.
Διοίκηση στο West Point
Στις 3 Αυγούστου 1780, ο Arnold ανέλαβε τη διοίκηση του West Point. Στις 15 Αυγούστου έλαβε μια κωδικοποιημένη επιστολή από τον Αντρέ με την τελική προσφορά του Κλίντον: 20.000 λίρες και καμία αποζημίωση για τις απώλειές του. Λόγω των δυσκολιών στη μετάδοση των μηνυμάτων μέσω των γραμμών, καμία πλευρά δεν γνώριζε για μερικές ημέρες ότι η άλλη συμφωνούσε με την προσφορά αυτή. Οι επιστολές του Άρνολντ συνέχιζαν να περιγράφουν λεπτομερώς τις κινήσεις των στρατευμάτων της Ουάσινγκτον και να παρέχουν πληροφορίες για τις γαλλικές ενισχύσεις που οργανώνονταν. Στις 25 Αυγούστου η Πέγκι του παρέδωσε τελικά τη συμφωνία του Κλίντον με τους όρους.
Ο Ουάσινγκτον, αναθέτοντας στον Άρνολντ τη διοίκηση στο West Point, του έδωσε επίσης την εξουσία σε ολόκληρο τον ελεγχόμενο από τους Αμερικανούς ποταμό Χάντσον, από το Όλμπανι μέχρι τις βρετανικές γραμμές έξω από τη Νέα Υόρκη. Καθ' οδόν προς το West Point, ο Arnold ανανέωσε τη γνωριμία του με τον Joshua Hett Smith, κάποιον που ο Arnold γνώριζε ότι είχε κάνει κατασκοπεία και για τις δύο πλευρές και ο οποίος είχε ένα σπίτι κοντά στη δυτική όχθη του Hudson, ακριβώς νότια του West Point.
Μόλις εγκαταστάθηκε στο Γουέστ Πόιντ, ο Άρνολντ άρχισε να αποδυναμώνει συστηματικά την άμυνα και τη στρατιωτική του δύναμη. Οι αναγκαίες επισκευές στην αλυσίδα του Χάντσον δεν παραγγέλθηκαν ποτέ. Τα στρατεύματα διανεμήθηκαν αφειδώς στην περιοχή διοίκησης του Arnold (αλλά μόνο ελάχιστα στο ίδιο το West Point) ή παρασχέθηκαν στην Ουάσινγκτον κατόπιν αιτήματος. Επίσης, ο ίδιος διαπομπεύει την Ουάσινγκτον με παράπονα για την έλλειψη προμηθειών, γράφοντας: "Τα πάντα λείπουν". Ταυτόχρονα, προσπάθησε να στραγγίξει τις προμήθειες του West Point, ώστε να είναι πιο πιθανό να επιτύχει μια πολιορκία. Οι υφιστάμενοί του, ορισμένοι από τους οποίους ήταν μακροχρόνιοι συνεργάτες του, γκρίνιαζαν για την άσκοπη διανομή των προμηθειών και τελικά κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι ο Άρνολντ πουλούσε κάποιες από τις προμήθειες στη μαύρη αγορά για προσωπικό όφελος.
Στις 30 Αυγούστου 30, ο Άρνολντ έστειλε επιστολή με την οποία αποδεχόταν τους όρους του Κλίντον και πρότεινε συνάντηση στον Αντρέ μέσω ενός ακόμη μεσάζοντα: William Heron, ένα μέλος της Συνέλευσης του Κονέκτικατ που πίστευε ότι μπορούσε να εμπιστευτεί. Ο Χέρον, σε μια κωμική ανατροπή, πήγε στη Νέα Υόρκη χωρίς να γνωρίζει τη σημασία της επιστολής και προσέφερε τις δικές του υπηρεσίες στους Βρετανούς ως κατάσκοπος. Στη συνέχεια πήγε την επιστολή πίσω στο Κονέκτικατ, όπου, υποψιασμένος για τις ενέργειες του Άρνολντ, την παρέδωσε στον επικεφαλής της πολιτοφυλακής του Κονέκτικατ. Ο στρατηγός Πάρσονς, βλέποντας μια επιστολή γραμμένη ως κωδικοποιημένη επαγγελματική συζήτηση, την άφησε στην άκρη. Τέσσερις ημέρες αργότερα, ο Άρνολντ έστειλε μια κρυπτογραφημένη επιστολή με παρόμοιο περιεχόμενο στη Νέα Υόρκη μέσω των υπηρεσιών της συζύγου ενός αιχμαλώτου πολέμου. Τελικά, ορίστηκε συνάντηση για τις 11 Σεπτεμβρίου κοντά στο Ντομπς Φέρι. Η συνάντηση αυτή ματαιώθηκε όταν βρετανικές κανονιοφόροι στο ποτάμι, που δεν είχαν ενημερωθεί για την επικείμενη άφιξή του, πυροβόλησαν εναντίον της βάρκας του.
Οικόπεδο εκτεθειμένο
Ο Arnold και ο André συναντήθηκαν τελικά στις 21 Σεπτεμβρίου στο σπίτι του Joshua Hett Smith. Το πρωί της 22ας Σεπτεμβρίου ο Τζέιμς Λίβινγκστον, ο συνταγματάρχης που ήταν υπεύθυνος για το φυλάκιο στο Verplanck's Point, πυροβόλησε το HMS Vulture, το πλοίο που επρόκειτο να μεταφέρει τον Αντρέ πίσω στη Νέα Υόρκη. Η ενέργεια αυτή προκάλεσε ζημιές στο πλοίο και αυτό αναγκάστηκε να υποχωρήσει προς το ποτάμι, αναγκάζοντας τον Αντρέ να επιστρέψει στη Νέα Υόρκη διά ξηράς. Ο Άρνολντ έγραψε διαβατήρια για τον Αντρέ ώστε να μπορέσει να περάσει μέσα από τις γραμμές και του έδωσε επίσης σχέδια για το Γουέστ Πόιντ. Το Σάββατο, 23 Σεπτεμβρίου, ο Αντρέ συνελήφθη, κοντά στο Tarrytown, από τρεις πατριώτες του Westchester ονόματι John Paulding, Isaac Van Wart και David Williams- τα έγγραφα που εξέθεταν το σχέδιο κατάληψης του West Point βρέθηκαν και στάλθηκαν στην Ουάσινγκτον, και η προδοσία του Arnold ήρθε στο φως μετά την εξέτασή τους από την Ουάσινγκτον. Εν τω μεταξύ, ο Αντρέ έπεισε τον ανυποψίαστο διοικητή στον οποίο παραδόθηκε, τον συνταγματάρχη Τζον Τζέιμσον, να τον στείλει πίσω στον Άρνολντ στο Γουέστ Πόιντ. Ωστόσο, ο ταγματάρχης Benjamin Tallmadge, μέλος της μυστικής υπηρεσίας της Ουάσινγκτον, επέμεινε ότι ο Jameson διέταξε να αναχαιτιστεί ο αιχμάλωτος και να επιστρέψει πίσω. Ο Τζέιμσον ανακάλεσε απρόθυμα τον υπολοχαγό που παρέδωσε τον Αντρέ στην επιτήρηση του Άρνολντ, αλλά στη συνέχεια έστειλε τον ίδιο υπολοχαγό ως αγγελιοφόρο για να ειδοποιήσει τον Άρνολντ για τη σύλληψη του Αντρέ.
Ο Άρνολντ έμαθε για τη σύλληψη του Αντρέ το επόμενο πρωί, στις 24 Σεπτεμβρίου, όταν έλαβε το μήνυμα του Τζέιμσον ότι ο Αντρέ βρισκόταν υπό την επιτήρησή του και ότι τα έγγραφα που μετέφερε ο Αντρέ είχαν σταλεί στον στρατηγό Ουάσινγκτον. Ο Άρνολντ έλαβε την επιστολή του Τζέιμσον ενώ περίμενε τον Ουάσινγκτον, με τον οποίο είχε προγραμματίσει να πάρει πρωινό. Έσπευσε στην ακτή και διέταξε βαρκάρηδες να τον οδηγήσουν με βάρκα το ποτάμι προς τα κάτω, όπου ήταν αγκυροβολημένο το Vulture, το οποίο στη συνέχεια τον μετέφερε στη Νέα Υόρκη. Από το πλοίο ο Άρνολντ έγραψε επιστολή προς την Ουάσινγκτον, ζητώντας να δοθεί στην Πέγκι ασφαλές πέρασμα προς την οικογένειά της στη Φιλαδέλφεια, αίτημα που η Ουάσινγκτον ικανοποίησε. Όταν του παρουσιάστηκαν στοιχεία για την προδοσία του Άρνολντ, αναφέρεται ότι ο Ουάσινγκτον ήταν ήρεμος. Διερεύνησε, ωστόσο, την έκταση της προδοσίας και πρότεινε στις διαπραγματεύσεις με τον στρατηγό Κλίντον για την τύχη του ταγματάρχη Αντρέ να ανταλλάξει τον Αντρέ με τον Άρνολντ. Η πρόταση αυτή απορρίφθηκε από τον Κλίντον- μετά από στρατιωτικό δικαστήριο, ο Αντρέ απαγχονίστηκε στο Τάπαν της Νέας Υόρκης στις 2 Οκτωβρίου. Ο Ουάσινγκτον διείσδυσε επίσης άνδρες στη Νέα Υόρκη σε μια προσπάθεια να απαγάγει τον Άρνολντ- το σχέδιο αυτό, το οποίο παραλίγο να πετύχει, απέτυχε όταν ο Άρνολντ άλλαξε κατοικία πριν αποπλεύσει για τη Βιρτζίνια τον Δεκέμβριο.
Ο Άρνολντ προσπάθησε να δικαιολογήσει τις ενέργειές του σε μια ανοιχτή επιστολή με τίτλο "Προς τους κατοίκους της Αμερικής", η οποία δημοσιεύτηκε σε εφημερίδες τον Οκτώβριο του 1780. Στην επιστολή προς την Ουάσινγκτον, με την οποία ζητούσε ασφαλή διέλευση για την Πέγκι, έγραφε ότι "η αγάπη προς την πατρίδα μου κινεί την παρούσα συμπεριφορά μου, όσο και αν αυτή φαίνεται ασύμβατη στον κόσμο, ο οποίος πολύ σπάνια κρίνει σωστά τις πράξεις οποιουδήποτε ανθρώπου".