Η Μπόναμ Κάρτερ δεν έχει λάβει καμία επίσημη εκπαίδευση στην υποκριτική. Το 1979 κέρδισε έναν εθνικό διαγωνισμό συγγραφής και χρησιμοποίησε το χρηματικό έπαθλο για να πληρώσει τη συμμετοχή της στον κατάλογο ηθοποιών "Spotlight". Έκανε την πρώτη της εμφάνιση σε ηλικία 16 ετών σε ένα τηλεοπτικό διαφημιστικό σποτ. Είχε επίσης έναν μικρό ρόλο σε μια τηλεοπτική ταινία, A Pattern of Roses, το 1983. Ο πρώτος της πρωταγωνιστικός ρόλος ήταν στην ταινία Lady Jane το 1984, η οποία έλαβε μικτές κριτικές. Υποδύθηκε τη βασίλισσα της Αγγλίας όταν πήρε τον ρόλο της Άννας Μπολέιν στη μίνι σειρά του ITV1, Henry VIII. Περιορίστηκε στην υποκριτική, καθώς ήταν έγκυος στο πρώτο της παιδί κατά τη διάρκεια των γυρισμάτων.
Η μεγάλη της ερμηνεία ήταν στο A Room with a View το 1985, όταν υποδύθηκε τη Lucy Honeychurch. Η Carter εμφανίστηκε επίσης σε επεισόδια του Miami Vice ως ερωτικό ενδιαφέρον του Don Johnson κατά τη διάρκεια της σεζόν 1986-87. Το 1986 πέρασε από οντισιόν για το ρόλο της Νάνσι Σπάνγκεν στο Sid and Nancy, αλλά έχασε το ρόλο από την Κλόε Γουέμπ. Αυτοί οι πρώτοι ρόλοι την οδήγησαν στο να χαρακτηριστεί ως "βασίλισσα του κορσέ" και "αγγλικό τριαντάφυλλο". Διεύρυνε την υποκριτική της γκάμα σε πιο πρόσφατες ταινίες όπως το Fight Club, το Wallace & Gromit: The Curse of the Were-Rabbit, και στις ταινίες του Tim Burton Charlie and the Chocolate Factory, Corpse Bride, Big Fish και Sweeney Todd.
Η Bonham Carter έπαιξε την Bellatrix Lestrange στο Harry Potter and the Order of the Phoenix, στο Harry Potter and the Half-Blood Prince και στο Harry Potter and the Deathly Hallows parts 1 and 2. Έλαβε καλές κριτικές ως Lestrange, καθώς περιγράφηκε ως "λαμπρό αλλά ανεκμετάλλευτο ταλέντο". Στη συνέχεια υποδύθηκε την κυρία Λόβετ στο Sweeney Todd, το οποίο κυκλοφόρησε επίσης το 2007.
Τον Μάιο του 2006, η Μπόναμ Κάρτερ λάνσαρε τη δική της σειρά μόδας με την ονομασία "The Pantaloonies", μαζί με τη σχεδιάστρια μαγιό Σαμάνθα Σέιτζ. Η πρώτη συλλογή ονομάζεται "Bloomin' Bloomers" και είναι μια επιλογή σε βικτοριανό στιλ από καμισόλες, σκουπόξυλα και μπλουζάκια. Οι δύο τους εργάζονται τώρα πάνω σε προσαρμοσμένα τζιν Pantaloonies, τα οποία η Carter περιγράφει ως "ένα είδος λευκώματος στον πισινό".
Η Carter σχεδιάζει να επιστρέψει στο West End με μια εμφάνιση στο "Rubenstein's Kiss". Ωστόσο, η παράσταση αναβλήθηκε λόγω του φορτωμένου προγράμματός της. Η παράσταση επρόκειτο να ανέβει τον Νοέμβριο του 2004, αλλά αναβλήθηκε. Τον Σεπτέμβριο του 2008, ο σκηνοθέτης του Wild Target, Johnathan Lynn, επιβεβαίωσε ότι η Carter εγκατέλειψε την ταινία του λόγω δυσκολιών στα γυρίσματα. Στη συνέχεια δήλωσε ότι είχε ενταχθεί στο καστ της ταινίας του Tim Burton, Alice in Wonderland, του 2010, όπου υποδύθηκε την Κόκκινη Βασίλισσα. Σε εκείνη την ταινία, πρωταγωνίστησε μαζί με τους ηθοποιούς Johnny Depp, Anne Hathaway, Christopher Lee και Alan Rickman. Η Bonham Carter και η Hathaway υποδύθηκαν δύο μονομαχούσες αδελφές, την Κόκκινη και τη Λευκή Βασίλισσα.
Στις αρχές του 2009, η Μπόναμ Κάρτερ ανακηρύχθηκε από την εφημερίδα The Times στις 10 καλύτερες Βρετανίδες ηθοποιούς όλων των εποχών. Εμφανίστηκε στη λίστα μαζί με τις Βρετανίδες ηθοποιούς Julie Andrews, Helen Mirren, Judi Dench και Audrey Hepburn.
Η Bonham Carter υποδύθηκε τη γνωστή συγγραφέα Enid Blyton στην τηλεοπτική βιογραφική ταινία του BBC4, Enid, που παρουσιάζει τη ζωή της συγγραφέως. Η ταινία προβλήθηκε στις 16 Νοεμβρίου 2009. Η Carter πρωταγωνίστησε μαζί με τον Matthew Macfadyen και τον Denis Lawson.
