Οι πρώτοι έποικοι έφτασαν το χειμώνα του 1836 από την κομητεία Χάρις της Τζόρτζια. Αρχηγός αυτών των εποίκων ήταν ο δικαστής John J. Harper. Ήθελαν να χτίσουν μια πόλη που θα αποτελούσε το θρησκευτικό και εκπαιδευτικό κέντρο της περιοχής.
Το Όμπουρν αναφέρθηκε για πρώτη φορά επίσημα στις 2 Φεβρουαρίου 1839. Εκείνη τη στιγμή κάλυπτε μια έκταση 2 τετραγωνικών μιλίων (5,2 τετραγωνικών χιλιομέτρων). Μέχρι τότε είχαν χτιστεί εκκλησίες μεθοδιστών και βαπτιστών, καθώς και ένα σχολείο. Στα μέσα της δεκαετίας του 1840, ιδρύθηκαν διάφορες ακαδημίες για αγόρια και κορίτσια εκτός από το δημοτικό σχολείο. Μέχρι το 1858, από τους περίπου 1.000 ελεύθερους κατοίκους του Όμπερν, περίπου 500 ήταν μαθητές.
Το 1856, το πολιτειακό νομοθετικό σώμα επέτρεψε την κατασκευή ενός μεθοδιστικού κολεγίου, του East Alabama Male College στο Όμπερν. Το κολέγιο αυτό, το σημερινό Πανεπιστήμιο Όμπερν, άνοιξε τις πόρτες του το 1859. Προσέφερε κλασική και φιλελεύθερη εκπαίδευση.
Με τον εμφύλιο πόλεμο το 1861, το Όμπουρν άδειασε γρήγορα. Όλα τα σχολεία και οι περισσότερες επιχειρήσεις έκλεισαν. Στο Όμπερν υπήρχε νοσοκομείο για τους Τεξανούς στρατιώτες της Συνομοσπονδίας.
Μετά τον εμφύλιο πόλεμο, το Όμπουρν πέρασε σε μακρά ύφεση. Τα δημόσια σχολεία δεν άνοιξαν ξανά μέχρι τα μέσα της δεκαετίας του 1870. Οι περισσότερες επιχειρήσεις παρέμειναν κλειστές. Μια σειρά από πυρκαγιές στις δεκαετίες του 1860 και 1870 έκαψαν το κέντρο της πόλης. Το East Alabama Male College παραδόθηκε στην πολιτεία το 1872.
Το 1892, το κολέγιο έγινε το πρώτο τετραετές κολέγιο στην Αλαμπάμα όπου επιτρέπεται στις γυναίκες να σπουδάσουν. Αυτό, σε συνδυασμό με τη χρηματοδότηση νέων επιχειρήσεων, επέτρεψε στην πόλη να αρχίσει και πάλι να αναπτύσσεται. Μέχρι το 1910, ο πληθυσμός του Όμπερν είχε επιστρέψει στα προπολεμικά του επίπεδα. Τα πρωταθλήματα του συνεδρίου SIAA που κέρδισε η ομάδα ποδοσφαίρου του κολεγίου του Όμπερν έφεραν την προσοχή και την υποστήριξη στο Όμπερν. Αυτό βοήθησε να γεμίσουν τα ταμεία της πόλης.
Τα χρήματα άρχισαν να εισρέουν και πάλι στο Όμπουρν με την είσοδο της Αμερικής στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο. Η πανεπιστημιούπολη του Όμπερν μετατράπηκε σε πεδίο εκπαίδευσης για τεχνικούς ειδικούς των ενόπλων δυνάμεων. Μετά τον πόλεμο, το Όμπερν κατακλύστηκε από στρατιώτες που επέστρεφαν στο σχολείο με το G.I. Bill.
Λόγω αυτής της αύξησης των φοιτητών, το Όμπουρν ξεκίνησε μια περίοδο ανάπτυξης που διήρκεσε μέχρι τις δεκαετίες του 1950 και 1960. Το Όμπερν αναπτύχθηκε εκτός των αρχικών ορίων της πόλης. Το Όμπερν μεγάλωσε σε μια έκταση σχεδόν 24 τετραγωνικών μιλίων (62 τετραγωνικών χιλιομέτρων). Το 1957, άρχισε η κατασκευή του διαπολιτειακού αυτοκινητόδρομου 85. Αυτή συνέδεσε το Όμπουρν με τις μεγάλες πόλεις της πολιτείας. Επέτρεψε στο Πανεπιστήμιο Όμπερν να προγραμματίσει περισσότερους εντός έδρας ποδοσφαιρικούς αγώνες στο Όμπερν. Επίσης, ώθησε τον τομέα του τουρισμού στο Όμπερν.
Η ανάπτυξη επιβραδύνθηκε κάπως τη δεκαετία του 1970. Μια σειρά από περικοπές στον προϋπολογισμό κατέστησαν σαφές ότι η οικονομική συγκέντρωση του Όμπερν στο Πανεπιστήμιο Όμπερν έφερε την πόλη σε κακή θέση.
Μια σειρά από εκθέσεις στις δεκαετίες του 1980 και του 1990 έκαναν το δημόσιο σχολικό σύστημα του Όμπερν ένα από τα κορυφαία της πολιτείας. Μεταξύ 1980 και 2003, ο πληθυσμός του Όμπερν αυξήθηκε κατά 65%. Η οικονομία του Όμπερν επεκτάθηκε κατά 220%. Με την ανάπτυξη προέκυψαν ζητήματα αστικής εξάπλωσης. Αυτό έγινε το κύριο πολιτικό ζήτημα στο Όμπερν στο γύρισμα του 21ου αιώνα.
