Στην αριστερή πλευρά του ποταμού Haut du Cap, ο Χριστόφορος Κολόμβος έχτισε ένα μικρό οχυρό με τα υπόλοιπα του πλοίου Santa María όταν αυτό καταστράφηκε την ημέρα των Χριστουγέννων του 1492- ονόμασε το οχυρό La Navidad (στα αγγλικά, "Χριστούγεννα"). Αυτό το φρούριο ήταν το πρώτο ευρωπαϊκό κτίριο στην Αμερική.
Η περιοχή γύρω από την πόλη είχε το όνομα Guarico των Taíno, το οποίο χρησιμοποιήθηκε από τους Ισπανούς αποίκους για την περιοχή και τη νέα πόλη. Όταν Γάλλοι ήρθαν από το νησί Tortuga για να ζήσουν εδώ, ίδρυσαν την πόλη το 1670 και ο Γάλλος βασιλιάς Λουδοβίκος ΙΔ΄ ονόμασε το μέρος Cap-Français το 1711- ήταν τότε η πρωτεύουσα της αποικίας του Saint-Domingue μέχρι το 1770, όταν το Port-au-Prince έγινε η νέα πρωτεύουσα.
Η πόλη καταστράφηκε από τους Ισπανούς τον Ιανουάριο του 1691, μετά τη μάχη της La Limonade- η La Limonade είναι μια σαβάνα ακριβώς ανατολικά του Cap-Haïtien. Αργότερα, το 1695, η πόλη καταστράφηκε και πάλι από Ισπανούς και Άγγλους στρατιώτες.
Η Αϊτή, γνωστή ως Saint-Domingue κατά την αποικιοκρατία, ήταν η πλουσιότερη αποικία της Γαλλίας και το Cap-Français ήταν η πλουσιότερη πόλη της αποικίας. Η πόλη ήταν τότε γνωστή ως το "Παρίσι της Δύσης".
Κατά τη διάρκεια της Αϊτινής Επανάστασης, υπήρξε μια μάχη στις 18 Νοεμβρίου 1803 στο Vertières, κοντά στο Cap-Haïtien. Στη μάχη αυτή, ο στρατός του Ζαν-Ζακ Ντεσαλίν νίκησε τον γαλλικό αποικιακό στρατό υπό τον κόμη ντε Ροκαμπώ, οδηγώντας στην ανεξαρτησία της Αϊτής την 1η Ιανουαρίου 1804.
Μετά την ανεξαρτησία της Αϊτής, η χώρα χωρίστηκε σε δύο μέρη και το βόρειο τμήμα της έγινε βασίλειο από τον Ανρί Χριστοφή και το όνομα της πόλης άλλαξε σε Cap-Henry. Ο Christophe έκανε το Milot, μια πόλη 15 χιλιόμετρα νότια της πόλης, πρωτεύουσα του βασιλείου του.
Η πόλη ονομάστηκε Cap-Haïtien μετά το θάνατο του Christophe και όταν η Αϊτή έγινε και πάλι μία χώρα.
