Ο Στρατός του Μισισιπή (επίσης αποκαλούμενος Συνομοσπονδιακός Στρατός του Μισισιπή) ήταν στρατός της Συνομοσπονδίας κατά τη διάρκεια του Αμερικανικού Εμφυλίου Πολέμου. Δεν πρέπει να συγχέεται με τον ενωσιακό στρατό του Μισισιπή. Συγκροτήθηκε στις 29 Μαρτίου 1862. Διοικητής της ήταν ο Πτέραρχος Άλμπερτ Σίντνεϊ Τζόνστον, με υπαρχηγό τον Πτέραρχο Π. Γ. Τ. Μπορεγκάρντ. Μετά το θάνατο του Τζόνστον στη μάχη του Σάιλο, ανέλαβε ο Μπόρεγκαρντ. Μετά από αυτό υπήρξαν μια σειρά από διοικητές. Τον Νοέμβριο του 1862, η Στρατιά του Μισισιπή μετονομάστηκε σε Στρατιά του Τενεσί. Τον Δεκέμβριο του 1862 δημιουργήθηκε η δεύτερη στρατιά με την ονομασία Στρατιά του Μισισιπή, υπό τον υποστράτηγο John C. Pemberton. Αυτός ο στρατός είχε έναν συγκεχυμένο αριθμό πρόσθετων ονομάτων. Το ΙΙ σώμα, υπό τον ταγματάρχη Στέρλινγκ Πράις ονομάστηκε "Στρατός του Δυτικού Τενεσί". Ονομάστηκε επίσης "Στρατός της Δύσης". Όταν και τα δύο σώματα (I corps και II corps) μετατράπηκαν σε μεραρχίες τον Ιανουάριο του 1863, εγκατέλειψαν την ονομασία Army of Mississippi. Ο Λεωνίδας Πολκ είχε διοικήσει το Ι σώμα. Τον Μάιο του 1864, τα στρατεύματα του Πολκ ενώθηκαν με τη Στρατιά του Τενεσί του Τζόζεφ Ε. Τζόνστον για να σχηματίσουν την τρίτη Στρατιά του Μισισιπή. Ο Πολκ σκοτώθηκε τον Ιούνιο του 1862 και μετά η στρατιά ονομάστηκε απλώς σώμα του Αλεξάντερ Π. Στιούαρτ.