Το εμπόριο μεταξύ των κατοίκων της περιοχής του Μογκαντίσου και άλλων περιοχών κατά μήκος της σομαλικής ακτής της Αφρικής ξεκίνησε ήδη από τον 1ο αιώνα. Μουσουλμάνοι έμποροι από την Αραβική Χερσόνησο ήρθαν στην περιοχή κατά τον 10ο αιώνα. Λόγω του εμπορίου μαζί τους, το Ισλάμ εξαπλώθηκε στη Σομαλία. Οι Πορτογάλοι προσπάθησαν να πάρουν τον έλεγχο της πόλης, αλλά απέτυχαν. Το 1871 ο Barghash bin Said, ο σουλτάνος της Ζανζιβάρης, ήλεγχε την πόλη.
Το 1892, ο Αλί μπιν Σαΐντ επέτρεψε στην Ιταλία να χρησιμοποιήσει την πόλη. Η Ιταλία αγόρασε την πόλη το 1905. Έκαναν το Mogadiscio (στα ιταλικά Μογκαντίσου) πρωτεύουσα της ιταλικής Σομαλιλάνδης. Οι Ιταλοί πήραν τον έλεγχο της περιοχής γύρω από την πόλη το 1919 μετά από μικρή αντίσταση. Το ιταλικό Μογκαντίσιο από ένα μικρό χωριό 1.000 κατοίκων τη δεκαετία του 1890 έγινε το 1940 μια σύγχρονη πρωτεύουσα σχεδόν 100.000 ατόμων (εκ των οποίων πάνω από το 1/3 ήταν Ιταλοί), που ήταν η δεύτερη μετά την Ασμάρα της Ερυθραίας σε ανάπτυξη εντός της Ιταλικής Αυτοκρατορίας.
Οι βρετανικές δυνάμεις που βρίσκονταν στην Κένυα κατά τη διάρκεια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου κατέλαβαν το Μογκαντίσου στις 26 Φεβρουαρίου 1941. Οι Βρετανοί κυβέρνησαν μέχρι που έδωσαν ξανά τον έλεγχο της πόλης στην Ιταλία το 1952. Η Σομαλία έγινε ανεξάρτητη το 1960 με πρωτεύουσα το Μογκαντίσου.
Οι δυνάμεις των ανταρτών εισήλθαν και κατέλαβαν την πόλη το 1990. Εξανάγκασαν τον πρόεδρο Μοχάμεντ Σιάντ Μπάρε να παραιτηθεί και να εγκαταλείψει τη χώρα τον Ιανουάριο του 1991. Πήγε στο Λάγος της Νιγηρίας. Ορισμένοι από τους αντάρτες δήλωσαν ότι ο Αλί Μαχντί Μοχάμεντ ήταν ο νέος πρόεδρος. Άλλοι είπαν ότι ο Μοχάμεντ Φάραχ Αϊντίντ ήταν πρόεδρος. Μια ομάδα πεζοναυτών των Ηνωμένων Πολιτειών αποβιβάστηκε κοντά στο Μογκαντίσου στις 9 Δεκεμβρίου 1992. Ήταν το πρώτο τμήμα των ειρηνευτικών δυνάμεων των Ηνωμένων Εθνών κατά τη διάρκεια της επιχείρησης "Αποκατάσταση της ελπίδας" που πήγε στη χώρα.
