Ο φαινότυπος ενός οργανισμού είναι το σύνολο των χαρακτήρων (ή γνωρισμάτων) του οργανισμού αυτού.
Δεν σημαίνει μόνο "αυτό που μπορείτε να δείτε στην επιφάνεια". Αντιθέτως, σημαίνει οτιδήποτε μπορεί να γίνει ορατό με κατάλληλα μέσα. Για παράδειγμα, οι ομάδες αίματος αποτελούν σίγουρα μέρος του φαινοτύπου. Ωστόσο, δεν είναι ορατές απλώς κοιτάζοντας ένα άτομο.
Στη βιολογία, ο φαινότυπος διακρίνεται από τον γονότυπο. Αυτό προτάθηκε από τον Βίλχελμ Γιόχανσεν το 1911 για να καταστεί σαφής η διαφορά μεταξύ της κληρονομικότητας ενός οργανισμού και αυτού που παράγει αυτή η κληρονομικότητα. Η διάκριση αυτή είναι παρόμοια με εκείνη που πρότεινε ο August Weismann, ο οποίος διέκρινε μεταξύ βλαστικού πλάσματος (γαμέτες ή τα βλαστικά τους κύτταρα) και σωματικών κυττάρων (το σώμα).
Ο φαινότυπος είναι σημαντικός επειδή εκτίθεται στη φυσική επιλογή:
"Από τον Δαρβίνο μέχρι σήμερα οι περισσότεροι εξελικτικοί θεωρούν ότι ο ατομικός οργανισμός είναι το κύριο αντικείμενο της επιλογής. Στην πραγµατικότητα, είναι ο φαινότυπος που είναι το µέρος του ατόµου που είναι "ορατό" στην επιλογή". Ernst Mayr
Οι φαινότυποι καθορίζονται κυρίως από τα γονίδια και επηρεάζονται από περιβαλλοντικούς παράγοντες. Έτσι, η γνώση του γονιδιώματος ενός οργανισμού δεν παρέχει ακριβή πρόβλεψη του φαινοτύπου του.
Τα χαρακτηριστικά ποικίλλουν σε μεγάλο βαθμό ως προς το πόσο οφείλονται στην κληρονομικότητα (φύση έναντι ανατροφής). Η αλληλεπίδραση μεταξύ γονότυπου και φαινοτύπου έχει συχνά εννοιολογηθεί με την ακόλουθη σχέση:
