Υπάρχουν πλέον αρκετά παραδείγματα φυσικής επιλογής σε φυσικούς πληθυσμούς.
Αντοχή στα αντιβιοτικά
Ένα γνωστό παράδειγμα της φυσικής επιλογής σε δράση είναι η ανάπτυξη ανθεκτικότητας των μικροοργανισμών στα αντιβιοτικά. Από την ανακάλυψη της πενικιλλίνης το 1928 από τον Alexander Fleming, τα αντιβιοτικά χρησιμοποιούνται για την καταπολέμηση βακτηριακών ασθενειών. Οι φυσικοί πληθυσμοί βακτηρίων περιέχουν, μεταξύ του τεράστιου αριθμού των μεμονωμένων μελών τους, σημαντική ποικιλία στο γενετικό τους υλικό, ως αποτέλεσμα μεταλλάξεων. Όταν εκτίθενται σε αντιβιοτικά, τα περισσότερα βακτήρια πεθαίνουν γρήγορα, αλλά ορισμένα έχουν μεταλλάξεις που τα καθιστούν ελαφρώς λιγότερο ευαίσθητα. Εάν η έκθεση στα αντιβιοτικά είναι σύντομη, τα άτομα αυτά θα επιβιώσουν από τη θεραπεία. Η εξάλειψη των ατόμων που δεν έχουν ανθεκτικότητα αποτελεί παράδειγμα φυσικής επιλογής.
Με την πάροδο αρκετού χρόνου και την επαναλαμβανόμενη έκθεση στο αντιβιοτικό, θα δημιουργηθεί ένας πληθυσμός βακτηρίων ανθεκτικών στα αντιβιοτικά. Αυτό οδηγεί σε αυτό που είναι γνωστό ως εξελικτική κούρσα εξοπλισμών ή συν-εξέλιξη, κατά την οποία τα βακτήρια συνεχίζουν να αναπτύσσουν στελέχη που είναι λιγότερο ευαίσθητα στα αντιβιοτικά, ενώ οι ιατρικοί ερευνητές συνεχίζουν να αναπτύσσουν νέα αντιβιοτικά που μπορούν να τα σκοτώσουν. Οι στρατηγικές αντιμετώπισης περιλαμβάνουν συνήθως τη χρήση διαφορετικών, ισχυρότερων αντιβιοτικών- ωστόσο, πρόσφατα εμφανίστηκαν νέα στελέχη του MRSA που είναι ανθεκτικά ακόμη και σε αυτά τα φάρμακα. Μια παρόμοια κατάσταση συμβαίνει με την ανθεκτικότητα στα φυτοφάρμακα στα φυτά και τα έντομα και με την ανθεκτικότητα της ελονοσίας στην κινίνη.
Καμουφλάζ
Μια διάσημη μελέτη περίπτωσης είναι η μελέτη της εξέλιξης του πιπεριού, ενώ υπάρχουν πολλά άλλα παραδείγματα. Οι περισσότεροι από αυτούς τους πεταλούδες που πετούσαν την ημέρα είχαν ανοιχτό χρώμα, αλλά μόνο λίγοι από τους πεταλούδες ήταν σκούροι. Στην αρχή, οι ανοιχτόχρωμοι σκώροι επιβίωναν καλύτερα επειδή καμουφλάρονταν έναντι του ανοιχτού χρώματος των κοντινών δέντρων. Αυτό δυσκόλευε τα πουλιά να τους δουν.
Όταν χτίστηκαν τα εργοστάσια, η ρύπανση έκανε όλα τα δέντρα να φαίνονται μαύρα. Τώρα οι ανοιχτόχρωμοι σκώροι ήταν εμφανείς σε σχέση με τον σκούρο φλοιό. Οι σκουρόχρωμοι σκώροι είχαν το πλεονέκτημα μετά την αλλαγή του περιβάλλοντος. Τα γονίδια που ελέγχουν το σκούρο χρώμα εξαπλώθηκαν στον πληθυσμό των σκώρων. Μετά τον δεύτερο παγκόσμιο πόλεμο, οι έλεγχοι κατά της ρύπανσης λειτούργησαν ώστε το περιβάλλον να γίνει καθαρότερο. Τότε οι ανοιχτόχρωμοι σκώροι είχαν και πάλι το πλεονέκτημα και είναι τώρα πολύ πιο συνηθισμένοι.
Η μίμηση είναι ένα άλλο παράδειγμα: Ορισμένα ακίνδυνα έντομα μιμούνται άλλα έντομα που είναι επικίνδυνα ή που έχουν άσχημη γεύση. Ο μιμητισμός εξελίσσεται επειδή οι καλύτεροι μιμητές επιβιώνουν καλύτερα. Ζουν για να παράγουν περισσότερους απογόνους από τους λιγότερο καλούς μιμητές. Τα γονίδια των καλύτερων μιμητών γίνονται πιο κοινά στο είδος. Με την πάροδο του χρόνου, τα μιμητικά είδη πλησιάζουν περισσότερο στα πρότυπά τους.