Το σημερινό Νότιο Σουδάν αποτελούσε κάποτε μέρος του αγγλοαιγυπτιακού Σουδάν. Αυτό το τμήμα της Βρετανικής Αυτοκρατορίας έγινε η Δημοκρατία του Σουδάν όταν επετεύχθη η ανεξαρτησία το 1956. Μετά τον Πρώτο Σουδανικό Εμφύλιο Πόλεμο, η Αυτόνομη Περιφέρεια του Νοτίου Σουδάν σχηματίστηκε το 1972 και διήρκεσε μέχρι το 1983. Σύντομα αναπτύχθηκε ένας δεύτερος σουδανικός εμφύλιος πόλεμος, ο οποίος έληξε με τη συνολική ειρηνευτική συμφωνία του 2005. Αργότερα το ίδιο έτος, σχηματίστηκε η Αυτόνομη Κυβέρνηση του Νοτίου Σουδάν. Το Νότιο Σουδάν έγινε ανεξάρτητο κράτος στις 9 Ιουλίου 2011 τα μεσάνυχτα τοπική ώρα, μετά από δημοψήφισμα που διεξήχθη τον Ιανουάριο του 2011. Στο δημοψήφισμα, σχεδόν το 99% των ψηφοφόρων επιθυμούσε την απόσχιση από το υπόλοιπο Σουδάν.
Το Συμβούλιο Ασφαλείας των Ηνωμένων Εθνών συνήλθε στις 13 Ιουλίου 2011 για να συζητήσει επίσημα την ένταξη της Δημοκρατίας του Νοτίου Σουδάν. Την επόμενη ημέρα, στις 14 Ιουλίου 2011, το Νότιο Σουδάν έγινε κράτος μέλος των Ηνωμένων Εθνών. Το Νότιο Σουδάν έχει επίσης υποβάλει αίτηση για να ενταχθεί στην Κοινοπολιτεία των Εθνών, στην Ανατολικοαφρικανική Κοινότητα, στη Διακυβερνητική Αρχή για την Ανάπτυξη, στο Διεθνές Νομισματικό Ταμείο και στην Παγκόσμια Τράπεζα. Η χώρα κηρύχθηκε επιλέξιμη να υποβάλει αίτηση για ένταξη και στον Αραβικό Σύνδεσμο.
Στους θερινούς Ολυμπιακούς Αγώνες του 2012, ένας αθλητής από το Νότιο Σουδάν αγωνίστηκε υπό τη σημαία της Διεθνούς Ολυμπιακής Επιτροπής. Το 2013 ξέσπασε εμφύλιος πόλεμος.