Πρώιμα χρόνια
Ο Jonathan Dee (το πραγματικό του όνομα) γεννήθηκε στο Λονδίνο από οικογένεια Ουαλών. Το επώνυμο Dee προέρχεται από την ουαλική λέξη du, που σημαίνει "μαύρος". Αποφοίτησε από το St John's College του Κέιμπριτζ όταν ήταν δεκαοκτώ ετών. Υπήρξε ιδρυτικό μέλος του Trinity College. Δίδαξε για μικρό χρονικό διάστημα στο Κέιμπριτζ. Στη συνέχεια έφυγε από την Αγγλία για να σπουδάσει στην ηπειρωτική Ευρώπη και να δώσει διαλέξεις στο Παρίσι και στη Λουβέν. Επέστρεψε στην Αγγλία τη δεκαετία του 1540.
Το 1555 συνελήφθη και κατηγορήθηκε για άσκηση μαύρης μαγείας επειδή είχε ρίξει ωροσκόπια της βασίλισσας Μαρίας και της πριγκίπισσας Ελισάβετ- οι κατηγορίες επεκτάθηκαν σε προδοσία κατά της Μαρίας. Ο Ντι εμφανίστηκε στην Αστρική Αίθουσα και αθωώθηκε. Όταν αφέθηκε ελεύθερος, έγινε επιστημονικός σύμβουλος της βασίλισσας Ελισάβετ Α', αποφασίζοντας μάλιστα για την καλύτερη ημερομηνία στέψης της το 1558.
Ταξίδεψε στην Ευρώπη με χρήματα από την Ελισάβετ Α. Πιθανώς δρούσε ως κατάσκοπος για λογαριασμό της. Έγινε στενός συνεργάτης πολλών Ελισαβετιανών εξερευνητών και επιχειρηματιών, όπως ο σερ Χάμφρεϊ Γκίλμπερτ.
Το 1564, ο Dee έγραψε το ερμητικό έργο Monas Hieroglyphica ("Η Ιερογλυφική Μονάδα") για ένα σύμβολο που σχεδίασε ο ίδιος και το οποίο αντιπροσώπευε τη μυστική ενότητα όλης της δημιουργίας. Το έργο αυτό εκτιμήθηκε ιδιαίτερα από πολλούς ανθρώπους της εποχής του Ντι. Ωστόσο, υπήρχε ένα μυστικό γι' αυτό το οποίο έχει χαθεί. Αυτό καθιστά το βιβλίο δύσκολο να κατανοηθεί σήμερα.
Δημοσίευσε έναν "Μαθηματικό πρόλογο" στην αγγλική μετάφραση του Henry Billingsley των Στοιχείων του Ευκλείδη το 1570. Έγραψε για το πόσο σημαντικά ήταν τα μαθηματικά για τις άλλες τέχνες και επιστήμες. Επειδή το βιβλίο αυτό γράφτηκε για το κοινό, ήταν το πιο δημοφιλές έργο του Dee.
Μετέπειτα ζωή
Ο Ντι δεν ήταν ικανοποιημένος με τις γνώσεις του. Στις αρχές της δεκαετίας του 1580, άρχισε να χρησιμοποιεί υπερφυσικούς τρόπους για να αποκτήσει περισσότερες γνώσεις. Ήθελε να πάρει γνώση από τους αγγέλους.
Γνώρισε τον Edward Kelly το 1582 και ο Kelly έγινε σύντροφός του. Ο Kelly καταδικάστηκε για πλαστογραφία. Ο Kelly βοήθησε τον Dee να έχει οράματα από αγγέλους χρησιμοποιώντας μια κρυστάλλινη σφαίρα. Οι άγγελοι τους έδωσαν μια γλώσσα που ονομαζόταν Ενοχιανή και υπαγόρευσαν διάφορα βιβλία μέσω του Kelly. Η κρυστάλλινη σφαίρα του Dee κατέληξε στο Βρετανικό Μουσείο. Παρέμεινε απαρατήρητη για πολλά χρόνια στη συλλογή ορυκτών. Τα περισσότερα από τα έγγραφα του Ντι που υπάρχουν ακόμη βρίσκονται επίσης στο Βρετανικό Μουσείο.
Τελικά έτη
Το 1583, ενώ ο Dee έλειπε στην Ευρώπη, το σπίτι και η βιβλιοθήκη του στο Mortlake καταστράφηκαν από τον όχλο. Αργότερα, ο Ντι πίστεψε ότι πολλά από τα βιβλία του είχαν κλαπεί από πρώην φίλους και συνεργάτες. Ζήτησε βοήθεια από τη βασίλισσα Ελισάβετ. Εκείνη τον έκανε διευθυντή του Κολλεγίου Christ's στο Μάντσεστερ το 1592. Παρέμεινε στη θέση αυτή μέχρι το 1604.
Όταν πέθανε η βασίλισσα Ελισάβετ η πρώτη το 1603, έπαψε να έχει επιρροή και ο Ντι: αναγκάστηκε να αποσυρθεί στο σπίτι του στο Μόρτλεϊκ, όπου πέθανε φτωχός.
