Επειδή η Αφρική είναι μια πολύ μεγάλη ήπειρος και εκτείνεται βόρεια/νότια κατά μήκος του ισημερινού, η ζώνη έχει πολλά διαφορετικά κλίματα και οικοτόπους.
Το μεγαλύτερο μέρος της Αφροτροπικής, έχει τροπικό κλίμα. Μια ευρεία ζώνη ερήμων χωρίζει την Αφροτροπική από την Παλαιαρκτική οικοζώνη, η οποία περιλαμβάνει τη βόρεια Αφρική και την εύκρατη Ευρασία.
Σαχέλ και Σουδάν
Νότια της Σαχάρας, δύο ζώνες τροπικών και υποτροπικών λιβαδιών, σαβάνες και θαμνώνες διασχίζουν ανατολικά και δυτικά την ήπειρο, από τον Ατλαντικό Ωκεανό έως τα υψίπεδα της Αιθιοπίας.
Αμέσως νότια της Σαχάρας βρίσκεται η ζώνη Σαχέλ, μια μεταβατική ζώνη ημίξηρων μικρών λιβαδιών και σαβάνας ακακίας.
Οι βροχοπτώσεις αυξάνονται νοτιότερα στο Σουδάν, μια ζώνη με ψηλότερα λιβάδια και σαβάνες. Η σουδανική σαβάνα φιλοξενεί δύο μεγάλα πλημμυρισμένα λιβάδια και σαβάνες, τον υγρότοπο Sudd στο Σουδάν και το εσωτερικό δέλτα του Νίγηρα στο Μάλι.
Νότια αραβικά δάση
Η Νότια Αραβία, κυρίως η Υεμένη και τμήματα του δυτικού Ομάν και της νοτιοδυτικής Σαουδικής Αραβίας, έχει ελάχιστα μόνιμα δάση. Κατά τα άλλα, τα δάση είναι διάσπαρτα στη γη και είναι πολύ μικρά δάση αρκεύθου ή ακακίας.
Δασική ζώνη
Μια ζώνη πεδινών τροπικών υγρών δασών πλατύφυλλων, που διατρέχει το μεγαλύτερο μέρος της ισημερινής Αφρικής.
Η μεγαλύτερη ζώνη τροπικών δασών στην Αφρική είναι τα δάση της λεκάνης του Κονγκό στην Κεντρική Αφρική. Μια ζώνη τροπικών υγρών δασών πλατύφυλλων εκτείνεται επίσης κατά μήκος της ακτής του Ινδικού Ωκεανού, από τη νότια Σομαλία έως τη Νότια Αφρική.
Ανατολική Αφρική
Η Μεγάλη Κοιλάδα του Ρήγματος δίνει στην Ανατολική Αφρική το μοναδικό μείγμα βαθιών λιμνών, ορεινών όγκων, ηφαιστείων και λιβαδιών.
Νότια Αφρική
Δάση, σαβάνες, λιβάδια και έρημο.
Μαδαγασκάρη και τα νησιά του Ινδικού Ωκεανού
Η Μαδαγασκάρη και τα γειτονικά νησιά αποτελούν μια ξεχωριστή υποπεριοχή της οικοζώνης, με πολυάριθμα ενδημικά taxa, όπως οι λεμούριοι.
Η Μαδαγασκάρη και οι Σεϋχέλλες δεν ανήκουν στην Αφρική, και αυτό εξηγεί γιατί τα προηγμένα πρωτεύοντα θηλαστικά της Αφρικής (πίθηκοι, πίθηκοι) δεν βρίσκονται στη Μαδαγασκάρη. Αυτό συμβαίνει επειδή η Μαδαγασκάρη δεν συνδέεται με την Αφρική μετά τη διάσπαση της Γκοντβάνα. Οι λεμούριοι συναντώνται να καταλαμβάνουν λίγο-πολύ τις ίδιες οικολογικές θέσεις που καταλαμβάνουν οι πίθηκοι στην Αφρική.
Άλλα νησιά του Ινδικού Ωκεανού, όπως οι Κομόρες και οι Μασκαρένες, είναι ηφαιστειακά νησιά που σχηματίστηκαν πιο πρόσφατα. Η Μαδαγασκάρη περιέχει αρκετές σημαντικές βιοσφαίρες: η βιοποικιλότητα και ο αριθμός των μοναδικών ειδών της είναι υψηλός.
- Ξηρά φυλλοβόλα δάση της Μαδαγασκάρης
- Αγκαθωτοί θάμνοι της Μαδαγασκάρης
- Χαμηλά τροπικά δάση της ανατολικής Μαδαγασκάρης