Γίνεται διάκριση μεταξύ ταξινομίας και συστηματικής. Η συστηματική ασχολείται με το πώς οι ομάδες σχετίζονται μεταξύ τους. Η ταξινομία ασχολείται με τη δημιουργία ομάδων (taxa), αποφασίζοντας τι ανήκει μαζί. Η ταξινομία είναι επίσης γνωστή ως ταξινόμηση.
Ένα ιδιαίτερο μέρος της ταξινομίας είναι η ονοματολογία. Αυτή αποτελείται από κανόνες σχετικά με τα ονόματα που πρέπει να χρησιμοποιούνται. Έτσι, ένας ταξινομολόγος αποφασίζει πρώτα τι ανήκει και τι όχι σε μια ομάδα και στη συνέχεια χρησιμοποιεί την ονοματολογία για να αποφασίσει ποιο όνομα πρέπει να έχει αυτή η ομάδα. Εάν μια ομάδα γίνει μεγαλύτερη ή μεγαλύτερη μπορεί να πάρει διαφορετικό όνομα. Από την άλλη πλευρά, το ίδιο όνομα μπορεί να αναφέρεται σε μια μεγαλύτερη ταξινομική ομάδα (σύμφωνα με έναν συγκεκριμένο ταξινομολόγο) ή σε μια μικρότερη ταξινομική ομάδα (σύμφωνα με κάποιον άλλο ταξινομολόγο). Αυτό σημαίνει ότι τα επιστημονικά ονόματα δεν είναι εγγυημένα σταθερά. Τα περισσότερα ονόματα είναι σταθερά, αλλά για ορισμένα taxa δεν υπάρχει συμφωνία σχετικά με το όνομά τους, επειδή οι ταξινομικοί δεν συμφωνούν τι ανήκει και τι δεν ανήκει.
Ο ταξινομολόγος μπορεί να αποφασίσει μόνος του ποιους επιστημονικούς λόγους υιοθετεί για τη δημιουργία μιας ομάδας (ενός taxon). Εάν δεν είναι πειστικός στην επιλογή του, οι άλλοι ταξινομικοί δεν θα συμφωνήσουν μαζί του και τότε θα προβούν σε άλλες ρυθμίσεις. Στις μέρες μας η βιολογική ταξινόμηση υποτίθεται ότι γίνεται ως επί το πλείστον σύμφωνα με τις εξελικτικές (φυλογενετικές) σχέσεις, εφόσον αυτές είναι γνωστές.
