Η Έβερτον ξεκίνησε το 1878 με το όνομα St Domingo's FC. Στην αρχή ήταν μόνο για ανθρώπους που πήγαιναν στην εκκλησία του Αγίου Δομίνικου, αλλά τόσος πολύς κόσμος ενδιαφερόταν, που άφησαν και ανθρώπους από την τοπική περιοχή να συμμετάσχουν. Ένα χρόνο αργότερα ο σύλλογος μετονομάστηκε σε Everton Football Club, από το όνομα της περιοχής. Ο πρώτος αγώνας του Everton Football Club ήταν εναντίον μιας ομάδας που ονομαζόταν St Peter's το 1879. Η Έβερτον κέρδισε με 6-0.
Η Έβερτον συμμετείχε στο Κύπελλο Αγγλίας τη σεζόν 1886/87. Στον πρώτο γύρο ηττήθηκε με 1-0 από τη Ρέιντζερς. Καθώς το ποδόσφαιρο γινόταν όλο και πιο δημοφιλές σε όλη την Αγγλία, οι σύλλογοι συνειδητοποίησαν ότι χρειάζονταν ένα οργανωμένο πρωτάθλημα. Το 1888 ιδρύθηκε η Football League. Η Έβερτον ήταν ένα από τα 12 ιδρυτικά μέλη. Η Πρέστον Νορθ Εντ κέρδισε τα δύο πρώτα πρωταθλήματα και η Έβερτον το τρίτο το 1891. Κατέκτησε το δεύτερο τρόπαιο της ιστορίας της, το Κύπελλο FA, το 1905, αλλά δεν κατέκτησε άλλο μέχρι το 1916. Μόλις το 1927 η Έβερτον γνώρισε την πρώτη μακρά περίοδο επιτυχίας της. Το 1925 απέκτησε τον Ντίξι Ντιν και το 1927 πέτυχε 60 γκολ σε 39 αγώνες, σημειώνοντας νέο παγκόσμιο ρεκόρ και οδηγώντας την Έβερτον σε άλλο ένα πρωτάθλημα. Η Έβερτον υποβιβάστηκε στη δεύτερη κατηγορία το 1930/1931. Μέσα σε ένα χρόνο ανέβηκε και πάλι, και έκτοτε ο σύλλογος δεν έχει υποβιβαστεί ξανά, εκτός από το 1950/51 (που είχε ως αποτέλεσμα τρεις σεζόν στη δεύτερη κατηγορία). Αυτό την καθιστά την αγγλική ποδοσφαιρική ομάδα με τις περισσότερες συνεχόμενες σεζόν στην κορυφαία κατηγορία του αγγλικού ποδοσφαίρου, εκτός από την Άρσεναλ που βρίσκεται στην πρώτη κατηγορία συνεχώς από το 1919/20.
Η δεύτερη επιτυχημένη περίοδος της Έβερτον ήρθε μετά το 1961, όταν διορίστηκε προπονητής ο Χάρι Κάτερικ. Με τον Κάτερικ επικεφαλής η Έβερτον κατέκτησε δύο πρωταθλήματα και τέσσερα κύπελλα μεταξύ 1961 και 1970. Αυτή η επιτυχία δεν κράτησε όμως και μετά από τρία χρόνια χαμηλών θέσεων στο πρωτάθλημα ο Κάτερικ παραιτήθηκε από τη δουλειά του. Ο σύλλογος τερμάτισε στη μέση της βαθμολογίας για το υπόλοιπο της δεκαετίας του 1970 με μια σειρά από αποτυχημένους προπονητές. Το 1981 ο σύλλογος διόρισε τον Χάουαρντ Κένταλ ως νέο προπονητή. Ανέτρεψε την πορεία της Έβερτον και τελικά έγινε ο πιο επιτυχημένος προπονητής στην ιστορία του συλλόγου, κατακτώντας δύο πρωταθλήματα και τρία κύπελλα μεταξύ 1981 και 1987. Αυτή η εποχή έφερε επίσης τον έναν και μοναδικό ευρωπαϊκό τίτλο της Έβερτον, το Κύπελλο Κυπελλούχων το 1985. Στον τελικό κέρδισε με 3-1 την αυστριακή Ραπίντ Βιέννης. Στον ημιτελικό η Έβερτον νίκησε 3-1 την πρωταθλήτρια Γερμανίας Μπάγερν Μονάχου, σε έναν αγώνα που ψηφίστηκε ως ο καλύτερος όλων των εποχών στο Goodison Park.
Το 1985 αρκετοί οπαδοί της Λίβερπουλ και της Γιουβέντους έχασαν τη ζωή τους όταν το πλήθος άρχισε να τσακώνεται σε ένα γήπεδο στο Heysel του Βελγίου. Η UEFA αποφάσισε ότι οι οπαδοί της Λίβερπουλ ήταν οι κύριοι υπεύθυνοι. Εξαιτίας αυτού δεν επιτρεπόταν σε όλους τους αγγλικούς συλλόγους να παίζουν με ευρωπαϊκές ομάδες μέχρι το 1991. Αυτό στέρησε από την Έβερτον την ευκαιρία να υπερασπιστεί τον ευρωπαϊκό της τίτλο και η ομάδα σταδιακά διαλύθηκε, πουλώντας πολλούς από τους καλύτερους παίκτες της σε άλλους ευρωπαϊκούς συλλόγους. Ο σύλλογος δεν τα πήγε πολύ καλά στις αρχές της δεκαετίας του '90, παραλίγο να υποβιβαστεί δύο φορές και αντιμετώπισε πολλά οικονομικά προβλήματα. Παρόλα αυτά έγινε ένα από τα πρώτα μέλη της νέας αγγλικής Premier League όταν αυτή ξεκίνησε το 1992. Ήταν αρκετά επιτυχημένη υπό τον προπονητή Joe Royle,ο οποίος ανέλαβε το 1994. Στη δεύτερη σεζόν του στην ηγεσία κράτησε την Έβερτον μακριά από τον υποβιβασμό και κατέκτησε το κύπελλο FA, το πρώτο τρόπαιο του συλλόγου μετά από επτά χρόνια. Ο σύλλογος είχε σταθερή βελτίωση επί Ρόιλ, τερματίζοντας στην 6η και 7η θέση τις σεζόν 1996 και 1997.
Μετά από δύο σεζόν, ωστόσο, η απόδοση του συλλόγου πήρε την κατιούσα και ο Κένταλ απολύθηκε αφού απέφυγε με δυσκολία τον υποβιβασμό τη σεζόν 1998-99. Ο πρώην παίκτης Γουόλτερ Σμιθ ανέλαβε για τρεις σεζόν, αλλά δεν κατάφερε να έχει καλές επιδόσεις. Ξόδεψε πολλά χρήματα αλλά δεν κατάφερε να φέρει την ομάδα σε καλές θέσεις στην κατηγορία. Ο Ντέιβιντ Μόγιες ανέλαβε το 2002 και υπήρξε ένας από τους πιο επιτυχημένους προπονητές του συλλόγου μέχρι σήμερα. Υπό τη διοίκησή του ο σύλλογος έγινε τακτικά ομάδα της πρώτης 10άδας, τερματίζοντας στην 4η θέση το 2005, την υψηλότερη θέση που έχει κατακτήσει ποτέ στην Premier League. Η 4η θέση σήμαινε την πρόκριση στο Champions League της επόμενης σεζόν. Αποχώρησε από την ομάδα το 2013, μετά από 11 χρόνια.
Υπό τη διοίκησή του, ο Γουέιν Ρούνεϊ εντάχθηκε στην πρώτη ομάδα και γρήγορα πωλήθηκε στη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ έναντι 28 εκατομμυρίων λιρών, ποσό ρεκόρ για τον σύλλογο. Από το 2005 και μετά η Έβερτον κατακτά τακτικά την πρώτη 8άδα και έφτασε στους 16 του Κυπέλλου UEFA το 2007, ενώ το 2009 ήταν δευτεραθλήτρια στον τελικό του Κυπέλλου Αγγλίας. Ο Μόγιες έσπασε και πάλι το ρεκόρ μεταγραφών το 2008 με την υπογραφή του Μαρουάν Φελαϊνί.
Στο τέλος της σεζόν 2012-13 ο Μόγιες αποχώρησε από τον σύλλογο για τη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ. Τον αντικατέστησε ο Ρομπέρτο Μαρτίνες. Οδήγησε την Έβερτον στα ημιτελικά του EFL Cup και του FA Cup την περίοδο 2015-16. Απολύθηκε δύο παιχνίδια πριν το τέλος της σεζόν λόγω κακών εμφανίσεων.
Το καλοκαίρι του 2016 αντικαταστάθηκε από τον Ρόναλντ Κούμαν. Στην πρώτη του σεζόν στον σύλλογο, την οδήγησε στη φάση των ομίλων του Europa League, αφού τερμάτισε 7ος την προηγούμενη σεζόν στην Premier League. Απολύθηκε την επόμενη σεζόν, αφού άφησε τον σύλλογο στη ζώνη του υποβιβασμού.
