Η γεωγραφία της Κολομβίας έχει έξι κύριες φυσικές περιοχές. Κάθε μία έχει τα δικά της μοναδικά χαρακτηριστικά. Η ορεινή περιοχή των Άνδεων συνορεύει με τον Ισημερινό και τη Βενεζουέλα. Η περιοχή των ακτών του Ειρηνικού συνορεύει με τον Παναμά και τον Ισημερινό. Η παράκτια περιοχή της Καραϊβικής συνορεύει με τη Βενεζουέλα και τον Παναμά. Η περιοχή Llanos (πεδιάδες) συνορεύει με τη Βενεζουέλα. Η περιοχή των τροπικών δασών του Αμαζονίου συνορεύει με τη Βενεζουέλα, τη Βραζιλία, το Περού και τον Ισημερινό. Η νησιωτική περιοχή περιλαμβάνει όλα τα νησιά της χώρας.
Οι κυριότεροι ποταμοί της Κολομβίας είναι ο Μαγδαλένα, ο Cauca, ο Guaviare, ο Atrato, ο Meta, ο Putumayo και ο Caquetá. Η Κολομβία έχει τέσσερα κύρια συστήματα αποστράγγισης: την αποστράγγιση του Ειρηνικού, την αποστράγγιση της Καραϊβικής, τη λεκάνη του Ορινόκο και τη λεκάνη του Αμαζονίου.
Το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού ζει στην περιοχή των Άνδεων. Αλλά οι πεδιάδες καλύπτουν το ήμισυ της γης. Μόνο το 6% περίπου του πληθυσμού ζει στις πεδιάδες. Η οροσειρά Sierra Nevada de Santa Marta περιλαμβάνει τις ψηλότερες κορυφές της χώρας (Pico Cristóbal Colón και Pico Simón Bolívar).
Κλίμα
Η θερμοκρασία της Κολομβίας αλλάζει ανάλογα με το υψόμετρο και η θερμοκρασία διαφέρει από περιοχή σε περιοχή. Οι περιοχές γύρω από τις Άνδεις είναι ψυχρότερες από τις ακτές, οι οποίες είναι χαμηλότερα.
Λόγω των πολλών υψομέτρων, η Κολομβία διαθέτει πολλά διαφορετικά φρούτα, λαχανικά και είδη ζώων. Έχει πολλές κοιλάδες, παραλίες, πεδιάδες, βουνά και δάση όπως το τροπικό δάσος του Αμαζονίου.
Οι κορυφές ορισμένων βουνών στην Κολομβία είναι τόσο κρύες που οι άνθρωποι μπορούν να κάνουν σκι πάνω από τον ισημερινό. Τα χαμηλότερα βουνά έχουν θερμότερο κλίμα. Οι ακτές της θάλασσας δροσίζονται από την αύρα του ωκεανού. Στο επίπεδο της θάλασσας κοντά στον ισημερινό κάνει ζέστη.
Τα ποτάμια είναι σημαντικά ως υδάτινες οδοί στη γη για τη μεταφορά πραγμάτων. Ένας από τους σημαντικότερους ποταμούς στην Κολομβία είναι ο ποταμός Magdalena-Cauca. Ο ποταμός Magdelena χωρίζει τα ανατολικά και τα κεντρικά βουνά. Δημιουργεί μια εύφορη κοιλάδα. Ο ποταμός Cauca χωρίζει την κεντρική οροσειρά και τη δυτική κορυφογραμμή, φτιάχνοντας μια άλλη μεγάλη κοιλάδα. Ο ποταμός Cauca είναι στην πραγματικότητα τμήμα του ποταμού Magdalena. Ωστόσο, οι δύο ποταμοί δεν συναντώνται παρά μόνο λίγα μίλια πριν ο Μαγδαλένα εκβάλει στην Καραϊβική Θάλασσα.
Βιοποικιλότητα
Η Κολομβία είναι μια χώρα με μεγάλη ποικιλομορφία. Αυτό σημαίνει ότι η χώρα φιλοξενεί την πλειονότητα των ειδών της Γης. Υπάρχει επίσης μεγάλος αριθμός ενδημικών ειδών.
Η Κολομβία έχει 1.900 είδη πουλιών, τα περισσότερα από κάθε άλλη χώρα. Υπάρχουν περίπου 2.000 είδη θαλάσσιων ψαριών. Είναι η δεύτερη πιο ποικιλόμορφη χώρα σε ψάρια του γλυκού νερού. Όσον αφορά τα φυτά, η χώρα έχει μεταξύ 40.000 και 45.000 είδη. Η Κολομβία είναι δεύτερη σε αριθμό ειδών αμφιβίων και είναι η τρίτη πιο ποικιλόμορφη χώρα σε ερπετά. Υπάρχουν περίπου 2.900 είδη μαλακίων και περίπου 300.000 είδη ασπόνδυλων.