Πράξη 1
Η ιστορία, βασισμένη σε μια αρχαία ελληνική ιστορία, διαδραματίζεται στο νησί της Κρήτης, λίγο μετά τον Τρωικό Πόλεμο. Η Ίλια είναι η κόρη του Τρώα βασιλιά Πρίαμου που έχει χάσει τον πόλεμο. Η Ίλια έχει μεταφερθεί στην Κρήτη. Αγαπάει τον πρίγκιπα Ιδαμάντη, γιο του Κρητικού βασιλιά Ιδομενέα, αλλά δεν θέλει να του πει την αγάπη της γι' αυτόν. Ο Ιδαμάντης είναι ευγενικός και απελευθερώνει τους Τρώες αιχμαλώτους. Λέει στην Ίλια ότι δεν φταίει αυτός που οι πατέρες τους ήταν εχθροί. Οι Τρώες και οι Κρητικοί (λαός από την Κρήτη) καλωσορίζουν και οι δύο την επιστροφή της ειρήνης, αλλά η Ηλέκτρα, κόρη του Έλληνα βασιλιά Αγαμέμνονα, ζηλεύει την Ηλία. Είναι ενοχλημένη που ο Ιδαμάντης ήταν ευγενικός και άφησε ελεύθερους τους αιχμαλώτους. Ο Αρμπάς, έμπιστος φίλος του βασιλιά, φέρνει την είδηση ότι ο Ιδομενέας πνίγηκε στη θάλασσα ενώ επέστρεφε στην Κρήτη από την Τροία. Η Ηλέκτρα, ανησυχώντας ότι η Ηλία, μια Τρώα, σύντομα θα γίνει βασίλισσα της Κρήτης, νιώθει τις μαινόμενες μανία του Άδη να τη βασανίζουν.
Ο Ιδομενέας δεν χάνεται στη θάλασσα, αλλά σώζεται από τον Ποσειδώνα (θεό της θάλασσας) και ξεβράζεται σε μια κρητική παραλία. Εκεί θυμάται την υπόσχεση που έδωσε στον Ποσειδώνα: είχε υποσχεθεί να θυσιάσει (να σκοτώσει για τους θεούς) το πρώτο πλάσμα που θα συναντούσε, είτε πρόκειται για άνθρωπο είτε για ζώο. Το πρώτο πρόσωπο που συναντά είναι ο ίδιος του ο γιος, ο Ιδαμάντης. Επειδή οι δυο τους δεν έχουν δει ο ένας τον άλλον για πολύ καιρό, δεν αναγνωρίζει ο ένας τον άλλον στην αρχή. Όταν τελικά ο Ιδομενέας συνειδητοποιεί ότι είναι ο ίδιος του ο γιος που πρέπει να σκοτώσει, λέει στον Ιδαμάντη να φύγει μακριά και να μην τον ξαναδεί ποτέ. Ο Idamante δεν καταλαβαίνει γιατί το λέει αυτό ο πατέρας του. Αναστατώνεται τρομερά, αλλά φεύγει τρέχοντας. Οι Κρητικοί στρατιώτες κατεβαίνουν από το πλοίο του Ιδομενέα και τους συναντούν οι γυναίκες τους και όλοι υμνούν τον Ποσειδώνα.
Πράξη 2
Στο παλάτι του βασιλιά, ο Ιδομενέας ρωτά τον Αρμπάτσε τι πρέπει να κάνει, επειδή δεν υπάκουσε στον θεό. Ο Αρμπάτσε λέει ότι ο Ποσειδώνας θα ήταν ευτυχής αν μπορούσε να θυσιαστεί ένα άλλο θύμα, αρκεί ο Ιδαμάντης να σταλεί στην εξορία (σε άλλη χώρα). Ο Ιδομενέας λέει στον γιο του να πάρει την Ηλέκτρα στην πατρίδα της, το Άργος. Τα καλά λόγια του Ιδομενέα προς την Ίλια την κάνουν να πει πολύ ευγενικά ότι, επειδή έχει χάσει τα πάντα, θα είναι ο πατέρας της και η Κρήτη θα είναι η πατρίδα της. Καθώς φεύγει, ο Ιδομενέας συνειδητοποιεί ότι η αποστολή του Ιδαμάντη στην εξορία έκανε την Ηλία δυστυχισμένη. Η Ηλέκτρα είναι χαρούμενη που θα πάει στο Άργος με τον Ιδαμάντη.
Στο λιμάνι της Σιδώνας, ο Ιδομενέας αποχαιρετά τον γιο του και του λέει να κυβερνήσει σαν καλός βασιλιάς. Ωστόσο, πριν το πλοίο αποπλεύσει, ξεσπά καταιγίδα και εμφανίζεται ένα θαλάσσιο φίδι. Είναι αγγελιοφόρος του Ποσειδώνα, ο οποίος είναι θυμωμένος με τον Ιδομενέα. Ο Ιδομενέας προσφέρει τη ζωή του στο θεό.
Πράξη 3
Στον βασιλικό κήπο, η Ίλια ζητά από τους ήπιους ανέμους να μεταφέρουν την αγάπη της στον Ιδαμάντη. Ο Idamante λέει ότι πρέπει να πάει να πολεμήσει το φίδι. Όταν εκείνος λέει ότι θα ήθελε να πεθάνει επειδή η Ίλια δεν τον αγαπάει. Αυτό κάνει την Ίλια να του πει ότι τον αγαπάει. Αιφνιδιάζονται από την Ηλέκτρα και τον Ιδομενέα. Όταν ο Ιδαμάντης ρωτάει τον πατέρα του γιατί τον στέλνει μακριά, ο Ιδομενέας δεν μπορεί να του πει την αλήθεια. Ο Ηλία ζητάει από την Ηλέκτρα λίγη καλοσύνη, αλλά η Ηλέκτρα ζηλεύει τρελά τον Ηλία τώρα και θέλει εκδίκηση. Ο Αρμπάς έρχεται με τα νέα ότι ο λαός, με επικεφαλής τον αρχιερέα του Ποσειδώνα, φωνάζει ότι θέλει τον Ιδομενέα. Ο Αρχιερέας λέει στον βασιλιά ότι το τέρας του Ποσειδώνα καταστρέφει τα πράγματα και ζητά από τον Ιδομενέα να πει το όνομα του προσώπου του οποίου τη θυσία απαιτεί ο θεός. Όταν ο βασιλιάς λέει ότι ο ίδιος του ο γιος είναι το θύμα, ο λαός τρομοκρατείται.
Έξω από το ναό, ο βασιλιάς και ο αρχιερέας ενώνονται με τους ιερείς του Ποσειδώνα για να προσευχηθούν ώστε ο θεός να είναι ευγενικός και φιλεύσπλαχνος. Ο Arbace φέρνει τα νέα ότι ο Idamante σκότωσε το τέρας. Ο Ιδομενέας ανησυχεί τώρα ότι ο Ποσειδώνας θα θελήσει ακόμη περισσότερη εκδίκηση. Ο Ιδαμάντε μπαίνει με χιτώνες θυσίας, λέγοντας ότι καταλαβαίνει τις τρομερές ανησυχίες του πατέρα του και ότι είναι έτοιμος να πεθάνει. ο Ιδομενέας αποχαιρετά τραγικά τον ίδιο του το γιο και είναι έτοιμος να τον σκοτώσει, όταν ο Ίλια βγαίνει μπροστά και προσφέρεται να πεθάνει αντί γι' αυτόν. Ο Ποσειδώνας τώρα αλλάζει γνώμη. Ακούμε τη φωνή του να λέει ότι αν ο Ιδομενέας παραιτηθεί από βασιλιάς και αφήσει τον Ιδαμάντη και την Ίλια να κυβερνήσουν ως βασιλιάς και βασίλισσα, θα τον συγχωρήσει. Όλοι είναι χαρούμενοι εκτός από την Ηλέκτρα, η οποία θέλει να πεθάνει. Ο Ιδομενέας λέει ότι ο Ιδαμάντης και η νύφη του είναι οι νέοι κυβερνήτες. Ο λαός καλεί τον θεό του έρωτα και του γάμου να ευλογήσει το βασιλικό ζεύγος και να φέρει την ειρήνη.
