Η ενδογαμία είναι ένας όρος της γενετικής, που σημαίνει τη διασταύρωση (ζευγάρωμα) στενά συγγενικών ζώων ή φυτών. Η αυτογονιμοποίηση στα φυτά είναι το πιο ακραίο είδος ενδογαμίας. Είναι αρκετά διαδεδομένη στα φυτά που φέρουν αρσενικά και θηλυκά άνθη στο ίδιο φυτό. Η ενδογαμία είναι το αντίθετο της διασταύρωσης, δηλαδή του ζευγαρώματος μη συγγενών μελών του ίδιου είδους. Ο συνδυασμός της ενδογαμίας και της διασταύρωσης είναι μια συνήθης μέθοδος τεχνητής επιλογής.
Άλλοι όροι είναι το στέλεχος ενδογαμίας, μια ομάδα οργανισμών που είναι τόσο ενδογαμικοί ώστε να έχουν ελάχιστη ή καθόλου γενετική ποικιλομορφία, και η κατάθλιψη ενδογαμίας, η οποία είναι η μειωμένη καταλληλότητα (συνήθως έλλειψη γονιμότητας και πρώιμη ασθένεια και θάνατος) που προκαλείται από την ενδογαμία.
Για τα ανθρώπινα όντα, η ενδογαμία είναι καταστροφική και σχεδόν όλοι οι πολιτισμοί έχουν ταμπού για την αιμομιξία. Για παράδειγμα, πολλοί απαγορεύουν το γάμο μεταξύ πρώτων ξαδέρφων και οι περισσότεροι τον απαγορεύουν για τα στενότερα μέλη της οικογένειας.