Ερμαφρόδιτος είναι ένας όρος που προέρχεται από τον Ερμαφρόδιτο, τον γιο του Ερμή και της Αφροδίτης. Χρησιμοποιείται ως επιστημονικός όρος στη βιολογία.
Στη ζωολογία, ένα ζώο που μπορεί να παράγει τόσο σπέρμα όσο και ωάρια είναι ερμαφρόδιτο. Για παράδειγμα, οι περισσότεροι γαιοσκώληκες είναι ερμαφρόδιτοι. Ένας ταυτόχρονος ερμαφρόδιτος έχει και τα δύο σύνολα γεννητικών οργάνων καθ' όλη τη διάρκεια της ζωής του. Ένας διαδοχικός ερμαφρόδιτος έχει αρχικά ωοθήκες, οι οποίες αντικαθίστανται από όρχεις αργότερα, ή το αντίστροφο.
Στη βοτανική, ο όρος ερμαφρόδιτος χρησιμοποιείται για "πλήρη" άνθη με αρσενικά και θηλυκά μέρη, καθώς και για φυτά που έχουν αμφιφυλόφιλες αναπαραγωγικές μονάδες. Βλέπε σεξουαλικότητα ανθοφόρων φυτών για λεπτομέρειες.
Όσον αφορά τους ανθρώπους, ο όρος ερμαφρόδιτος δεν είναι σωστός, επειδή οι πραγματικά λειτουργικοί ερμαφρόδιτοι δεν είναι δυνατοί στους ανθρώπους. Αυτό που συμβαίνει μερικές φορές είναι λάθη στην ανάπτυξη που οδηγούν σε διαφυλικά άτομα. Ένας ορισμός του ίντερσεξ είναι :
"... άτομα ενός αμφιφυλόφιλου είδους που έχουν χαρακτηριστικά ενδιάμεσα μεταξύ αρσενικού και θηλυκού".
Τα άτομα που είναι ίντερσεξ μπορεί να έχουν πολύ μικρό πέος και καθόλου όρχεις ή πολύ μικρό και κοντό κόλπο και μεγάλη κλειτορίδα που μοιάζει με πέος.