Δύο ιδιότητες των μορίων MHC καθιστούν δύσκολο για τα παθογόνα να αποφύγουν την ανοσολογική απάντηση.
1. Ο MHC είναι πολυγονιδιακός. Υπάρχουν πολλά διαφορετικά γονίδια, έτσι ώστε κάθε άτομο ή ζώο να έχει ένα σύνολο μορίων MHC που δεσμεύουν κάπως διαφορετικές σειρές πεπτιδίων.
2. Τα γονίδια MHC είναι ιδιαίτερα πολυμορφικά. Αυτό σημαίνει ότι υπάρχουν πολλαπλά αλληλόμορφα παραλλαγών κάθε γονιδίου στον πληθυσμό. Ο πολυμορφισμός είναι τόσο υψηλός ώστε σε έναν μικτό πληθυσμό δεν υπάρχουν δύο άτομα με ακριβώς το ίδιο σύνολο γονιδίων και μορίων MHC, με εξαίρεση τα πανομοιότυπα δίδυμα.
Μέσα σε έναν πληθυσμό, η παρουσία πολλών διαφορετικών αλληλόμορφων σημαίνει ότι θα υπάρχει σχεδόν πάντα ένα άτομο με ένα συγκεκριμένο μόριο MHC ικανό να φορτώσει το σωστό πεπτίδιο για την αναγνώριση ενός συγκεκριμένου μικροβίου. Η εξέλιξη του πολυμορφισμού του MHC σημαίνει ότι ένας πληθυσμός δεν θα υποκύψει σε ένα νέο παθογόνο ή σε ένα μεταλλαγμένο παθογόνο, επειδή τουλάχιστον ορισμένα άτομα θα είναι σε θέση να αναπτύξουν επαρκή ανοσολογική απάντηση για να νικήσουν το παθογόνο. Οι παραλλαγές των μορίων MHC είναι αποτέλεσμα της κληρονομικότητας διαφορετικών μορίων MHC.
Μεταμοσχεύσεις
Οι μεταμοσχεύσεις περιορίζονται σε εκείνες που προκαλούν τη μικρότερη αντίδραση από το σύστημα MHC σε δοκιμές ιστικών αντιστοιχιών.
Αυτοάνοσα νοσήματα
Ένα αυτοάνοσο νόσημα εμφανίζεται όταν τα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος δεν αναγνωρίζουν τα μόρια MHC άλλων κυττάρων και αρχίζουν να επιτίθενται στο ίδιο τους το σώμα.
