Στα συστήματα μετρό άλλων πόλεων, η "γραμμή" του τρένου είναι το ίδιο με τη "διαδρομή" του τρένου. Στο σύστημα μετρό της Νέας Υόρκης, ωστόσο, η "γραμμή" είναι οι πραγματικές γραμμές, τις οποίες χρησιμοποιεί η "διαδρομή" του τρένου. Οι "διαδρομές", που ονομάζονται επίσης "υπηρεσίες", έχουν ένα γράμμα ή έναν αριθμό, όπως "1" ή "Α". Οι "γραμμές" έχουν ονόματα, όπως "Broadway Line".
Υπάρχουν 24 δρομολόγια τρένων. Σε αυτά περιλαμβάνονται 3 σύντομες διαδρομές "λεωφορείων". Κάθε διαδρομή έχει ένα χρώμα. Ο R. Raleigh D'Adamo, ένας δικηγόρος που συμμετείχε σε διαγωνισμό το 1964, σχεδίασε τα χρώματα που χρησιμοποιούνται σήμερα στους χάρτες του μετρό. Πριν, οι χάρτες του μετρό χρησιμοποιούσαν διαφορετικά χρώματα για κάθε διαδρομή. Οι άνθρωποι που ζουν στη Νέα Υόρκη δεν αποκαλούν τις γραμμές και τις υπηρεσίες με βάση το χρώμα (όπως, Μπλε γραμμή ή Πράσινη γραμμή). Ωστόσο, οι τουρίστες χρησιμοποιούν συχνά τα χρώματα για να ξεχωρίζουν τις διαδρομές.
Υπάρχουν τρεις διαφορετικοί τύποι υπηρεσιών μετρό. Τα "τοπικά" τρένα κάνουν όλες τις στάσεις σε "τοπικούς" σταθμούς καθώς και σε σταθμούς "εξπρές". Τα τρένα "Express" παραλείπουν ορισμένους σταθμούς, αλλά κάνουν στάσεις σε σταθμούς "express". Υπάρχει μια υπηρεσία "παράλειψης στάσεων", το J/Z, όπου δύο γραμμές τρένων εκτελούνται στην ίδια γραμμή- κάθε γραμμή σταματά μόνο σε κάθε άλλο σταθμό κατά μήκος της γραμμής.
Το σύστημα του μετρό λειτουργεί 24 ώρες την ημέρα και 7 ημέρες την εβδομάδα, αλλά ορισμένα δρομολόγια δεν εκτελούνται όταν δεν υπάρχει πολύς κόσμος που να χρησιμοποιεί το μετρό. Όταν μια γραμμή είναι κλειστή, η αρχή μεταφορών χρησιμοποιεί δωρεάν λεωφορεία μεταφοράς. Η αρχή μεταφορών παρουσιάζει τις προγραμματισμένες αλλαγές στις υπηρεσίες στον ιστότοπό της, στους τοίχους των σταθμών, στο εσωτερικό των βαγονιών του μετρό και μέσω της σελίδας της στο Twitter.
Γραμμές κορμού
| Πρωτεύουσα γραμμή κορμού | Χρώμα | Pantone | Σφαίρες υπηρεσίας |
| Γραμμή IND Eighth Avenue Line | Ζωντανό μπλε | PMS 286 |    |
| Γραμμή IND Sixth Avenue Line | Φωτεινό πορτοκαλί | PMS 165 |     |
| Γραμμή IND Crosstown Line | Πράσινο ασβέστη | PMS 376 |  |
| Γραμμή BMT Canarsie | Ανοιχτό γκρι σχιστόλιθο | 50% μαύρο |  |
| Γραμμή BMT Nassau Street Line | Terra cotta καφέ | PMS 154 |   |
| Γραμμή BMT Broadway | Κίτρινο ηλιοτρόπιο | PMS 116 |     |
| Γραμμή IRT Broadway - Έβδομη Λεωφόρος | Ντομάτα κόκκινη | PMS 185 |    |
| Γραμμή IRT Lexington Avenue | Μήλο πράσινο | PMS 355 |     |
| Γραμμή έκπλυσης IRT | Βατόμουρο | PMS μωβ |   |
| Λεωφορεία | Σκούρο γκρι σχιστόλιθο | 70% μαύρο |  |
Διαδρομές
Υπάρχουν πολλές διαδρομές στο μετρό. Πολλοί άνθρωποι που δεν έχουν ταξιδέψει ποτέ με το μετρό μπερδεύονται επειδή υπάρχουν τόσες πολλές διαδρομές που πηγαίνουν σε τόσα πολλά διαφορετικά μέρη. Το Μετρό έχει πινακίδες που κρέμονται από τα ταβάνια των σταθμών για να δείχνουν τις διαδρομές και πού πηγαίνουν.
| Τα δρομολόγια του "τμήματος Α", το οποίο ήταν η Interborough Rapid Transit Company, είναι τα εξής: | Διαδρομή | Όνομα | |  | Τοπική λεωφόρος Broadway-Seventh Avenue | |  | Broadway-Seventh Avenue Express | |  | Broadway-Seventh Avenue Express | |  | Lexington Avenue Express | |  | Lexington Avenue Express | |   | Λεωφόρος Lexington Local | |   | Flushing Local/Express | |  | 42nd Street Shuttle | | Τα δρομολόγια του "B Division", το οποίο ανήκε στην Brooklyn-Manhattan Transit Corporation και στο Independent Subway System, είναι τα εξής: | Διαδρομή | Όνομα | Διαδρομή | Όνομα | |  | Eighth Avenue Express |  | Canarsie Τοπικά | |  | Sixth Avenue Express |  | Έκτη Λεωφόρος Τοπική | |  | Eighth Avenue Local |  | Broadway Express | |  | Sixth Avenue Express |  | Broadway Express | |  | Eighth Avenue Local |  | Τοπικό Μπρόντγουεϊ | |  | Έκτη Λεωφόρος Τοπική |  | Λεωφόρος Franklin Shuttle | |  | Crosstown Local |  | Rockaway Park Shuttle | |   | Nassau Street Local/Express |  | Τοπικό Μπρόντγουεϊ | |