Το Lady Juliana απέπλευσε πριν από τα άλλα πλοία κατάδικων και δεν υπολογίζεται πάντα ως μέρος του Δεύτερου Στόλου. Το πλοίο ανεφοδιασμού Justinian δεν ταξίδεψε με τα πλοία καταδίκων και έφτασε πριν από αυτά. Το HMS Guardian απέπλευσε πριν από τα πλοία των καταδίκων, αλλά προσέκρουσε σε πάγο αφού έφυγε από το Ακρωτήριο της Καλής Ελπίδας, επέστρεψε στη νότια Αφρική και ναυάγησε στην ακτή.
Τα Surprize, Neptune και Scarborough στάλθηκαν από την εταιρεία "Camden, Calvert & King". Είχαν συμφωνήσει να μεταφέρουν, να ντύσουν και να ταΐσουν τους κατάδικους έναντι αμοιβής 17 7 στερλινών. Η αμοιβή αυτή καταβαλλόταν είτε οι κατάδικοι αποβιβάστηκαν νεκροί είτε ζωντανοί. Η εταιρεία αυτή είχε δραστηριοποιηθεί στο παρελθόν στη μεταφορά σκλάβων στη Βόρεια Αμερική. Οι μόνοι κυβερνητικοί υπάλληλοι στο πλοίο ήταν ο ναυτικός πράκτορας, ο υποπλοίαρχος John Shapcote, και ο καπετάνιος της φρουράς- όλο το υπόλοιπο πλήρωμα προμηθεύτηκε από την εταιρεία.
Ο Δεύτερος Στόλος αναχώρησε από την Αγγλία στις 19 Ιανουαρίου 1790, με 1.006 κατάδικους (928 άνδρες και 78 γυναίκες). Έκαναν μόνο μία στάση στο δρόμο, στο Ακρωτήριο της Καλής Ελπίδας. Εδώ επιβιβάστηκαν 20 άνδρες κατάδικοι, επιζώντες από το Guardian. Τα τρία πλοία πραγματοποίησαν ταχύτερο ταξίδι από τον Πρώτο Στόλο, φτάνοντας στο Πορτ Τζάκσον την τελευταία εβδομάδα του Ιουνίου 1790. Αυτό συνέβη τρεις εβδομάδες μετά το Lady Juliana και μία εβδομάδα μετά το πλοίο ανεφοδιασμού Justinian.
Το ταξίδι ήταν γρήγορο, αλλά το ποσοστό των ανθρώπων που πέθαιναν ήταν το υψηλότερο στην ιστορία της μεταφοράς προς την Αυστραλία. Από τους 1.026 κατάδικους που αναχώρησαν, 267 (256 άνδρες και 11 γυναίκες) πέθαναν κατά τη διάρκεια του ταξιδιού (26%).
Στον Ποσειδώνα οι κατάδικοι δεν έπαιρναν αρκετό φαγητό, τους κρατούσαν δεμένους με αλυσίδες και σπάνια τους άφηναν να ανέβουν στο κατάστρωμα. Πολλοί από αυτούς έπαθαν σκορβούτο. Στο Σκάρμπορο, τους έδιναν τροφή, αλλά μια αναφερόμενη απόπειρα ανταρσίας οδήγησε στο να κρατηθούν οι κατάδικοι κλειδωμένοι κάτω από το κατάστρωμα.
Ο καπετάνιος William Hill, καπετάνιος της φρουράς, έγραψε αργότερα ότι οι καπετάνιοι των πλοίων δεν τάιζαν τους κατάδικους για να μπορούν να πουλήσουν το φαγητό σε άλλη χώρα. Ήθελαν οι κατάδικοι να πεθάνουν γρήγορα, ώστε να μην χρειάζεται να σπαταλούν το φαγητό για αυτούς και να μπορούν να το κρατήσουν για να το πουλήσουν αργότερα.