Τα μεταβατικά απολιθώματα (ή ελλείποντες κρίκοι) είναι τα απολιθωμένα υπολείμματα μορφών ζωής που παρουσιάζουν χαρακτηριστικά που χαρακτηρίζουν δύο διαφορετικές ομάδες. Μπορεί να πρόκειται για ένα σπάνιο απολίθωμα, όπως το Archaeopteryx, το οποίο παρουσιάζει πρώιμα χαρακτηριστικά μιας ομάδας που αργότερα διαδίδεται ευρέως.
Η σπανιότητα των μεταβατικών μορφών είναι ενδιαφέρουσα. Υποδηλώνει ότι οι νέες μορφές δεν είναι ακόμη κυρίαρχες στην οικολογία της εποχής τους και ότι οι πληθυσμοί τους είναι σχετικά μικροί. Από αυτό προκύπτει ότι τα απολιθώματα τους θα ήταν σπάνια. Στον ασβεστόλιθο του Solnhofen όπου βρέθηκε ο Archaeopteryx, υπάρχουν περισσότερα παραδείγματα πτερόσαυρων διαφόρων γενών από ό,τι του πρωτοπουλιού. Στο Ιουρασικό, οι πτερόσαυροι κυριαρχούσαν στον αέρα.
Όμως στην Κατώτερη Κρητιδική περίοδο η κατάσταση είναι αντίστροφη. Οι πτερόσαυροι βρίσκονται σε παρακμή και μεγάλος αριθμός διαφορετικών ειδών πτηνών εντοπίζεται στις περίφημες κινεζικές αποθέσεις lagerstatten, όπως η βιομάζα Jehol. Τα πτηνά της Κατώτερης Κρητιδικής περιόδου είναι σαφώς πιο πτηνόμορφα, και τα χαρακτηριστικά που ανέπτυξαν τους επέτρεψαν να εισβάλουν σε θέσεις οικοτόπων που ήταν προνόμιο των πτερόσαυρων, ή ίσως δεν είχαν προηγουμένως αξιοποιηθεί καθόλου.
