Η συγκριτική ανατομία είναι η επιστημονική σύγκριση των σωμάτων των ζώων. Σκοπός της συγκριτικής ανατομίας είναι να δούμε τη λειτουργική δομή τους και να αποφασίσουμε για τις φυλογενετικές σχέσεις μεταξύ των διαφόρων ομάδων ζώων. Ο διαχωρισμός των ζώων σε φύλα γίνεται κυρίως με τη συγκριτική ανατομία: βλέπε Κατάλογος των φυλών των ζώων.
Οι κύριες τεχνικές που χρησιμοποιούνται είναι η ανατομία και η μικροσκοπία. Η ανατομή είναι μια αρχαία μέθοδος που χρησιμοποιείται για να βρεθεί η εσωτερική δομή ενός ζωντανού οργανισμού (συνήθως γίνεται αφού έχει πεθάνει). Χρησιμοποιείται ακόμη από τους φοιτητές της ιατρικής για να μάθουν τις λεπτομέρειες του ανθρώπινου σώματος. Τα απλά μικροσκόπια εφευρέθηκαν για πρώτη φορά τον 17ο αιώνα και το σύνθετο μικροσκόπιο (που χρησιμοποιείται ακόμη και σήμερα) έγινε διαθέσιμο τον 19ο αιώνα. Σκοπός της μικροσκοπίας είναι να μας επιτρέπει να βλέπουμε τις μικρές λεπτομέρειες της δομής. Επίσης, συχνά γίνεται η προσεκτική σύγκριση μεγάλων συλλογών ζώων (συνήθως σε μουσεία).
Η μεγάλη εποχή της συγκριτικής ανατομίας ήταν από το 1800 έως το 1950 περίπου. Χρησιμοποιήθηκε από εκείνους που δεν πίστευαν στην εξέλιξη, όπως ο Georges Cuvier, και από εκείνους που πίστευαν, όπως ο Thomas Henry Huxley. Ο ίδιος ο Κάρολος Δαρβίνος χρησιμοποίησε τη συγκριτική ανατομία ως κύριο εργαλείο στην εργασία του για τις αχιβάδες. Σήμερα, η κύρια μέθοδος που χρησιμοποιείται για την εύρεση των σχέσεων είναι η μοριακή εξέλιξη, η οποία χρησιμοποιεί την ανάλυση της αλληλουχίας του DNA. Ωστόσο, για πολλούς ερευνητικούς σκοπούς, οι ζωολόγοι εξακολουθούν να τεμαχίζουν ζώα. Για να πάρετε πτυχίο βιολογίας, πρέπει να γνωρίζετε τη δομή των ζώων (και των φυτών).
