Ο Hillary γεννήθηκε από τον Percival Augustus Hillary και την Gertrude Hillary, το γένος Clark, στο Όκλαντ της Νέας Ζηλανδίας, στις 20 Ιουλίου 1919. Η οικογένειά του μετακόμισε στο Tuakau (νότια του Όκλαντ) το 1920, αφού ο πατέρας του (που υπηρέτησε στην Καλλίπολη) απέκτησε γη εκεί. Οι παππούδες και οι γιαγιάδες του ήταν πρώτοι έποικοι στη βόρεια Wairoa στα μέσα του 19ου αιώνα, αφού μετακόμισαν από το Yorkshire της Αγγλίας.
Η Hillary έμαθε στο δημοτικό σχολείο Tuakau και στη συνέχεια στο Auckland Grammar School. Τελείωσε το δημοτικό σχολείο δύο χρόνια νωρίτερα, αλλά δεν τα πήγε πολύ καλά στο γυμνάσιο. Στην αρχή, ήταν μικρότερος από τους άλλους μαθητές εκεί και πολύ ντροπαλός, οπότε ένιωθε ασφάλεια με τα βιβλία του και συχνά σκεφτόταν μια ζωή γεμάτη περιπέτεια. Κάθε μέρα, πήγαινε με το τρένο από και προς το γυμνάσιο και συχνά χρησιμοποιούσε αυτό το χρόνο για να διαβάζει. Η εκμάθηση του μποξ τον βοήθησε να αποκτήσει μεγαλύτερη αυτοπεποίθηση. Σε ηλικία 16 ετών το ενδιαφέρον του για την ορειβασία ξεκίνησε κατά τη διάρκεια μιας σχολικής εκδρομής στο όρος Ruapehu. Αν και πολύ ψηλός με 195 εκατοστά, ήταν πιο δυνατός από πολλούς άλλους πεζοπόρους του. Έμαθε για τα μαθηματικά και τις επιστήμες στο Πανεπιστήμιο του Όκλαντ και το 1939 ολοκλήρωσε την πρώτη του σημαντική ανάβαση, η οποία ήταν η επίτευξη της κορυφής ενός βουνού που ονομαζόταν Όρος Ολιβιέ. Μαζί με τον αδελφό του Rex, ο Hillary έγινε μελισσοκόμος κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού, γεγονός που του επέτρεπε να κάνει αναρρίχηση το χειμώνα.
