Στις αρχές της δεκαετίας του 1950, δίδαξε στην École Normale. Στη συνέχεια άρχισε να διδάσκει ψυχολογία στο Πανεπιστήμιο της Λιλ. Το 1954 ο Foucault δημοσίευσε το πρώτο του βιβλίο, Maladie mentale et personnalité. Στα μέσα της δεκαετίας του 1950, εργάστηκε στο Πανεπιστήμιο της Βαρσοβίας και στο Πανεπιστήμιο του Αμβούργου.
Επέστρεψε στη Γαλλία το 1960 για να γίνει καθηγητής φιλοσοφίας στο Πανεπιστήμιο του Clermont-Ferrand. Στα μέσα της δεκαετίας του 1960, ο Φουκώ μετακόμισε με την ερωμένη του στην Τύνιδα (στη Βόρεια Αφρική) και βρήκε δουλειά ως καθηγητής στο Πανεπιστήμιο της Τύνιδας. Το 1966 δημοσίευσε το Les Mots et les choses (Η τάξη των πραγμάτων), το οποίο ήταν πολύ δημοφιλές. Το 1968 επέστρεψε στη Γαλλία, όπου δημοσίευσε το L'archéologie du savoir (Η αρχαιολογία της γνώσης).
Στα τέλη της δεκαετίας του 1960, μετά τις τεράστιες φοιτητικές διαμαρτυρίες και ταραχές στη Γαλλία, η γαλλική κυβέρνηση δημιούργησε ένα νέο πειραματικό πανεπιστήμιο στη Vincennes. Ο Φουκώ έγινε ο πρώτος επικεφαλής του τμήματος φιλοσοφίας του. Ο Φουκώ συμμετείχε στους φοιτητές που κατέλαβαν τα κτίρια της διοίκησης και συγκρούστηκαν με την αστυνομία.
Το 1970, ο Φουκώ έγινε καθηγητής Ιστορίας των Συστημάτων Σκέψης στο Collège de France. Η πολιτική του εμπλοκή αυξήθηκε τώρα. Ο εραστής του Defert προσχώρησε στην υπερμαοϊκή Gauche Proletarienne (GP). Στη συνέχεια ο Φουκώ έγραψε το Surveiller et Punir (Πειθαρχία και τιμωρία), για τις φυλακές και τα σχολεία.
