Μονοθέσια
Το 1986, η Formula 3000 εισήχθη στην Ιαπωνία. Η Mugen συνεργάστηκε με τη Honda για την κατασκευή ενός κινητήρα F3000. Παρουσιάστηκε τη σεζόν 1987 και μισθώθηκε σε 14 ομάδες. Το 1988, η Mugen κατέκτησε τέσσερις από τις πέντε πρώτες θέσεις στο ιαπωνικό πρωτάθλημα F3000. Το 1989, η Mugen μπήκε στην ευρωπαϊκή F3000 με τον κινητήρα MF308. Κέρδισαν το πρωτάθλημα με τον Jean Alesi να οδηγεί ένα Reynard. Την ίδια χρονιά η εταιρεία κατασκεύασε το δικό της πρωτότυπο κινητήρα 3,5 L V8 Formula One, με την κωδική ονομασία MF350.
Το 1988, η Mugen άρχισε να ρυθμίζει κινητήρες Honda για χρήση στη Formula Three. Κέρδισαν την ιαπωνική σειρά με τον Akihiko Nakaya και το 1990 επεκτάθηκαν στην Ευρώπη. Η Mugen κέρδισε τα πρώτα πρωταθλήματα της Formula Three στην Ευρώπη. Κατέκτησαν τον γαλλικό τίτλο με τον Eric Hélary και το βρετανικό στέμμα με τον Mika Häkkinen. Κατέκτησαν επίσης τον τίτλο το 1991 με τον Rubens Barrichello.
Φόρμουλα Ένα
Το 1991, η Mugen κατασκεύασε κινητήρες Honda V10 για την Tyrrell. Το 1992 ο κινητήρας μετονομάστηκε σε Mugen MF351H. Ο κινητήρας χρησιμοποιήθηκε από την ομάδα Footwork το 1992 και το 1993.
Το 1994, ο Mugen μετακόμισε στην Team Lotus με τη νέα Lotus 109. Η ομάδα ήταν υποχρηματοδοτούμενη και το σασί της 109 άργησε να φτάσει. Το μονοθέσιο και ο κινητήρας του απέσπασαν έναν μόνο βαθμό. Στο τέλος της χρονιάς, η Lotus έκλεισε.
Ο Mugen μεταπήδησε στην ομάδα Ligier το 1995. Το 1996 η Mugen κέρδισε τον πρώτο της αγώνα στη Formula 1. Ο κινητήρας 3.0 L, με την κωδική ονομασία MF301H, κέρδισε στο Grand Prix του Μονακό το 1996 με οδηγό τον Olivier Panis.
Η Ligier εξαγοράστηκε από τον Alain Prost το 1997 και μετονομάστηκε σε Prost Grand Prix. Όταν ο Prost άλλαξε τους κινητήρες της Peugeot το 1998, η Mugen συνήψε διετή συμφωνία με την Jordan Grand Prix. Τη σεζόν του 1998 σημειώθηκε ένας τερματισμός 1-2 στο Spa-Francorchamps με τους Damon Hill και Ralf Schumacher.
Το 1999, ο Heinz-Harald Frentzen κέρδισε δύο φορές και ο Jorden τερμάτισε στην τρίτη θέση του πρωταθλήματος κατασκευαστών. Το 2000, η Honda Motor Company ανακοίνωσε ότι θα επέστρεφε στη Φόρμουλα Ένα. Η Honda θα προμήθευε τους δικούς της κινητήρες το 2000 με την British American Racing. Στο τέλος της σεζόν του 2000, η Mugen αποσύρθηκε από την F1.
Αγωνιστικά αυτοκίνητα
Το 1998, ο Mugen μπήκε στους αγώνες σπορ αυτοκινήτων. Κατασκεύασαν αρκετά αγωνιστικά αυτοκίνητα NSX. Το 2000, η ομάδα Mugen/Dome αναδείχθηκε πρωταθλήτρια.
Το 2001, στο JGTC, το Mugen NSX κέρδισε δύο αγώνες. Τον Ιούνιο, η εταιρεία ανακοίνωσε τον νέο V8 4,0 L. Το MF408S κατασκευάστηκε για την κύρια κατηγορία πρωτοτύπων στις 24 Ώρες του Le Mans και στο American Le Mans Series.