Η επιλογή εξισορρόπησης αναφέρεται σε επιλεκτικές διαδικασίες με τις οποίες διαφορετικά αλληλόμορφα (διαφορετικές εκδοχές ενός γονιδίου) διατηρούνται στη γονιδιακή δεξαμενή ενός πληθυσμού σε συχνότητες υψηλότερες από εκείνες της γονιδιακής μετάλλαξης.

Αυτό συμβαίνει συνήθως όταν ο ετερόζυγος για ένα γονίδιο έχει υψηλότερη σχετική καταλληλότητα από τον ομόζυγο. Με αυτόν τον τρόπο διατηρείται ο γενετικός πολυμορφισμός.

Απόδειξη της εξισορροπητικής επιλογής μπορεί να βρεθεί στον αριθμό των αλληλόμορφων σε έναν πληθυσμό που διατηρούνται πάνω από τις συχνότητες του ρυθμού μετάλλαξης. Όλες οι σύγχρονες έρευνες έχουν δείξει ότι αυτή η σημαντική γενετική ποικιλομορφία είναι κοινή στους πανμικτικούς πληθυσμούς. Είναι η εμπειρία πεδίου του Δαρβίνου, του Wallace και άλλων, ότι οι φυσικοί πληθυσμοί στη φύση είναι εξαιρετικά ποικίλοι. Οι μουσειακές συλλογές μεμονωμένων ειδών λένε την ίδια ιστορία.

Υπάρχουν διάφοροι τρόποι με τους οποίους η εξισορροπητική επιλογή λειτουργεί για τη διατήρηση του πολυμορφισμού. Οι δύο κυριότεροι και πιο μελετημένοι είναι το ετεροζυγωτικό πλεονέκτημα και η επιλογή που εξαρτάται από τη συχνότητα.