Τον Ιούλιο του 1863, ο λαός των Ηνωμένων Πολιτειών έζησε τις χειρότερες ταραχές στην ιστορία του έθνους. Στη Νέα Υόρκη, οι εξεγερμένοι διαμαρτυρήθηκαν για την πρώτη επιστράτευση στην Αμερική. Πίστευαν ότι αυτή η επιστράτευση ήταν άδικη. Βαρύνει σε μεγάλο βαθμό τους φτωχούς και επέτρεπε στους πλούσιους να εξαγοράζουν την έξοδό τους. Οι ταραξίες κατέστρεψαν πολλά κτίρια, συμπεριλαμβανομένου του Ορφανοτροφείου Εγχρώμων, και λιντσάρισαν μαύρους από κολώνες φωτισμού. Κατά τη διάρκεια των τετραήμερων ταραχών έχασαν τη ζωή τους 105 έως 128 άτομα.
Τα τραγούδια του Foster δεν είχαν πουλήσει καλά τους μήνες πριν από τις ταραχές . Οι καλύτερες μέρες του ως τραγουδοποιός είχαν τελειώσει. Το κοινό του είχε διχαστεί κατά μήκος πολιτικών, οικονομικών και φυλετικών γραμμών. Το Σάββατο 9 Ιανουαρίου 1864, ο Φόστερ αισθάνθηκε άρρωστος και πήγε νωρίς για ύπνο. Έμενε σε ένα φτωχό αλλά αξιοπρεπές ξενοδοχείο στο Bowery. Την Κυριακή το πρωί, μίλησε σε μια καμαριέρα στην πόρτα του, μετά γύρισε και έπεσε, σπάζοντας ένα κομμάτι σερβίτσιο που του έκοψε το λαιμό. Ο σύντροφός του Τζορτζ Κούπερ (που έμενε μόλις τέσσερα τετράγωνα μακριά) κλήθηκε. Βρήκε τον Foster γυμνό σε μια λίμνη αίματος. Ο τραγουδοποιός ψιθύρισε: "Είμαι τελειωμένος" και ζήτησε ένα ποτό.
Ένας γιατρός έφτασε και η πληγή ράφτηκε. Η Foster ντύθηκε και μεταφέρθηκε σε θάλαμο για τους φτωχούς στο νοσοκομείο Bellevue. Καταχωρήθηκε στο μητρώο ως "εργάτης". Δεν ένιωθε άνετα και δεν του άρεσε το φαγητό. Στις 13 Ιανουαρίου, έτρωγε σούπα όταν λιποθύμησε θανάσιμα. Το πτώμα του τοποθετήθηκε σε φέρετρο και μεταφέρθηκε στο νεκροτομείο του νοσοκομείου. Στην τσέπη του βρέθηκαν λίγα κέρματα και ένα χαρτί που έγραφε: "Αγαπητοί φίλοι και ευγενικές καρδιές".
Η αιτία του θανάτου του δεν είναι γνωστή. Πιθανώς ήταν ένας συνδυασμός αλκοολισμού, κακής διατροφής και απώλειας αίματος ή καρδιακή προσβολή ή εγκεφαλικό επεισόδιο. Η Τζέιν Φόστερ και τα αδέλφια του Στίβεν, ο Χένρι και ο Μόρισον, ζήτησαν τη σορό και την πήγαν στην Πενσυλβάνια για ταφή. Η νεκρώσιμη ακολουθία τελέστηκε στην επισκοπική εκκλησία Trinity, στο Πίτσμπουργκ, στις 21 Ιανουαρίου. Το φέρετρο του Φόστερ συνάντησε στο νεκροταφείο Allegheny μια μπάντα χάλκινων πνευστών που έπαιζε τις μελωδίες του. Ενταφιάστηκε κοντά στον πατέρα και τη μητέρα του.
Ο θάνατός του δεν καταγράφηκε στις περισσότερες εφημερίδες. Η New York Post ωστόσο συνέκρινε τις μελωδίες του με εκείνες του Ντονιτσέτι. Η Round Table έγραψε ότι ο Foster ήταν "ένας ερασιτέχνης συγγραφέας" που μόλις και μετά βίας γνώριζε τους κανόνες της μουσικής σύνθεσης. Το Table όμως εξήρε το πάθος και το χιούμορ του.
Πολλά τραγούδια προωθήθηκαν μετά το θάνατο του Foster ως τα τελευταία του τραγούδια. Το "The Voices That are Gone" (δημοσιεύτηκε το 1865) και το "Kiss Me Mother Ere I Die" (1869) είναι πιθανότατα, πράγματι, τα τελευταία του έργα. Τον Αύγουστο του 1864, ένας μηχανικός πρωσικής καταγωγής αγόρασε το The White Cottage και το γκρέμισε.