Ο Μάρκος Αντώνιος, ο οποίος ήταν στρατιωτικός διοικητής του Καίσαρα, και ο Οκταβιανός, ο νόμιμος διάδοχος του Καίσαρα, νίκησαν την ομάδα που είχε συνωμοτήσει εναντίον του Καίσαρα. Η ομάδα αυτή είχε επικεφαλής τον Βρούτο και τον Κάσσιο, οι οποίοι μετέφεραν τον στρατό τους στην Ανατολική Μεσόγειο και έλεγξαν μεγάλο μέρος της περιοχής αυτής. Το ζήτημα διευθετήθηκε τελικά με τη μάχη των Φιλίππων, που διεξήχθη στη Μακεδονία.
Τη θέση του Καίσαρα πήραν τρεις κοινοί ύπατοι, η Δεύτερη Τριανδρία. Τα ονόματά τους ήταν Οκταβιανός, Μάρκος Αντώνιος και Λεπίδας. Ο Λεπίδης ήταν ένας δευτερεύων χαρακτήρας και η μακροπρόθεσμη μοίρα της αυτοκρατορίας κρίθηκε από τη σύγκρουση μεταξύ του Αντωνίου και του Οκταβιανού. Ο Μάρκος Αντώνιος ήρθε να δει την Κλεοπάτρα και ερωτεύτηκαν, αν και ο Αντώνιος είχε ήδη σύζυγο. Η Κλεοπάτρα απέκτησε άλλα τρία παιδιά. Τα δύο ήταν δίδυμα και πατέρας και των τριών ήταν ο Μάρκος Αντώνιος.
Η σύγκρουση μεταξύ Οκταβιανού και Αντωνίου έγινε σοβαρή και σύντομα ξέσπασε πόλεμος. Η Κλεοπάτρα ήταν πλούσια και χρησιμοποίησε τα χρήματά της για να βοηθήσει τον Αντώνιο. Αλλά ο Οκταβιανός κέρδισε τον πόλεμο. Έγινε κυβερνήτης της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και ήταν γνωστός ως Αύγουστος ή Καίσαρας Αύγουστος. Πήρε τον έλεγχο της Αιγύπτου από την Κλεοπάτρα. Αφού κατακτήθηκε το βασίλειό της, αυτοκτόνησε αφήνοντας μια ασπίθα (δηλητηριώδες φίδι και μικρή κόμπρα) να τη δαγκώσει. Ο Αντώνιος αυτοκτόνησε επίσης.
Ο Οκταβιανός δολοφόνησε τον Καισαρίωνα και τα άλλα παιδιά της οδηγήθηκαν αιχμάλωτα στη Ρώμη. Δύο από αυτά πέθαναν από ασθένεια, αλλά η κόρη της, η Κλεοπάτρα Σελήνη Β΄, παντρεύτηκε τον αφρικανό βασιλιά Γιούμπα Β΄ της Νουμιδίας. Το ζευγάρι στάλθηκε στη Μαυριτανία για να κυβερνήσει ο Οκταβιανός. Έζησαν μια γεμάτη ζωή εκεί και απέκτησαν παιδιά.
Υπάρχουν πολλές ιστορίες για το πόσο πλούσια ήταν η Κλεοπάτρα, αλλά δεν μπορούμε να είμαστε σίγουροι αν αυτές είναι αληθινές. Για παράδειγμα, μια ιστορία λέει ότι έκανε μπάνιο σε γάλα, για να κάνει το δέρμα της πιο απαλό. Μια άλλη ιστορία λέει ότι έβαλε στοίχημα με τον Αντώνιο ότι θα μπορούσε να φτιάξει το πιο ακριβό γεύμα όλων των εποχών. Για να κερδίσει το στοίχημα, πήρε ένα μαργαριταρένιο σκουλαρίκι, το διέλυσε σε ξύδι και το ήπιε.