Το 50 π.Χ., η Σύγκλητος, με επικεφαλής τον Πομπήιο, διέταξε τον Καίσαρα να διαλύσει τον στρατό του και να επιστρέψει στη Ρώμη, επειδή η θητεία του ως κυβερνήτης είχε λήξει. Ο Καίσαρας πίστευε ότι θα διωκόταν αν έμπαινε στη Ρώμη χωρίς την ασυλία που απολάμβανε ένας δικαστής. Ο Πομπήιος κατηγόρησε τον Καίσαρα για απειθαρχία και προδοσία.
Διασχίζοντας τον Ρουβίκωνα
Ο Καίσαρας και ο στρατός του πλησίασαν τη Ρώμη και διέσχισαν τον Ρουβίκωνα, έναν ρηχό ποταμό στη βορειοανατολική Ιταλία, το 49 π.Χ. Ήταν το σημείο από το οποίο δεν έπρεπε να περάσει κανένας στρατός. Ο ποταμός σηματοδοτούσε το όριο μεταξύ της Σισαλπικής Γαλατίας στα βόρεια και της ίδιας της Ιταλίας στα νότια. Το πέρασμα του Ρουβίκωνα προκάλεσε εμφύλιο πόλεμο. Ο Πομπήιος, ο νόμιμος ύπατος, και οι φίλοι του έφυγαν από τη Ρώμη καθώς πλησίαζε ο στρατός του Καίσαρα.
Ο Πομπήιος κατάφερε να δραπετεύσει πριν ο Καίσαρας τον συλλάβει. Ο Καίσαρας αποφάσισε να κατευθυνθεί προς την Ισπανία, αφήνοντας την Ιταλία υπό τον έλεγχο του Μάρκου Αντωνίου. Ο Καίσαρας πραγματοποίησε μια εκπληκτική πορεία 27 ημερών προς την Ισπανία, όπου νίκησε τους υπασπιστές του Πομπήιου. Στη συνέχεια επέστρεψε ανατολικά, για να προκαλέσει τον Πομπήιο στην Ελλάδα. Εκεί, τον Ιούλιο του 48 π.Χ., στο Δυρράχιο ο Καίσαρας απέφυγε με δυσκολία μια καταστροφική ήττα. Στη συνέχεια νίκησε αποφασιστικά τον Πομπήιο, στη μάχη του Φαρσάλου αργότερα το ίδιο έτος.
Επιτέλους δικτάτορας
Στη Ρώμη, ο Καίσαρας διορίστηκε δικτάτορας, με τον Μάρκο Αντώνιο να είναι ο αρχηγός του αλόγου (δεύτερος στην ιεραρχία). Ο Καίσαρας προήδρευσε της εκλογής του σε δεύτερη ύπατο και στη συνέχεια, μετά από έντεκα ημέρες, παραιτήθηκε από τη δικτατορία αυτή.
Στα τέλη του 48 π.Χ. διορίστηκε και πάλι δικτάτορας, με θητεία ενός έτους. Στη συνέχεια ο Καίσαρας καταδίωξε τον Πομπήιο στην Αίγυπτο, όπου ο Πομπήιος δολοφονήθηκε σύντομα. Στη συνέχεια ο Καίσαρας ενεπλάκη σε έναν αιγυπτιακό εμφύλιο πόλεμο μεταξύ του παιδιού φαραώ και της αδελφής, συζύγου και συγκυβερνήτριας βασίλισσας, Κλεοπάτρας. Ίσως ως αποτέλεσμα του ρόλου του φαραώ στη δολοφονία του Πομπήιου, ο Καίσαρας πήρε το μέρος της Κλεοπάτρας. Αναφέρεται ότι έκλαψε στη θέα του κεφαλιού του Πομπήιου, το οποίο του πρόσφερε ο φαραώ ως δώρο. Σε κάθε περίπτωση, ο Καίσαρας νίκησε τις δυνάμεις του φαραώ το 47 π.Χ. και εγκατέστησε την Κλεοπάτρα ως κυβερνήτη.
Ο Καίσαρας και η Κλεοπάτρα γιόρτασαν τη νίκη τους με μια θριαμβευτική πομπή στον Νείλο την άνοιξη του 47 π.Χ. Η βασιλική φορτηγίδα συνοδευόταν από 400 επιπλέον πλοία, εισάγοντας τον Καίσαρα στον πολυτελή τρόπο ζωής των Αιγυπτίων φαραώ. Ο Καίσαρας και η Κλεοπάτρα δεν παντρεύτηκαν ποτέ- ο ρωμαϊκός νόμος αναγνώριζε γάμους μόνο μεταξύ δύο Ρωμαίων πολιτών. Ο Καίσαρας συνέχισε τη σχέση του με την Κλεοπάτρα καθ' όλη τη διάρκεια του τελευταίου του γάμου, ο οποίος διήρκεσε 14 χρόνια - στα μάτια των Ρωμαίων, αυτό δεν συνιστούσε μοιχεία - και ενδέχεται να απέκτησε έναν γιο με το όνομα Καισαρίων. Η Κλεοπάτρα επισκέφθηκε τη Ρώμη περισσότερες από μία φορές, μένοντας στη βίλα του Καίσαρα, έξω από τη Ρώμη, πέρα από τον ποταμό Τίβερη.
Το 46 π.Χ., ο Καίσαρας νίκησε τον Κάτωνα και τα απομεινάρια των υποστηρικτών του Πομπήιου στην Αφρική. Στη συνέχεια διορίστηκε δικτάτορας για δέκα χρόνια. Μέσα σε δύο χρόνια έκανε πολλές αλλαγές στη ρωμαϊκή διοίκηση για να βελτιώσει τη Δημοκρατία. Πολλές από αυτές τις αλλαγές είχαν σκοπό να βελτιώσουν τη ζωή των απλών ανθρώπων. Ένα παράδειγμα, το οποίο έχει διαρκέσει, ήταν η μεταρρύθμιση του ημερολογίου του στη σημερινή μορφή, με μια δίσεκτη ημέρα κάθε τέσσερα χρόνια. Τον Φεβρουάριο του 44 π.Χ., έναν μήνα πριν από τη δολοφονία του, διορίστηκε ισόβιος δικτάτορας.
Δολοφονία
Στις Ιδιές του Μαρτίου (15 Μαρτίου, βλ. Ρωμαϊκό ημερολόγιο) του 44 π.Χ., ο Καίσαρας έπρεπε να εμφανιστεί σε συνεδρίαση της Συγκλήτου. Ο Μάρκος Αντώνιος, φοβούμενος τα χειρότερα, πήγε να προλάβει τον Καίσαρα. Οι συνωμότες το περίμεναν αυτό και κανόνισαν να τον αναχαιτίσει κάποιος.
Σύμφωνα με τον Ευτρόπιο, περίπου εξήντα ή περισσότεροι άνδρες συμμετείχαν στη δολοφονία. Τον μαχαίρωσαν 23 φορές. Σύμφωνα με τον Σουητώνιο, ένας γιατρός διαπίστωσε αργότερα ότι μόνο ένα τραύμα, το δεύτερο στο στήθος του, ήταν θανατηφόρο. Τα τελευταία λόγια του δικτάτορα δεν είναι γνωστά με βεβαιότητα και αποτελούν αντικείμενο αμφισβήτησης μεταξύ μελετητών και ιστορικών. Η πιο γνωστή εκδοχή στον αγγλόφωνο κόσμο είναι η λατινική φράση Et tu, Brute? ("Κι εσύ, Βρούτος;"). Στον Ιούλιο Καίσαρα του Σαίξπηρ, αυτό είναι το πρώτο μισό της φράσης: "Et tu, Brute? Τότε πέσε, Καίσαρα". Σύμφωνα με τον Πλούταρχο, μετά τη δολοφονία, ο Βρούτος βγήκε μπροστά σαν να ήθελε να πει κάτι στους συναδέλφους του συγκλητικούς- αυτοί, ωστόσο, έφυγαν από το κτίριο. Στη συνέχεια ο Βρούτος και οι σύντροφοί του βάδισαν προς το Καπιτώλιο φωνάζοντας στην αγαπημένη τους πόλη: "Λαέ της Ρώμης, είμαστε και πάλι ελεύθεροι!". Βρέθηκαν αντιμέτωποι με σιωπή, καθώς οι πολίτες της Ρώμης είχαν κλειστεί στα σπίτια τους μόλις άρχισε να διαδίδεται η φήμη για το τι είχε συμβεί.
Ένα κέρινο άγαλμα του Καίσαρα ανεγέρθηκε στο φόρουμ με τις 23 μαχαιριές. Ένα πλήθος που είχε συγκεντρωθεί εκεί έβαλε φωτιά, η οποία προκάλεσε σοβαρές ζημιές στο φόρουμ και στα γειτονικά κτίρια. Στο χάος που ακολούθησε, ο Μάρκος Αντώνιος, ο Οκταβιανός (μετέπειτα Αύγουστος Καίσαρας) και άλλοι πολέμησαν μια σειρά από πέντε εμφύλιους πολέμους, οι οποίοι θα κατέληγαν στη δημιουργία της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας.
Η ρωμαϊκή αυτοκρατορία και οι αυτοκράτορές της ήταν τόσο σημαντικοί στην ιστορία, ώστε η λέξη Καίσαρας χρησιμοποιήθηκε ως τίτλος σε ορισμένες ευρωπαϊκές χώρες για να σημαίνει αυτοκράτορας, ακόμη και πολύ καιρό μετά την εξαφάνιση της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας. Για παράδειγμα, ο αυτοκράτορας της Γερμανίας ονομαζόταν Κάιζερ μέχρι το έτος 1919 μ.Χ. και ο αυτοκράτορας της Ρωσίας ονομαζόταν Τσάρος μέχρι το 1917 μ.Χ.
