Η εξελικτική αναπτυξιακή βιολογία ερμηνεύει την ανάπτυξη υπό το πρίσμα της εξέλιξης και της σύγχρονης γενετικής. Ονομάζεται εν συντομία "evo-devo".

Στο βιβλίο του Περί της καταγωγής των ειδών (1859), ο Κάρολος Δαρβίνος πρότεινε την εξέλιξη μέσω της φυσικής επιλογής, μια θεωρία που κατέχει κεντρική θέση στη σύγχρονη βιολογία. Ο Δαρβίνος αναγνώρισε τη σημασία της εμβρυϊκής ανάπτυξης για την κατανόηση της εξέλιξης:

"Μπορούμε να καταλάβουμε γιατί οι χαρακτήρες που προέρχονται από το έμβρυο θα πρέπει να έχουν την ίδια σημασία με εκείνους που προέρχονται από τον ενήλικα, διότι μια φυσική ταξινόμηση περιλαμβάνει φυσικά όλες τις ηλικίες".

Ο Ernst Haeckel (1866) πρότεινε ότι "η οντογένεση ανακεφαλαιώνει τη φυλογένεση", δηλαδή ότι η ανάπτυξη του εμβρύου κάθε είδους (οντογένεση) επαναλαμβάνει την εξελικτική εξέλιξη του είδους αυτού (φυλογένεση). Η αντίληψη του Haeckel εξηγούσε, για παράδειγμα, γιατί οι άνθρωποι, και μάλιστα όλα τα σπονδυλωτά, έχουν σχισμές στα βράγχια και ουρές νωρίς στην εμβρυϊκή ανάπτυξη. Η θεωρία του έχει έκτοτε απαξιωθεί σε μεγάλο βαθμό.