Το θαλάσσιο καταφύγιο είναι ένας τύπος προστατευόμενης θαλάσσιας περιοχής. Η προστασία αφορά θάλασσες, ωκεανούς, εκβολές ποταμών ή μεγάλες λίμνες. Οι νόμοι προστατεύουν τα φυτά και τα ζώα σε ένα καταφύγιο. Η περιοχή διατηρείται ασφαλής για λόγους διατήρησης και για να παρέχει ειδικές ευκαιρίες για μελέτη ή έρευνα.

Σε ένα θαλάσσιο καταφύγιο δεν επιτρέπεται η λήψη φυτών ή ζώων, εκτός από την έρευνα. Αυτό περιλαμβάνει το ψάρεμα. Οι άνθρωποι επιτρέπεται να κολυμπούν ή να κάνουν καταδύσεις.

Ο ύφαλος Ningaloo στην Αυστραλία είναι ένα παράδειγμα θαλάσσιου καταφυγίου. Αυτός ο ύφαλος περιλαμβάνει έξι από τα επτά είδη θαλάσσιων χελωνών στον κόσμο. Ένα άλλο παράδειγμα είναι το θαλάσσιο καταφύγιο Hol Chan στο Μπελίζ. Το Hol Chan περιλαμβάνει κοραλλιογενείς υφάλους και ένα μαγκρόβιο δάσος.