Η ιατρική μικροβιολογία, επίσης γνωστή ως '''κλινική μικροβιολογία''', είναι η μελέτη των μικροβίων, όπως βακτήρια, ιοί, μύκητες και παράσιτα, που προκαλούν ανθρώπινες ασθένειες και ο ρόλος τους στην ασθένεια.

Τα μικρόβια και ο κλάδος της μικροβιολογίας είναι οι πλέον μελετημένοι λόγω της μεγάλης σημασίας τους για την ιατρική.

Η ιατρική μικροβιολογία μελετά την ανάπτυξη και την εξέλιξη της μολυσματικής νόσου σε έναν ασθενή και στον ανθρώπινο πληθυσμό (επιδημιολογία). Σχετίζεται με τη μελέτη της παθολογίας της νόσου και της ανοσολογίας. Αποτελεί κλάδο της ιατρικής και της μικροβιολογίας και περιλαμβάνει πέντε επιστήμες: βακτηριολογία, ιολογία, παρασιτολογία, ανοσολογία και μυκητολογία.